INCT de Oncogenômica e Inovação Terapêutica

• Processo: 25/26859-5
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Temático
• Data de Início da vigência: 01 de abril de 2026
• Data de Término da vigência: 31 de março de 2031
• Área do conhecimento: Ciências Biológicas - Genética - Genética Humana e Médica
• Pesquisador responsável: Dirce Maria Carraro
• Beneficiário: Dirce Maria Carraro
• Instituição Sede: A C Camargo Cancer Center. Fundação Antonio Prudente (FAP). São Paulo , SP, Brasil
• Município da Instituição Sede: São Paulo
• Pesquisadores associados: Alexandre Defelicibus ; Cláudia Malheiros Coutinho Camillo ; Felipe D'Almeida Costa ; Giovana Tardin Torrezan ; Gisele Aparecida Fernandes ; Israel Tojal da Silva ; José Cláudio Casali da Rocha ; Karina Miranda Santiago ; Maria Paula Curado ; Rafael Canfield Brianese ; Sandra Martha Gomes Dias ; Tiago Góss dos Santos
• Assunto(s): Biópsia líquida
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Agnóstica | Biópsia Líquida | Câncer Pediátrico e de Adultos Jovens | DNA tumoral circulante - Tumor informed | Genômica abrangente | Multiômicas e Transcriptoma Espacial | Oncologia de precisão | organoide derivado de paciente | Testes genéticos de Predisposição Hereditária ao Câncer | Genômica e Multiômica

Resumo

A oncologia de precisão (OP), fundamentada em avanços genômicos e potencializada pela biópsia líquida baseada na análise do DNA tumoral circulante (ctDNA), transformou o tratamento do câncer em adultos, promovendo diagnósticos mais precisos e novas opções terapêuticas. No entanto, tumores pediátricos (TP) e de adultos jovens (TAJ), com genômica distinta e pouco representada em estudos, ainda não se beneficiam plenamente dessas inovações. Esta proposta aborda desafios específicos em TP e TAJ, caracterizados por alterações estruturais e epigenéticas. Essas alterações demandam genômica avançada e estratégias personalizadas para diagnóstico e monitoramento por biópsia líquida.Nos testes genéticos de predisposição hereditária ao câncer, enquanto avanços significativos foram alcançados em tumores adultos, os conhecimentos sobre TP e TAJ permanecem limitados. Persistem desafios devido ao conhecimento limitado da predisposição hereditária ao câncer pediátrico e de adultos jovens e também pelo elevado número de variantes de significado incerto (VUS) e variantes patogênicas (VP) de baixa penetrância, agravados pela alta miscigenação no Brasil e sub-representação em bancos de dados globais. Esses fatores dificultam a interpretação de variantes e comprometem a precisão dos diagnósticos genéticos, sobretudo em grupos de ancestralidade não europeia.A ampla experiência adquirida no INCiTO-INOTE, incluindo a transferência de mais de 30 testes genômicos para a prática clínica e a validação de tecnologias inovadoras, comprova a viabilidade desta proposta. A iniciativa combina análises genômicas germinativas e somáticas, perfis epigenéticos, biópsias líquidas personalizadas e genômica avançada. Estão planejadas 1.000 análises germinativas, 500 análises somáticas e 1.500 análises de ctDNA com um método desenvolvido em nossos laboratórios, criando a primeira fotografia abrangente do câncer pediátrico e de adulto jovem no Brasil.Além disso, serão incorporadas tecnologias inovadoras, como a análise de metilação global e o sequenciamento de leitura longa, para acessar alterações genômicas complexas características de TP e TAJ. A aplicação do método PATS (Personalized Amplicon Target Sequencing) - um teste customizado desenvolvido por nossa equipe que avalia alterações genômicas previamente identificadas no tumor (tumor-informed liquid biopsy) - será expandida para o monitoramento longitudinal de 500 pacientes com TP e TAJ. Já validado em milhares de amostras, o PATS será utilizado prioritariamente na análise de ctDNA em plasma, podendo ser estendido, em casos específicos, a outros fluidos corpóreos, como líquor, urina entre outros.Outro pilar estratégico da proposta é o uso de modelos tumorais pré-clínicos personalizados, como culturas 2D, organoides (PDOs) e xenoenxertos derivados de pacientes (PDXs), aplicados ao teste de terapias experimentais, com apoio técnico-científico do CNPEM. A análise integrada de dados multiômicos (genômica germinativa, somática, ctDNA, metilação, microbioma, CTC, perfil imune e proteômica) será conduzida com apoio de ferramentas de inteligência artificial, permitindo análises de alta complexidade, reprodutibilidade diagnóstica e maximização de custo-benefício para a prática oncológica.A proposta inclui ainda estratégias para caracterização de tumores com apresentações clínicas atípicas e tumores de adultos influenciados por ancestralidade, buscando soluções adaptadas à realidade genômica brasileira. Parcerias estratégicas com empresas como Haystack/Quest, Genesis/Fleury e a startup Aljava Biotech fortalecerão o desenvolvimento e validação de tecnologias diagnósticas inovadoras.Com uma estrutura consolidada, equipe multidisciplinar e parcerias institucionais e privadas, o INCiTO-INOTE buscará promover avanços transformadores na oncogenômica e inovação terapêutica, com foco na personalização do diagnóstico, tratamento e vigilância do câncer em populações historicamente negligenciadas pela OP. (AU)