EMU concedido no processo 2017/27131-9: iSeq 100 system

• Processo: 23/15631-8
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Programa Equipamentos Multiusuários
• Vigência: 01 de julho de 2024 - 30 de junho de 2031
• Área do conhecimento: Interdisciplinar
• Pesquisador responsável: Paola Marcella Camargo Minoprio
• Beneficiário: Paola Marcella Camargo Minoprio
• Instituição Sede: Plataforma Científica Pasteur. Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 17/27131-9 - Estratégia integrada para o estudo de agentes infecciosos causadores de doenças emergentes e/ou negligenciadas transmitidas por vetores de impacto global, AP.TEM
• Assunto(s): Sequenciamento de nova geração Análise de sequência de DNA Virologia Vírus de RNA Aquisição de equipamentos Equipamentos multiusuários Infraestrutura de pesquisa
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: dados genômicos | sequenciamento de nova geração | Sequenciamento genomico | sequenciamento viral | Virologia | Virus de RNA | Interdisciplinar

Resumo

O projeto temático ao qual esta associado o EMU em questão (#2017/27131-9) necessita uma plataforma de sequenciamento genômico para alcançar os seguintes objetivos científicos: (i) analisar rapidamente a composição genômica dos patógenos bioluminescentes e fluorescentes desenvolvidos ou utilizados no projeto; (ii) sequenciar os vírus identificados em estudos populacionais desenvolvidos na SPPU, como por exemplo, os vírus Influenza A, SARS-CoV-2, Vírus Sincicial Respiratório, e outros; (iii) os dados genômicos produzidos serão fundamentais para integrá-los aos metadados associados às amostras, como dados clínicos, espaciais, imunológicos, patológicos e moleculares; e (iv) identificar novos alvos para o desenvolvimento de métodos preventivos, de diagnóstico/prognóstico e terapêuticos à partir dos vírus alvos do nosso estudo. Temos buscado metas bem integradas, abrangendo aspectos fundamentais e perspectivas de inovação relacionados às infecções causadas por agentes virais, particularmente aqueles que apresentam como material genético moléculas de RNA. Considerando este contexto, a Plataforma Cientifica Pasteur-USP está desenvolvendo uma rede de equipamentos multiusuários, onde pretendemos adquirir e incorporar à esta rede, equipamentos não disponíveis em facilities próximas à SPPU, e que são indispensáveis ao desenvolvimento da estratégia científica. Além dos equipamentos padrão de biologia molecular em nosso laboratório, tais como termocicladores, qubit, fluxos laminares e transluminadores, buscamos aprimorar nossa capacidade de gerar e analisar dados genômicos, especialmente no que diz respeito a vírus, de maneira eficiente e precisa. Nesse contexto, destacamos a importância do sistema iSeq 100. O aparelho iSeq 100 da Illumina oferece robustez e confiabilidade em diversas aplicações. Sua vantagem está na combinação de desempenho de sequenciamento de nova geração (NGS) rápido, preciso (99,9%) e econômico, tornando-se essencial para atender às nossas necessidades. Além disso, seu baixo custo e exigência de um espaço reduzido na bancada são diferenciais significativos. Com a capacidade de gerar 1,2 GB de dados por corrida em menos de 18 horas, o iSeq 100 proporciona flexibilidade ao permitir a combinação de diferentes bibliotecas em uma única execução. Essa característica torna o aparelho ideal para a geração eficiente de dados genômicos virais, contribuindo assim para a aceleração e aprimoramento de nossas análises. (AU)