Caracterização funcional de RNAs intrônicos não-codificadores expressos no genoma humano

• Processo: 07/59168-7
• Linha de fomento: Auxílio à Pesquisa - Temático
• Vigência: 01 de setembro de 2008 - 28 de fevereiro de 2014
• Área do conhecimento: Ciências Biológicas - Bioquímica
• Pesquisador responsável: Sergio Verjovski Almeida
• Beneficiário: Sergio Verjovski Almeida
• Instituição-sede: Instituto de Química (IQ). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
• Pesquisadores principais: Eduardo Moraes Rego Reis
• Auxílios(s) vinculado(s): 08/54545-0 - Overexpression of three long intronic noncoding RNAs affects proliferation rate of human tumorigenic cell line HEK293, AR.BR
• Bolsa(s) vinculada(s): 10/18906-8 - Caracterização da estrutura, dinâmica, interações e função de componentes do sistema de secreção Tipo IV de Xanthomonas citri por ressonância magnética nuclear em solução, BP.DD; 10/19884-8 - Seleção e clonagem de longos RNAs não-codificadores intrônicos transcritos a partir de loci relacionados à tumorigênese para caracterização funcional, BP.IC; 10/18158-1 - Estudo da presença de RNAs não-codificadores contendo o motivo are de união à proteína HuR em frações de RNA total imunoprecipitadas a partir de células renais normais e tumorais com um anticorpo Anti-HuR, BP.IC; + mais bolsas vinculadas 10/01429-2 - Seqüenciamento com ultra-alta cobertura do transcriptoma de diferentes linhagens de câncer de próstata. Caracterização do efeito de andrógeno sobre transcritos intrônicos em câncer de próstata., BP.TT; 09/15264-8 - Estudo da interação entre proteínas com domínios de ligação a RNA e ncRNAs intrônicos envolvidos em processos de regulação da expressão gênica, BP.PD; 09/14332-0 - Caracterização funcional de RNAs intrônicos não-codificadores expressos em câncer: efeito da inibição e super-expressão de ncRNAs intrônicos em linhagens tumorais humanas, BP.PD; 09/51644-0 - Caracterização funcional do PIN RNA do gene RASSF1 na linhagem celular HeLa, BP.IC; 08/56034-2 - Caracterização de marcadores moleculares de malignidade do câncer renal, BP.MS; 08/10650-4 - Caracterização funcional de longos RNAs intrônicos não-codificadores de proteínas transcritos a partir de loci relacionados à tumorigênese, BP.IC; 08/10497-1 - Seleção e clonagem de longos RNAs não-codificadores intrônicos transcritos a partir de loci relacionados à tumorigênese para caracterização funcional, BP.IC - menos bolsas vinculadas
• Assunto(s): Regulação da expressão gênica Neoplasias

Resumo

Evidências atuais indicam que a maior parte do genoma humano é transcrita em RNAs não-codificadores (ncRNAs) (Bertone et al., 2004; Kampa et al., 2004; Cheng et al., 2005; Johnson et al., 2005). Os estudos iniciais do projeto ENCODE, que analisaram apenas 1% do genoma humano, mostram que de 74 a 93% das bases são transcritas (Birney et al., 2007). As funções dos RNAs não-codificadores curtos, como microRNA e piRNA, estão sendo estudadas por vários grupos de pesquisa (O'Donnell and Boeke, 2007; Zhang et al., 2007). Entretanto, pouca atenção tem sido dada à caracterização funcional dos transcritos não-codificadores longos, inclusive os expressos a partir de íntrons de genes codificadores para proteínas. Embora na literatura exista um trabalho que descreve o envolvimento de um RNA intrônico (Saf) antisenso do gene Fas na regulação de splieing alternativo no mesmo locus (Yan et al., 2005), e um trabalho que descreve modificações globais no perfil de expressão gênica após super-expressão de seqüências intrônicas do gene CFTR (cystic fibrosis transmembrane conductance regulator) (Hill et al., 2006), a função exercida pelos mais de 55.000 RNAs não-codificadores (ncRNAs) que são transcritos nos íntrons de 74% de todos os genes presentes no genoma humano (Nakaya et al., 2007) permanece desconhecida. Durante o desenvolvimento do projeto temático ‘Identificação de marcadores moleculares para diagnóstico e prognóstico em câncer utilizando microarrays de DNA’ (julho de 2004 a junho de 2008), o nosso grupo identificou vários transcritos longos intrônicos não-codificadores, cujos níveis de expressão estavam correlacionados ao grau de diferenciação de tumores de próstata (Reis et al., 2004). Em seguida, demonstramos que a expressão de uma série de transcritos intrônicos pode ser modulada por andrógeno (Louro et al., 2007) em uma linhagem de próstata. Na etapa seguinte, estudamos perfis de expressão intrônica em tecido normal de fígado e rim e tumores de próstata, usando microarrays ‘customizados’ contendo cerca de 30 mil sondas para RNAs intrônicos. Surpreendentemente, observamos que os mais abundantes desses transcritos são gerados em loci gênicos envolvidos com a regulação da transcrição, em todos os três tecidos (Nakaya et al., 2007). Para as seqüências exônicas não observamos esse fenômeno, o que sugere um papel especial dos transcritos intrônicos dos genes reguladores de transcrição na regulação da expressão gênica. Também observamos assinaturas de expressão intrônica tecido-específicas (Nakaya et al., 2007). O objetivo do presente projeto temático é investigar a implicação funcional de ncRNAs intrônicos no câncer, na regulação gênica da célula normal, além de sua possível utilização como marcador de malignidade em diversos tipos de câncer. O presente projeto irá consolidar em nosso grupo o uso da plataforma de estudos de biologia celular envolvendo ncRNAs, recentemente implantada. O projeto está dividido em duas partes principais: A) caracterização funcional de RNAs não-codificadores expressos em tumores humanos; B) identificação de novos RNAs não-codificadores e validação de perfis de expressão gênica marcadores tumorais. (AU)