Instituto Nacional de Oncogenômica

• Processo: 08/57887-9
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Temático
• Data de Início da vigência: 01 de março de 2009
• Data de Término da vigência: 28 de fevereiro de 2015
• Área do conhecimento: Ciências da Saúde - Medicina
• Acordo de Cooperação: CNPq - INCTs
• Pesquisador responsável: Luiz Paulo Kowalski
• Beneficiário: Luiz Paulo Kowalski
• Instituição Sede: A C Camargo Cancer Center. Fundação Antonio Prudente (FAP). São Paulo , SP, Brasil
• Auxílio(s) vinculado(s): 13/02268-0 - Identificação de alterações genômicas associadas ao processo de metastização mamária axilar pelo sequenciamento do exoma, AV.EXT
• Bolsa(s) vinculada(s): 11/11085-1 - Biomarcadores Preditivos em Carcinomas Epidermóides de Orofaringe, BP.PD; 11/07742-7 - Alterações genômicas em pacientes e seus familiares com a síndrome do câncer colorretal hereditário, BP.DR; 10/15901-5 - Variação no número de cópias genômicas na avaliação de genes principais de predisposição em pacientes com síndrome de Mama-Cólon triados para mutações nos genes BRCA1, BRCA2, TP53 e CHEK2, BP.DD; 09/08888-5 - Investigação genômica em famílias com síndromes de Li-Fraumeni e Li-Fraumeni like inexplicadas, BP.PD; 09/02457-2 - Avaliação do papel das variantes de splicing dos genes TRIM37, BRRN1 e MK-STYX na gênese e progressão do câncer de mama, BP.PD
• Assunto(s): Oncologia Neoplasias Marcador molecular Genômica
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Cancer Familiar | Cnvs | Marcadores | Transcritos Intronicos

Resumo

A missão do Instituto Nacional de Oncogenômica (INOG) é prevenir e tratar o câncer por meio da aplicação de conceitos e tecnologias inovadoras. O principal objetivo é tornar o INOG o melhor centro integrado de pesquisa, tratamento e ensino oncológico da América Latina. Para tanto, pretende-se ampliar o entendimento dos cânceres mais frequentes em nossa população, tais como, próstata, mama e colorretal. As etapas deste estudo compreendem: (1) investigar as alterações germinativas no DNA (número de cópias de sequencias de DNA) no câncer familial, como um modelo de menor complexidade e heterogeneidade do que os tumores; (2) estender estes achados pela metodologia de sequenciamento em larga-escala em tumores familiais e esporádicos; (3) avaliar perfis de expressão intrônicos e exônicos nestes tumores; (4) testar novas abordagens para melhorar os métodos de imagem dos tumores; (5) identificar marcadores de resposta a quimioterapia neoadjuvante; e (6) avaliar o potencial da proteína F8 como um agente cicatrizante. O último editorial da Nature (Nature 455,138,11 de setembro, 2008) enfatiza a eficiência e a necessidade de abordagens mais compreensivas do que aquelas apresentadas em estudos prévios de genômica do câncer, incluindo as análises de sequencias genéticas simultâneas, as variações no número de cópias, os microarranjos de expressão e outras formas de análise dos dados. O editorial refere-se ao novo poder estatístico de três estudos publicados na semana anterior. Em conjunto, os resultados destes estudos mostraram que um único gene mutado não é a alteração principal em qualquer um dos tumores investigados, mas as análises baseadas no Genome Atlas revelaram um número bastante limitado de vias envolvidas (12 em cânceres pancreáticos e apenas 3 em glioblastomas). Assim, agentes terapêuticos que atuam nestas vias podem ser mais eficazes quando comparados com aqueles que atuam em apenas um dos componentes da via. O editorial também ressalta que as agências financiadoras precisam investir em um maior número de estudos em vários tipos de câncer. Considerando que o câncer é uma doença complexa, uma única definição não é suficiente, necessitando, portanto de um compromisso em longo prazo e análise de uma grande quantidade de dados para caracterizá-lo adequadamente. (AU)

Publicações científicas

(57)

