Caracterização molecular e implementação da técnica de amplificação isotérmica mediada por loop para detecção de carbapenemases e do gene fosA em isolados bacterianos obtidos de uroculturas de pacientes atendidos em Unidades Básicas de Saúde

• Processo: 22/05087-6
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Regular
• Data de Início da vigência: 01 de setembro de 2022
• Data de Término da vigência: 31 de agosto de 2024
• Área do conhecimento: Ciências da Saúde - Medicina - Clínica Médica
• Pesquisador responsável: Silvia Figueiredo Costa
• Beneficiário: Silvia Figueiredo Costa
• Instituição Sede: Faculdade de Medicina (FM). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
• Pesquisadores associados: Inneke Marie van der Heijden Natário
• Auxílio(s) vinculado(s): 23/02920-1 - Desenvolvimento de aptâmeros de DNA contra uropatógenos isolados nas Unidades Básicas de Saúde, AP.R
• Assunto(s): Doenças transmissíveis Doenças parasitárias Farmacorresistência bacteriana Sistema urinário Infecções urinárias Atenção primária à saúde Amplificação isotérmica mediada por loop (LAMP) Carbapenemases
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: atenção primária a saúde | Resistência Bacteriana | sequenciamento completo genoma | técnica de LAMP | trato urinário | Doenças Infecciosas e Parasitárias

Resumo

As Infecções do Trato Urinário (ITU) estão entre os tipos mais comuns de doenças infecciosas, com aproximadamente 150 milhões de casos por ano em todo o mundo. Estima-se que anualmente ocorram cerca de 8 milhões de ITUs nos Estados Unidos, muitas das quais resultam em uma visita ao médico. O impacto socioeconômico dessas infecções é normalmente elevado, incluindo os custos com assistência médica e o tempo perdido no trabalho. No Brasil, as ITUs são consideradas entre as mais frequentes infecções bacterianas, responsáveis por 80 em cada 1.000 consultas médicas, além de ser uma causa significativa de morbidade e estar associada a elevados custos de cuidados com a saúde. A resistência bacteriana tem importantes implicações para a prática urológica, particularmente em relação às ITUs comunitárias. Atualmente, diante de um cenário de decréscimo de opções terapêuticas favoráveis ao controle de determinadas infecções causadas por uropatógenos resistentes, o uso de fármacos antigos como a fosfomicina vem sendo cada vez mais utilizado na prática médica. Assim, é importante ressaltar a necessidade de trabalhos que visem a caracterização fenotípica e molecular de isolados das ITUs para elucidar a disseminação dos mecanismos de resistência entre bactérias oriundas de pacientes da comunidade, a fim de compreender melhor a origem e disseminação de cepas resistentes visando a instituição de medidas de controle e prevenção destas infecções. Os objetivos deste estudo são: determinar a prevalência e o perfil de susceptibilidade dos uropatógenos isolados dos pacientes atendidos nas 34 Unidades Básicas de Saúde (UBS) do município de São Bernardo do Campo, realizar a caracterização molecular dos uropatógenos resistentes aos carbapenêmicos e à fosfomicina utilizando técnica de sequenciamento total do genoma bacteriano, implementar a técnica de amplificação isotérmica mediada por loop (LAMP) para detecção de carbapenemases e do gene fosA em isolados bacterianos fenotipicamente resistentes de origem comunitária (uroculturas). Além disso, o presente estudo pretende, através da análise dos dados dos participantes da pesquisa, determinar a provável origem dos isolados resistentes aos beta-lactâmicos e à fosfomicina e descrever os principais fatores de risco associados às infecções causadas por bactérias resistentes. Para o estudo da prevalência serão coletados os dados dos resultados das uroculturas e antibiogramas dos pacientes atendidos nas 34 UBS no período de 24 meses. Para determinar a distribuição e prevalência de uropatógenos, os resultados dos exames laboratoriais (uroculturas e antibiogramas) serão obtidos através de consultas realizadas pelo sistema Matrix Diagnosis®, sistema informatizado utilizado pelo Laboratório de Análises Clínicas da FMABC. A urocultura será realizada por laminocultivo ou por método convencional e os testes de sensibilidade serão feitos pelo método de disco-difusão padronizado pelo CLSI e/ou BRCAST. A detecção fenotípica de produção de beta-lactamases do tipo ESBL será detectada por método automatizado PhoenixÒ e confirmada pelo teste de aproximação de discos. Para detecção de carbapenemases de isolados bacterianos serão realizados testes confirmatórios como mCIM (Modified Carbapenem Inactivation Method) ou teste de CarbapenembacÒ e testes moleculares como a técnica de LAMP (Loop-Mediated Isothermal Amplification). Os isolados resistentes aos carbapenêmicos e à fosfomicina serão analisados por outros testes moleculares como PFGE (Eletroforese de Campo Pulsado), LAMP e sequenciamento completo do genoma bacteriano utilizando plataforma Ion Torrent Personal Genome MachineTM (Life Technologies), a fim de caracterizar os prováveis mecanismos de resistência presentes nestes isolados. Para determinar a origem dos isolados resistentes e determinar os fatores de risco associados às infecções urinárias comunitárias, será solicitado aos participantes o preenchimento de um questionário simples onde serão coletado (AU)