EMU: Aquisição do equipamento Sistema Compacto de CE Spectrum da empresa Promega para genotipagem de marcadores microssatélites e sequenciamento Sanger

• Processo: 23/17399-5
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Programa Infraestrutura - Pequeno Médio Porte
• Data de Início da vigência: 01 de setembro de 2024
• Data de Término da vigência: 31 de agosto de 2027
• Área do conhecimento: Ciências Biológicas - Genética - Genética Molecular e de Microorganismos
• Pesquisador responsável: Alexandre Wagner Silva Hilsdorf
• Beneficiário: Alexandre Wagner Silva Hilsdorf
• Instituição Sede: Pró-Reitoria Acadêmica. Universidade de Mogi das Cruzes (UMC). Campus da Sede Mogi das Cruzes. Mogi das Cruzes , SP, Brasil
• Pesquisadores associados: Bruno Cavalheiro Araújo ; Daniel Eduardo Lavanholi de Lemos ; Mauricio Ferreira Marcondes Machado ; Rafael Vilhena Reis Neto ; Regina Lucia Batista da Costa de Oliveira ; Vander Bruno dos Santos
• Assunto(s): Genética populacional Repetições de microssatélites Sequenciamento Sanger Taxonomia molecular
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Caracterização molecular de genes de interesse para aquicultura | Genética de populações | Marcadores microssatélites | marcadores SNPs | seqüenciamento Sanger | taxonomia molecular | Marcadores moleculares e sequencimento Sanger

Resumo

O EMU-PMP a ser solicitado é o Sistema Compacto de CE Spectrum produzido pela empresa Promega. O Sistema Compacto de CE Spectrum é um instrumento automatizado de eletroforese com 4 capilares, projetado para uma ampla gama de aplicações em sequenciamento e análise de fragmentos. Ele é compatível com químicas de sequenciamento de terminação de cadeia baseadas em dideoxinucleotídeos tri-fosfatados fluorescentemente marcados, juntamente com kits STR de 4, 5, 6 e 8 fluoróforos disponíveis da Promega e de outros fornecedores comerciais. Até 32 amostras podem ser executadas por vez, podendo serem aplicados módulo de Sequenciamento de Sanger e Análise de fragmentos, sendo realizados aplicações do tipo: (1) Sequenciamento Sanger; (2) Sequenciamento De novo; (3) Detecção de variantes gênicas; (4) Checagem de mutações; (5) Análise de fragmentos de DNA; (6) Genotipagem e análise de microssatélites (estudos populacionais, Forenses e autenticação de linhagens celulares); (7) Análise de produtos de PCR; (8) Genotipagem de SNPs. Atualmente, os serviços de genotipagem em grande escala, como geração de SNPs ou sequenciamentos de genomas são realizados por sequenciadores de próxima geração que são empregados na geração de grandes volumes de dados e podem ser mantidos por estruturas de prestação de serviço em maior escala. Portanto, equipamentos menores e de custos de manutenção mais viáveis podem ser empregados rotineiramente para a geração de dados genéticos e prestação de serviços com objetivos específicos. Desta forma, equipamentos de pequeno porte e de custos de manutenção mais exequível pode ser usado de forma rotineira para geração de dados e prestação de serviços. Este parece ser o caso do EMU-PMP Sistema Compacto de CE Spectrum. Seu tamanho e praticidade de uso permite seu uso de rotina com custo acessível por amostra. A ausência de alternativas de equipamentos compactos e de baixo custo para análises genéticas de rotina é hoje uma realidade no mercado. Com o advento dos NGS poucas são as opções acessíveis para geração de dados de sequenciamento Sanger, genotipagem de STR e SNPs entre outros. A opção fornecida pelo Sistema Compacto de CE Spectrum permitirá a continuidade de investigações cientificas realizadas pelos núcleos de pesquisa estabelecidos na Universidade de Mogi das Cruzes, bem como seus colaboradores de outras instituições de pesquisa no estado de São Paulo. As particularidades de cada grupo de pesquisa e suas colaborações serão descritas a seguir para, com isso, se avaliar os potenciais impactos na pesquisa e inovação no estado de São Paulo, do ponto de vista do avanço do conhecimento e da abrangência de sua utilização. (AU)