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

VILLACIS, ROLANDO A. R.; MIRANDA, PRISCILA M.; GOMY, ISRAEL; SANTOS, ERIKA M. M.; CARRARO, DIRCE M.; ACHATZ, MARIA I.; ROSSI, BENEDITO M.; ROGATTO, SILVIA R.. Contribution of rare germline copy number variations and common susceptibility loci in Lynch syndrome patients negative for mutations in the mismatch repair genes. International Journal of Cancer, v. 138, n. 8, p. 1928-1935, APR 15 2016. (11/07742-7, 08/57887-9)

SANTIAGO, KARINA MIRANDA; DE NOBREGA, AMANDA FRANCA; ROCHA, RAFAEL MALAGOLI; ROGATTO, SILVIA REGINA; ACHATZ, MARIA ISABEL. Xeroderma Pigmentosum: Low Prevalence of Germline XPA Mutations in a Brazilian XP Population. INTERNATIONAL JOURNAL OF MOLECULAR SCIENCES, v. 16, n. 4, p. 8988-8996, APR 2015. (09/16895-1, 08/57887-9)

BELTRAMI, CAROLINE MORAES; DOS REIS, MARIANA BISARRO; BARROS-FILHO, MATEUS CAMARGO; MARCHI, FABIO ALBUQUERQUE; KUASNE, HELLEN; LOPES PINTO, CLOVIS ANTONIO; AMBATIPUDI, SRIKANT; HERCEG, ZDENKO; KOWALSKI, LUIZ PAULO; ROGATTO, SILVIA REGINA. Integrated data analysis reveals potential drivers and pathways disrupted by DNA methylation in papillary thyroid carcinomas. CLINICAL EPIGENETICS, v. 9, MAY 2 2017. (08/57887-9, 15/20748-5)

VILLACIS, ROLANDO A. R.; BASSO, TATIANE R.; CANTO, LUISA M.; PINHEIRO, MAISA; SANTIAGO, KARINA M.; GIACOMAZZI, JULIANA; DE PAULA, CLAUDIA A. A.; CARRARO, DIRCE M.; ASHTON-PROLLA, PATRICIA; ACHATZ, MARIA I.; et al. Rare germline alterations in cancer-related genes associated with the risk of multiple primary tumor development. JOURNAL OF MOLECULAR MEDICINE-JMM, v. 95, n. 5, p. 523-533, MAY 2017. (13/23277-8, 08/57887-9)

SOUZA DE ARAUJO, ERICA SARA; MARCHI, FABIO ALBUQUERQUE; RODRIGUES, TATIANE CRISTINA; VIEIRA, HENRIQUE CURSINO; KUASNE, HELLEN; WADDINGTON ACHATZ, MARIA ISABEL; MOREDO, LUCIANA FACURE; SOARES DE SA, BIANCA COSTA; DUPRAT, JOAO PEREIRA; BRENTANI, HELENA PAULA; et al. Genome-wide DNA methylation profile of leukocytes from melanoma patients with and without CDKN2A mutations. Experimental and Molecular Pathology, v. 97, n. 3, p. 425-432, DEC 2014. (13/07480-8, 12/13963-9, 08/57887-9, 07/04313-2)

BERTONHA, FERNANDA BERNARDI; BARROS FILHO, MATEUS DE CAMARGO; KUASNE, HELLEN; DOS REIS, PATRICIA PINTOR; PRANDO, ERIKA DA COSTA; AUGUSTO MOYANO MUNOZ, JUAN JOSE; ROFFE, MARTIN; MAROSO HAJJ, GLAUCIA NOELI; KOWALSKI, LUIZ PAULO; RAINHO, CLAUDIA APARECIDA; et al. PHF21B as a candidate tumor suppressor gene in head and neck squamous cell carcinomas. MOLECULAR ONCOLOGY, v. 9, n. 2, p. 450-462, FEB 2015. (09/50262-6, 08/57887-9, 12/04370-4)

DA SILVA, FELIPE CARNEIRO; DE OLIVEIRA FERREIRA, JOSE ROBERTO; TORREZAN, GIOVANA TARDIN; PENA FIGUEIREDO, MARCIA CRISTINA; MONTEIRO SANTOS, ERIKA MARIA; NAKAGAWA, WILSON TOSHIHIKO; BRIANESE, RAFAEL CANFIELD; DE OLIVEIRA, LIGIA PETROLINI; BEGNANI, MARIA DIRLEI; AGUIAR-JUNIOR, SAMUEL; et al. Clinical and Molecular Characterization of Brazilian Patients Suspected to Have Lynch Syndrome. PLoS One, v. 10, n. 10, OCT 5 2015. (08/57887-9)

