Análises do genoma, transcriptoma, construção de mutantes e caracterização fenotípica de linhagens de Campylobacter coli isoladas de diversas fontes durante 25 anos no Brasil

• Processo: 22/07013-0
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Regular
• Data de Início da vigência: 01 de novembro de 2022
• Data de Término da vigência: 30 de abril de 2025
• Área do conhecimento: Ciências Biológicas - Microbiologia - Biologia e Fisiologia dos Microorganismos
• Pesquisador responsável: Juliana Pfrimer Falcão
• Beneficiário: Juliana Pfrimer Falcão
• Instituição Sede: Faculdade de Ciências Farmacêuticas de Ribeirão Preto (FCFRP). Universidade de São Paulo (USP). Ribeirão Preto , SP, Brasil
• Assunto(s): Bacteriologia Campylobacter coli Transcriptoma Análise de sequência de DNA Análise de mutantes Virulência Resistência Sobrevivência celular
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Análises dos genomas | Campylobacter coli | Construção de mutante(s) do(s) gene(s) tlp | Simulador de Ecossistema Microbiano Humano (SEMH®) | Testes fenotípicos relacionados a virulência e resistência a estresses | Transcriptoma | Bacteriologia

Resumo

A infecção causada por Campylobacter spp. é uma zoonose de distribuição mundial com repercussões significativas no nível da saúde pública. Entretanto, no Brasil o estudo e o isolamento de C. coli não são muito frequentes o que dificulta avaliar o seu envolvimento como causador de doenças em seres humanos e animais, assim como, determinar o impacto da sua presença nos alimentos e no ambiente. Esse projeto tem como objetivos analisar, pelos dados do sequenciamento do genoma, transcriptoma, construção de mutantes e testes fenotípicos relacionados à virulência, resistência e sobrevivência a diferentes condições de estresse, 82 linhagens de C. coli isoladas de humanos, animais, ambiente e alimentos entre 1995-2019 no Brasil. Para todas as linhagens serão realizadas análises comparativas dos genomas por wgMLST, ANI, pan-genoma e sequencias CRISPR, bem como será verificada a presença de genes relacionados a virulência, ilhas de patogenicidade, sequências de profagos, plasmídeos, ilhas metabólicas e genes tlp, relacionados com a quimiotaxia, formação de biofilme, interação com células intestinais humanas e colonização em aves. Os testes fenotípicos de motilidade, formação de biofilme, aerotolerância, resistência ao congelamento, aquecimento e ao ácido peracético serão realizados para 40 linhagens. A virulência em Galleria mellonella será verificada para 20 linhagens. A análise do transcriptoma de uma linhagem de C. coli submetida ao modelo colônico in vitro SEMH®, bem como a avaliação da modulação da microbiota intestinal nesse modelo serão realizadas. Após a identificação dos tlp presentes, a construção de mutantes pela deleção de um ou mais tlp de escolha e a análise do fenótipo da(s) estirpe(s) mutante(s) serão realizados. Devido à escassez de estudos envolvendo a espécie de C. coli, estudos que objetivem análises do genoma, dos mecanismos de patogenicidade, virulência e sobrevivência a diferentes condições de estresse são originais e de grande importância. Os resultados a serem obtidos deverão contribuir expressivamente para a caracterização de C. coli isolados durante 25 anos no Brasil. (AU)

Publicações científicas

(7)

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

GOMES, CAROLINA NOGUEIRA; FELICE, ANDREI GIACCHETTO; PEREIRA, GIOVANA DO NASCIMENTO; CEBALLOS, VICTOR AUGUSTO SALLUM; SOARES, SIOMAR DE CASTRO; TONANI, LUDMILLA; BARIAO, PATRICIA HELENA GRIZANTE; KRESS, MARCIA REGINA VON ZESKA; DUQUE, SHEILA DA SILVA; BALKEY, MARIA; et al. Comparative genomics and virulence potential of Campylobacter coli strains isolated from different sources over 25 years in Brazil. BMC Microbiology, v. 24, n. 1, p. 16-pg., 2024-11-30. (20/05362-1, 22/07013-0)

