EMU concedido no processo 2023/17817-1: CytAssist (10x Genomics)

• Processo: 25/04210-7
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Programa Equipamentos Multiusuários
• Data de Início da vigência: 01 de maio de 2025
• Data de Término da vigência: 30 de abril de 2032
• Área do conhecimento: Ciências Biológicas - Imunologia - Imunologia Aplicada
• Pesquisador responsável: Raphael Sanches Peres
• Beneficiário: Raphael Sanches Peres
• Instituição Sede: Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto (FMRP). Universidade de São Paulo (USP). Ribeirão Preto , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 23/17817-1 - Identificação de interações celulares que afetam a função de células T reguladoras em doenças inflamatórias intestinais, AP.JP
• Assunto(s): Imunofarmacologia Inflamação Comunicação celular Transcriptômica Doenças inflamatórias intestinais Linfócitos T reguladores Aquisição de equipamentos Equipamentos multiusuários Infraestrutura de pesquisa
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Inflamação | interações celulares | Transcriptômica Espacial | Visium | Imunofarmacologia

Resumo

As doenças inflamatórias intestinais (DIIs) constituem um grupo de doenças inflamatórias crônicas que afeta o trato gastrointestinal (GI), que inclui a doença de Crohn (DC) e a retocolite ulcerativa (RCU). Apesar da sua etiologia ser desconhecida, desequilíbrios da resposta imune do hospedeiro à microbiota intestinal associados à fatores genéticos e ambientais contribuem para a patogênese das DIIs. Devido à falta de um entendimento dos mecanismos moleculares e celulares envolvidos na patogênese das DIIs, a abordagem terapêutica mais adequada ainda é um desafio. Estudos recentes analisando populações celulares do intestino em nível de célula única forneceram informações relevantes relacionadas à patogênese das DIIs, bem como descreveram eventos associados com a resposta terapêutica. Apesar dos avanços, estes estudos ainda são limitados em resolução para caracterizar populações celulares encontradas em baixos números/frequências no tecido e na circulação. Além disso, as técnicas abordadas nestes estudos, como o sequenciamento de RNA em nível célula única (scRNA-seq), não permitem determinar a organização espacial tecidual e como ocorrem as interações entre os diversos tipos celulares presentes no intestino. Por exemplo, apesar das células T reguladoras (Tregs) serem descritas como componentes críticos na manutenção de respostas tolerogênicas e associadas com o desenvolvimento de DII, a heterogeneidade das Tregs na DII não é totalmente caracterizada e pouco está esclarecido como as interações de Tregs com outras células presentes no tecido contribuem tanto para a homeostase tecidual quanto para a deflagração e resolução da inflamação. Dentro desse contexto, este projeto propõe: i) produzir uma base de dados para a geração de hipóteses utilizando transcriptoma espacial em amostras de intestino de pacientes com DC e indivíduos saudáveis; ii) identificar as interações que ocorrem entre células Tregs e outros tipos celulares no intestino dos pacientes com DC e também em modelo experimental de colite; iii) realizar ensaios funcionais in vitro utilizando co-cultura de células isoladas do intestino e 3D-organoides para identificar quais interações afetam a função das células Tregs; iv) avaliar o potencial terapêutico dos alvos identificados em modelos experimentais de inflamação intestinal. Deste modo, esse projeto poderá fornecer novas informações relevantes sobre a patogênese das DIIs, especialmente da DC, que poderão ser utilizadas para o desenvolvimento de novas estratégias para a intervenção terapêutica e identificação de biomarcadores e/ou eventos associados com a resposta à terapia. (AU)