DA SILVA, SABRINA DANIELA; MARCHI, FABIO ALBUQUERQUE; XU, BIN; BIJIAN, KRIKOR; ALOBAID, FAISAL; MLYNAREK, ALEX; ROGATTO, SILVIA REGINA; HIER, MICHAEL; KOWALSKI, LUIZ PAULO; ALAOUI-JAMALI, MOULAY A.. Predominant Rab-GTPase amplicons contributing to oral squamous cell carcinoma progression to metastasis. ONCOTARGET, v. 6, n. 26, p. 21950-21963, SEP 8 2015. (06/61039-8, 08/57887-9)

VALENTIN, MEV DOMINGUEZ; DA SILVA, FELIPE CARNEIRO; MONTEIRO DOS SANTOS, ERIKA MARIA; LISBOA, BIANCA GARCIA; DE OLIVEIRA, LIGIA PETROLINI; FERREIRA, FABIO DE OLIVEIRA; GOMY, ISRAEL; NAKAGAWA, WILSON TOSHIHIKO; AGUIAR JUNIOR, SAMUEL; REDAL, MARIANA; et al. Characterization of germline mutations of MLH1 and MSH2 in unrelated south American suspected Lynch syndrome individuals. FAMILIAL CANCER, v. 10, n. 4, p. 641-647, DEC 2011. (08/57887-9)

AMBROSIO, ELIANE PAPA; TERRASSANI SILVEIRA, CASSIA GISELE; DRIGO, SANDRA APARECIDA; SACOMANO, VIVIAN DE SOUZA; MOLCK, MIRIAM COELHO; ROCHA, RAFAEL MALAGOLI; CUSTODIO DOMINGUES, MARIA APARECIDA; SOARES, FERNANDO AUGUSTO; KOWALSKI, LUIZ PAULO; ROGATTO, SILVIA REGINA. Chromosomal imbalances exclusively detected in invasive front area are associated with poor outcome in laryngeal carcinomas from different anatomical sites. TUMOR BIOLOGY, v. 34, n. 5, p. 3015-3026, OCT 2013. (07/52265-7, 08/57887-9)

BUENO, R. C.; CANEVARI, R. A.; VILLACIS, R. A. R.; DOMINGUES, M. A. C.; CALDEIRA, J. R. F.; ROCHA, R. M.; DRIGO, S. A.; ROGATTO, S. R.. ATM down-regulation is associated with poor prognosis in sporadic breast carcinomas. Annals of Oncology, v. 25, n. 1, p. 69-75, JAN 2014. (07/52632-0, 08/57887-9)

SILVA, AMANDA G.; KREPISCHI, ANA C. V.; PEARSON, PETER L.; HAINAUT, PIERRE; ROSENBERG, CARLA; ACHATZ, MARIA ISABEL. The profile and contribution of rare germline copy number variants to cancer risk in Li-Fraumeni patients negative for TP53 mutations. ORPHANET JOURNAL OF RARE DISEASES, v. 9, APR 28 2014. (09/00898-1, 08/57887-9)

NORONHA FRANCISCO, ANA LUCIA; CORRER, WAGNER RAFAEL; AZEVEDO, LUCIANE HIRAMATSU; KERN, VIVIAN GALLETTA; LOPES PINTO, CLOVIS ANTONIO; KOWALSKI, LUIZ PAULO; KURACHI, CRISTINA. Fluorescence spectroscopy for the detection of potentially malignant disorders and squamous cell carcinoma of the oral cavity. Photodiagnosis and Photodynamic Therapy, v. 11, n. 2, p. 82-90, JUN 2014. (07/57126-5, 08/57887-9, 98/14270-8, 09/12938-8)

SILVA, AMANDA GONCALVES; EWALD, INGRID PETRONI; SAPIENZA, MARINA; PINHEIRO, MANUELA; PEIXOTO, ANA; DE NOBREGA, AMANDA FRANA; CARRARO, DIRCE M.; TEIXEIRA, MANUEL R.; ASHTON-PROLLA, PATRICIA; ACHATZ, MARIA ISABEL W.; et al. Li-Fraumeni-like syndrome associated with a large BRCA1 intragenic deletion. BMC CANCER, v. 12, JUN 12 2012. (08/57887-9)

