Ecologia molecular e biodiversidade do grupo Roseobacter no Atlântico Sudoeste

• Processo: 21/08050-3
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Programa BIOTA - Regular
• Data de Início da vigência: 01 de setembro de 2021
• Data de Término da vigência: 31 de agosto de 2023
• Área do conhecimento: Ciências Exatas e da Terra - Oceanografia - Oceanografia Biológica
• Acordo de Cooperação: CNPq
• Pesquisador responsável: Vivian Helena Pellizari
• Beneficiário: Vivian Helena Pellizari
• Instituição Sede: Instituto Oceanográfico (IO). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
• Pesquisadores associados: Amanda Gonçalves Bendia ; Andre Oliveira de Souza Lima ; Victor Satler Pylro
• Assunto(s): Biodiversidade Ecologia molecular Taxonomia dos grupos recentes Ecossistemas marinhos Micro-organismos aquáticos Metagenoma Microbiota Roseobacter Região hidrográfica do Atlântico Sudeste Oceanos e mares Recursos marinhos
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Ecologia de microrganismos marinhos | Ecologia molecular | metagenomas | Microbioma Marinho | Roseobacter | Taxonomia microbiana | Ecologia de Microrganismos

Resumo

Rhodobacteraceae é uma das famílias mais abundantes de Alphaproteobacteria já descritas e apresentam elevada diversidade fenotípica e ecológica. Dentro da família Rhodobacteraceae, o grupo Roseobacter tem se destacado devido a sua abundância e versatilidade metabólica nos ecossistemas marinhos. Estudos de ocorrência empregando sequenciamento do gene rRNA 16S, mostraram que sua abundância frequentemente corresponde de 10 a 25% da comunidade microbiana em ecossistemas marinhos pelágicos, sendo assim um dos grupos mais abundantes de bactérias heterotróficas marinhas. Apesar da alta diversidade genômica, o clado Roseobacter está bem estabelecido na árvore filogenética de Alphaproteobacteria. No entanto, a filogenia interna do grupo baseada nos genes rRNA 16S não tem a mesma robustez, apresentando algumas linhagens notadamente parafiléticas dentro do clado. A inclusão dos membros não cultiváveis nas análises filogenômicas representa um desafio computacional que requer ser resolvido para entender a história evolutiva do grupo. A abordagem de pangenoma e a implementação de pipelines que usam perfis filogenéticos em larga escala de genomas e metagenomas, serão usadas nesta proposta para identificar e comparar genes comuns e únicos para cada linhagem e reconstruir a filogenia do grupo e em especial reconhecer a dispersão a padrões para o Atlântico Sudoeste. O estudo de diversidade do gene rRNA 16S do grupo Roseobacter e a reconstrução de genomas no Atlântico Sudoeste Brasileiro a ser realizada em áreas de plataforma e talude, trará um panorama nunca estudado para o grupo Roseobacter para essa região. O uso e desenvolvimento de competências em abordagens de cultivo, filogenômica e bioinformática deste projeto, visando o grupo marinho Roseobacter, será fundamental para a formação da primeira coleção de coleção de Roseobacteres marinhos no Brasil e um banco de dados e metadados ainda não existentes que constituirá Página 2 / 5a coleção temática do Projeto do Microbioma Brasileiro. Desta forma esse projeto visa contribuir com o conhecimento inédito do padrão, dispersão e diversidade filogenética e funcional de Roseobacter no bacterioplâncton e sedimentos do Atlântico Sudoeste; contribuir para revisão da filogenia e descrição dos gêneros parafiléticos do grupo, estabelecer a primeira coleção de bactérias marinhas do grupo Roseobacter no Brasil e iniciar a construção do banco temático de microbiomas marinhos do Brazilian Microbiome Project. (AU)