GOMES, CAROLINA NOGUEIRA; DUQUE, SHEILA DA SILVA; BALKEY, MARIA; ALLARD, MARC WILLIAN; FALCAO, JULIANA PFRIMER. Draft Genome Sequences of 17 Campylobacter coli Strains Isolated from Animal and Food Sources in Brazil. MICROBIOLOGY RESOURCE ANNOUNCEMENTS, v. 12, n. 7, p. 3-pg., 2023-06-12. (20/05362-1, 22/07013-0)

CAMPOS, ISABELA C.; VILELA, FELIPE PINHEIRO; SARAIVA, MAURO DE M. S.; JUNIOR, ANGELO BERCHIERI; FALCAO, JULIANA PFRIMER. Insights into the global genomic features of Salmonella enterica serovar Gallinarum biovars Gallinarum and Pullorum. Journal of Applied Microbiology, v. 135, n. 9, p. 11-pg., 2024-09-02. (21/07365-0, 22/07013-0)

PEREIRA, GIOVANA DO NASCIMENTO; SERIBELLI, AMANDA APARECIDA; GOMES, CAROLINA NOGUEIRA; VILELA, FELIPE PINHEIRO; TONANI, LUDMILLA; TIBA-CASAS, MONIQUE RIBEIRO; MEDEIROS, MARTA INES CAZENTINI; RODRIGUES, DALIA DOS PRAZERES; KRESS, MARCIA REGINA VON ZESKA; FALCAO, JULIANA PFRIMER. Virulence potential of Salmonella 1,4, [5],12:i:- strains isolated during decades from different sources in the Southeast region of Brazil. Brazilian Journal of Microbiology, v. 54, n. 4, p. 17-pg., 2023-10-10. (19/19338-8, 22/07013-0)

PEREIRA, GIOVANA DO NASCIMENTO; SERIBELLI, AMANDA APARECIDA; CAMPIONI, FABIO; GOMES, CAROLINA NOGUEIRA; TIBA-CASAS, MONIQUE RIBEIRO; MEDEIROS, MARTA INES CAZENTINI; RODRIGUES, DALIA DOS PRAZERES; FALCAO, JULIANA PFRIMER. High levels of multidrug- resistant isolates of genetically similar Salmonella 1,4, [5],12:I:- from Brazil between 1983 and 2020. Journal of Medical Microbiology, v. 73, n. 2, p. 15-pg., 2024-01-01. (19/19338-8, 22/07013-0)

GOMES, CAROLINA NOGUEIRA; CAMPIONI, FABIO; BARKER, DILLON OLIVER REESE; CHE, EMILY VICTORIA; DUQUE, SHEILA DA SILVA; TABOADA, EDUARDO NAPOLEON; FALCAO, JULIANA PFRIMER. Antimicrobial resistance genotypes and phenotypes of Campylobacter coli isolated from different sources over a 16-year period in Brazil. JOURNAL OF GLOBAL ANTIMICROBIAL RESISTANCE, v. 33, p. 5-pg., 2023-06-01. (22/07013-0, 18/26043-1, 16/24716-3, 19/19338-8, 15/23408-0)

GOMES, CAROLINA NOGUEIRA; FRAZAO, MILIANE RODRIGUES; SERIBELLI, AMANDA APARECIDA; BARKER, DILLON OLIVER REESE; CHE, EMILY VICTORIA; NOGUEIRA, MARA CORREA LELLES; TABOADA, EDUARDO NAPOLEON; FALCAO, JULIANA PFRIMER. Insights on the genomic diversity, virulence and resistance profile of a Campylobacter jejuni strain isolated from a hospitalized patient in Brazil. Brazilian Journal of Microbiology, v. 55, n. 2, p. 11-pg., 2024-03-28. (19/19338-8, 15/23408-0, 18/26043-1, 22/07013-0)