TORREZAN, GIOVANA TARDIN; CARNEIRO DA SILVA, FELIPE CAVALCANTI; MONTEIRO SANTOS, ERIKA MARIA; VICTORINO KREPISCHI, ANA CRISTINA; WADDINGTON ACHATZ, MARIA ISABEL; AGUIAR JUNIOR, SAMUEL; ROSSI, BENEDITO MAURO; CARRARO, DIRCE MARIA. Mutational spectrum of the APC and MUTYH genes and genotype-phenotype correlations in Brazilian FAP, AFAP, and MAP patients. ORPHANET JOURNAL OF RARE DISEASES, v. 8, APR 5 2013. (08/57887-9)

CARRARO, DIRCE M.; ELIAS, ELIANA V.; ANDRADE, VICTOR P.. Ductal carcinoma in situ of the breast: morphological and molecular features implicated in progression. BIOSCIENCE REPORTS, v. 34, n. 1, p. 18-27, 2014. (08/57887-9)

VICTORINO KREPISCHI, ANA CRISTINA; PEARSON, PETER LEES; ROSENBERG, CARLA. Germline copy number variations and cancer predisposition. FUTURE ONCOLOGY, v. 8, n. 4, p. 441-450, APR 2012. (09/00898-1, 08/57887-9)

SILVA, AMANDA GONCALVES; MASCHIETTO, MARIANA; VIDAL, DANIEL ONOFRE; PELICARIO, LEANDRO MOTA; PEREIRA VELLOSO, ELVIRA DEOLINDA RODRIGUES; LOPES, LUIZ FERNANDO; KREPISCHI, ANA CRISTINA; ROSENBERG, CARLA. Array-CGH as an adjuvant tool in cytogenetic diagnosis of pediatric MDS and JMML. MEDICAL ONCOLOGY, v. 30, n. 4, DEC 2013. (09/00898-1, 08/57887-9)

IHLASEH-CATALANO, SHADIA M.; DRIGO, SANDRA A.; DE JESUS, CARLOS M. N.; DOMINGUES, MARIA APARECIDA C.; TRINDADE FILHO, JOSE CARLOS S.; DE CAMARGO, JOAO LAURO V.; ROGATTO, SILVIA R.. STEAP1 protein overexpression is an independent marker for biochemical recurrence in prostate carcinoma. Histopathology, v. 63, n. 5, p. 678-685, NOV 2013. (04/10028-0, 08/57887-9)

KREPISCHI‚ A.C.V.; ACHATZ‚ M.I.W.; SANTOS‚ E.M.M.; COSTA‚ S.S.; LISBOA‚ B.C.G.; BRENTANI‚ H.; SANTOS‚ T.M.; GONÇALVES‚ A.; NÓBREGA‚ A.F.; PEARSON‚ P.L.; et al. Germline DNA copy number variation in familial and early-onset breast cancer. BREAST CANCER RESEARCH, v. 14, n. 1, p. R24, 2012. (09/00898-1, 08/57887-9)

FIDALGO, FELIPE; GOMES, ELIMAR ELIAS; FACURE, LUCIANA MOREDO; DA SILVA, FELIPE CARNEIRO; CARRARO, DIRCE MARIA; SOARES DE SA, BIANCA COSTA; DUPRAT NETO, JOAO PEDREIRA; VICTORINO KREPISCHI, ANA CRISTINA. Association of melanoma with intraepithelial neoplasia of the pancreas in three patients. Experimental and Molecular Pathology, v. 97, n. 1, p. 144-147, AUG 2014. (13/07480-8, 12/21932-6, 08/57887-9)

DA COSTA, ALEXANDRE A. B. A.; DO CANTO, LUISA M.; LARSEN, SIMON JONAS; GONCALVES RIBEIRO, ADRIANA REGINA; STECCA, CARLOS EDUARDO; PETERSEN, ANNABETH HOGH; AAGAARD, MADS M.; DE BROT, LOUISE; BAUMBACH, JAN; BAIOCCHI, GLAUCO; et al. Genomic profiling in ovarian cancer retreated with platinum based chemotherapy presented homologous recombination deficiency and copy number imbalances of CCNE1 and RB1 genes. BMC CANCER, v. 19, MAY 6 2019. (08/57887-9)

LOPEZ LAPA, RAINER MARCO; BARROS-FILHO, MATEUS CAMARGO; MARCHI, FABIO ALBUQUERQUE; CUSTODIO DOMINGUES, MARIA APARECIDA; DE CARVALHO, GENIVAL BARBOSA; DRIGO, SANDRA APARECIDA; KOWALSKI, LUIZ PAULO; ROGATTO, SILVIA REGINA. Integrated miRNA and mRNA expression analysis uncovers drug targets in laryngeal squamous cell carcinoma patients. Oral Oncology, v. 93, p. 76-84, JUN 2019. (08/57887-9)

VILLACIS, ROLANDO A. R.; ABREU, FRANCINE B.; MIRANDA, PRISCILA M.; DOMINGUES, MARIA A. C.; CARRARO, DIRCE M.; SANTOS, ERIKA M. M.; ANDRADE, VICTOR P.; ROSSI, BENEDITO M.; ACHATZ, MARIA I.; ROGATTO, SILVIA R.. ROBO1 deletion as a novel germline alteration in breast and colorectal cancer patients. TUMOR BIOLOGY, v. 37, n. 3, p. 3145-3153, MAR 2016. (11/07742-7, 10/15901-5, 08/57887-9)

DOS REIS, MARIANA BISARRO; BARROS-FILHO, MATEUS CAMARGO; MARCHI, FABIO ALBUQUERQUE; BELTRAMI, CAROLINE MORAES; KUASNE, HELLEN; LOPES PINTO, CLOVIS ANTONIO; AMBATIPUDI, SRIKANT; HERCEG, ZDENKO; KOWALSKI, LUIZ PAULO; ROGATTO, SILVIA REGINA. Prognostic Classifier Based on Genome-Wide DNA Methylation Profiling in Well-Differentiated Thyroid Tumors. JOURNAL OF CLINICAL ENDOCRINOLOGY & METABOLISM, v. 102, n. 11, p. 4089-4099, NOV 1 2017. (08/57887-9, 15/20748-5)

VILLACIS, R. A. R.; BASSO, T. R.; CANTO, L. M.; NOBREGA, A. F.; ACHATZ, M. I.; ROGATTO, S. R.. Germline large genomic alterations on 7q in patients with multiple primary cancers. SCIENTIFIC REPORTS, v. 7, JAN 31 2017. (08/57887-9)

KUASNE, HELLEN; CANTO, LUISA MATOS DO; AAGAARD, MADS MALIK; MUNOZ, JUAN JOSE MOYANO; JAMBLINNE, CAMILLE DE; MARCHI, FABIO ALBUQUERQUE; SCAPULATEMPO-NETO, CRISTOVAM; FARIA, ELINEY FERREIRA; LOPES, ADEMAR; CARRENO, SEBASTIEN; et al. Penile Cancer-Derived Cells Molecularly Characterized as Models to Guide Targeted Therapies. CELLS, v. 10, n. 4, APR 2021. (15/25373-0, 13/03667-6, 08/57887-9)

DE SOUZA, MARILESIA FERREIRA; KUASNE, HELLEN; DE CAMARGO BARROS-FILHO, MATEUS; CILIAO, HELOISA LIZOTTI; MARCHI, FABIO ALBUQUERQUE; FUGANTI, PAULO EMILIO; ROGATTO, SILVIA REGINA; DE SYLLOS COLUS, ILCE MARA. Circulating mRNA signature as a marker for high-risk prostate cancer. Carcinogenesis, v. 41, n. 2, p. 139-145, FEB 2020. (08/57887-9)

DOS REIS, MARIANA BISARRO; BELTRAMI, CAROLINE MORAES; BARROS-FILHO, MATEUS CAMARGO; MARCHI, FABIO ALBUQUERQUE; KUASNE, HELLEN; AMBATIPUDI, SKIRANT; HERCEG, ZDENKO; KOWALSKI, LUIZ PAULO; ROGATTO, SILVIA REGINA. Epigenetic signatures associated with patient outcome in thyroid carcinoma. Cancer Research, v. 77, p. 2-pg., 2017-07-01. (08/57887-9)

BELTRAMI, CAROLINE MORAES; DOS REIS, MARIANA BISARRO; BARROS-FILHO, MATEUS CAMARGO; MARCHI, FABIO ALBUQUERQUE; KUASNE, HELLEN; LOPES PINTO, CLOVIS ANTONIO; AMBATIPUDI, SRIKANT; HERCEG, ZDENKO; KOWALSKI, LUIZ PAULO; ROGATTO, SILVIA REGINA. Integrated data analysis reveals potential drivers and pathways disrupted by DNA methylation in papillary thyroid carcinomas. CLINICAL EPIGENETICS, v. 9, p. 11-pg., 2017-05-02. (08/57887-9, 15/20748-5)

VILLACIS, ROLANDO A. R.; MIRANDA, PRISCILA M.; GOMY, ISRAEL; SANTOS, ERIKA M. M.; CARRARO, DIRCE M.; ACHATZ, MARIA I.; ROSSI, BENEDITO M.; ROGATTO, SILVIA R.. Contribution of rare germline copy number variations and common susceptibility loci in Lynch syndrome patients negative for mutations in the mismatch repair genes. International Journal of Cancer, v. 138, n. 8, p. 8-pg., 2016-04-15. (08/57887-9, 11/07742-7)

SANTIAGO, KARINA MIRANDA; DE NOBREGA, AMANDA FRANCA; ROCHA, RAFAEL MALAGOLI; ROGATTO, SILVIA REGINA; ACHATZ, MARIA ISABEL. Xeroderma Pigmentosum: Low Prevalence of Germline XPA Mutations in a Brazilian XP Population. INTERNATIONAL JOURNAL OF MOLECULAR SCIENCES, v. 16, n. 4, p. 9-pg., 2015-04-01. (08/57887-9, 09/16895-1)

TORREZAN, GIOVANA T.; DE ALMEIDA, FERNANDA G. DOS SANTOS R.; FIGUEIREDO, MARCIA C. P.; DE FIGUEIREDO BARROS, BRUNA D.; DE PAULA, CLAUDIA A. A.; VALIERIS, RENAN; DE SOUZA, JORGE E. S.; RAMALHO, RODRIGO F.; DA SILVA, FELIPE C. C.; FERREIRA, ELISA N.; et al. Complex Landscape of Germline Variants in Brazilian Patients With Hereditary and Early Onset Breast Cancer. FRONTIERS IN GENETICS, v. 9, MAY 7 2018. (13/23277-8, 13/24633-2, 08/57887-9)

DO CANTO, LUISA MATOS; LARSEN, SIMON J.; CATIN KUPPER, BRUNA E.; FERREIRA DE SOUZA BEGNAMI, MARIA DIRLEI; SCAPULATEMPO-NETO, CRISTOVAM; PETERSEN, ANNABETH HOGH; AAGAARD, MADS M.; BAUMBACH, JAN; AGUIAR JR, SAMUEL; ROGATTO, SILVIA R.. Increased Levels of Genomic Instability and Mutations in Homologous Recombination Genes in Locally Advanced Rectal Carcinomas. FRONTIERS IN ONCOLOGY, v. 9, MAY 14 2019. (15/25803-4, 08/57887-9, 14/06323-9)

STEVANATO FILHO, PAULO ROBERTO; AGUIAR JUNIOR, SAMUEL; BEGNAMI, MARIA DIRLEI; KUASNE, HELLEN; SPENCER, RANYELL MATHEUS; NAKAGAWA, WILSON TOSHIHIKO; BEZERRA, TIAGO SANTORO; KUPPER, BRUNA CATIN; TAKAHASHI, RENATA MAYMI; BARROS FILHO, MATEUS; et al. Oestrogen receptor beta isoform expression in sporadic colorectal cancer, familial adenomatous polyposis and progressive stages of colorectal cancer. BMC CANCER, v. 17, NOV 13 2017. (08/57887-9)

DO CANTO, LUISA MATOS; CURY, SARAH SANTILONI; BARROS-FILHO, MATEUS CAMARGO; CATIN KUPPER, BRUNA ELISA; FERREIRA DE SOUZA BEGNAMI, MARIA DIRLEI; SCAPULATEMPO-NETO, CRISTOVAM; CARVALHO, ROBSON FRANCISCO; MARCHI, FABIO ALBUQUERQUE; OLSEN, DORTE AALUND; MADSEN, JONNA SKOV; et al. Locally advanced rectal cancer transcriptomic-based secretome analysis reveals novel biomarkers useful to identify patients according to neoadjuvant chemoradiotherapy response. SCIENTIFIC REPORTS, v. 9, JUN 18 2019. (14/06323-9, 15/25803-4, 08/57887-9)

DO CANTO, LUISA MATOS; BARROS-FILHO, MATEUS CAMARGO; RAINHO, CLAUDIA APARECIDA; MARINHO, DIOGO; KUPPER, BRUNA ELISA CATIN; BEGNAMI, MARIA DIRLEI FERREIRA DE SOUZA; SCAPULATEMPO-NETO, CRISTOVAM; HAVELUND, BIRGITTE MAYLAND; LINDEBJERG, JAN; MARCHI, FABIO ALBUQUERQUE; et al. Comprehensive Analysis of DNA Methylation and Prediction of Response to NeoadjuvantTherapy in Locally Advanced Rectal Cancer. CANCERS, v. 12, n. 11, NOV 2020. (15/25803-4, 08/57887-9, 14/06323-9)

DA SILVA, SABRINA DANIELA; MARCHI, FABIO ALBUQUERQUE; SU, JIE; YANG, LONG; VALVERDE, LUDMILA; HIER, JESSICA; BIJIAN, KRIKOR; HIER, MICHAEL; MLYNAREK, ALEX; KOWALSKI, LUIZ PAULO; et al. Co-Overexpression of TWIST1-CSF1 Is a Common Event in Metastatic Oral Cancer and Drives Biologically Aggressive Phenotype. CANCERS, v. 13, n. 1, JAN 2021. (08/57887-9, 06/61039-8)

LUBOV, JOSHUA; MASCHIETTO, MARIANA; IBRAHIM, IMAN; MLYNAREK, ALEX; HIER, MICHAEL; KOWALSKI, LUIZ PAULO; ALAOUI-JAMALI, MOULAY A.; DA SILVA, SABRINA DANIELA. Meta-analysis of micrornas expression in head and neck cancer: uncovering association with outcome and mechanisms. ONCOTARGET, v. 8, n. 33, p. 55511-55524, AUG 2017. (06/61039-8, 08/57887-9, 15/06281-7)

BARROS-FILHO, MATEUS CAMARGO; MARCHI, FABIO ALBUQUERQUE; PINTO, CLOVIS ANTONIO; ROGATTO, SILVIA REGINA; KOWALSKI, LUIZ PAULO. High Diagnostic Accuracy Based on CLDN10, HMGA2, and LAMB3 Transcripts in Papillary Thyroid Carcinoma. JOURNAL OF CLINICAL ENDOCRINOLOGY & METABOLISM, v. 100, n. 6, p. E890-E899, JUN 2015. (10/18370-0, 10/09526-7, 08/57887-9)

RIBEIRO DE AVILA, ALEXANDRE LEON; VICTORINO KREPISCHI, ANA CRISTINA; MOREDO, LUCIANA FACURE; MARQUES AGUIAR, TALITA FERREIRA; DA SILVA, FELIPE CARNEIRO; SOARES DE SA, BIANCA COSTA; DE NOBREGA, AMANDA FRANCA; WADDINGTON ACHATZ, MARIA ISABEL; DUPRAT, JOAO PEDREIRA; LANDMAN, GILLES; et al. Germline CDKN2A mutations in Brazilian patients of hereditary cutaneous melanoma. FAMILIAL CANCER, v. 13, n. 4, p. 645-649, DEC 2014. (08/57887-9, 07/04313-2)

TORREZAN, GIOVANA T.; DA SILVA, FELIPE C. C.; KREPISCHI, ANA C. V.; SANTOS, ERIKA M. M.; FERREIRA, FABIO DE O.; ROSSI, BENEDITO M.; CARRARO, DIRCE M.. Breakpoint characterization of a novel large intragenic deletion of MUTYH detected in a MAP patient: Case report. BMC MEDICAL GENETICS, v. 12, SEP 30 2011. (08/57887-9)

FIDALGO, FELIPE; RODRIGUES, TATIANE CRISTINA; SILVA, AMANDA GONCALVES; FACURE, LUCIANA; SOARES DE SA, BIANCA COSTA; DUPRAT, JOAO PEDREIRA; ACHATZ, MARIA ISABEL; ROSENBERG, CARLA; CARRARO, DIRCE MARIA; VICTORINO KREPISCHI, ANA CRISTINA. Role of rare germline copy number variation in melanoma-prone patients. FUTURE ONCOLOGY, v. 12, n. 11, p. 1345-1357, JUN 2016. (12/21932-6, 08/57887-9)

SILVA, FELIPE C. C.; TORREZAN, GIOVANA TARDIN; FERREIRA, JOSE R. O.; OLIVEIRA, LIGIA P.; BEGNAMI, MARIA D. F. S.; AGUIAR JUNIOR, SAMUEL; CARRARO, DIRCE M.. Germline Mutations in MLH1 Leading to Isolated Loss of PMS2 Expression in Lynch Syndrome: Implications for Diagnostics in the Clinic. AMERICAN JOURNAL OF SURGICAL PATHOLOGY, v. 41, n. 6, p. 861-864, JUN 2017. (08/57887-9)

VICTORINO KREPISCHI, ANA CRISTINA; CAPELLI, LEONARDO PIRES; SILVA, AMANDA GONCALVES; SOUZA DE ARAUJO, ERICA SARA; PEARSON, PETER LEES; HECK, BENJAMIN; LIMA DA COSTA, CECILIA MARIA; DE CAMARGO, BEATRIZ; ROSENBERG, CARLA. Large germline copy number variations as predisposing factor in childhood neoplasms. FUTURE ONCOLOGY, v. 10, n. 9, p. 1627-1633, JUL 2014. (09/02058-0, 09/00898-1, 08/57887-9, 13/08028-1)

SILVA, FELIPE C.; LISBOA, BIANCA C. G.; FIGUEIREDO, MARCIA C. P.; TORREZAN, GIOVANA T.; SANTOS, ERIKA M. M.; KREPISCHI, ANA C.; ROSSI, BENEDITO M.; ACHATZ, MARIA I.; CARRARO, DIRCE M.. Hereditary breast and ovarian cancer: assessment of point mutations and copy number variations in Brazilian patients. BMC MEDICAL GENETICS, v. 15, MAY 15 2014. (08/57887-9)

FIDALGO, FELIPE; RODRIGUES, TATIANE CRISTINA; PINILLA, MABEL; SILVA, AMANDA GONCALVES; DO SOCORRO MACIEL, MARIA; ROSENBERG, CARLA; DE ANDRADE, VICTOR PIANA; CARRARO, DIRCE MARIA; VICTORINO KREPISCHI, ANA CRISTINA. Lymphovascular invasion and histologic grade are associated with specific genomic profiles in invasive carcinomas of the breast. TUMOR BIOLOGY, v. 36, n. 3, p. 1835-1848, MAR 2015. (12/21932-6, 08/57887-9, 11/24007-9)

DE SOUZA, MARILESIA FERREIRA; KUASNE, HELLEN; BARROS-FILHO, MATEUS DE CAMARGO; CILIAO, HELOISA LIZOTTI; MARCHI, FABIO ALBUQUERQUE; FUGANTI, PAULO EMILIO; PASCHOAL, ALEXANDRE ROSSI; ROGATTO, SILVIA REGINA; DE SYLLOS COLUS, ILCE MARA. Circulating mRNAs and miRNAs as candidate markers for the diagnosis and prognosis of prostate cancer. PLoS One, v. 12, n. 9, SEP 14 2017. (08/57887-9)

BASSO, TATIANE R.; VILLACIS, ROLANDO A. R.; CANTO, LUISA M.; ALVES, VINICIUS M. F.; LAPA, RAINER M. L.; NOBREGA, AMANDA F.; ACHATZ, MARIA I.; ROGATTO, SILVIA R.. Genomic profile of a Li-Fraumeni-like syndrome patient with a 45,X/46,XX karyotype, presenting neither mutations in TP53 nor clinical stigmata of Turner syndrome. CANCER GENETICS, v. 208, n. 6, p. 341-344, JUN 2015. (08/57887-9)

RIBEIRO OLIVIERI, ELOISA HELENA; FRANCO, LUANA DE ANDRADE; PEREIRA, RAFAEL GOMES; CARVALHO MOTA, LOUISE DANIELLE; CAMPOS, ANTONIO HUGO J. F. M.; CARRARO, DIRCE MARIA. Biobanking Practice: RNA Storage at Low Concentration Affects Integrity. BIOPRESERVATION AND BIOBANKING, v. 12, n. 1, p. 46-52, FEB 1 2014. (98/14335-2, 08/57887-9)

CARRARO, DIRCE MARIA; AZEVEDO KOIKE FOLGUEIRA, MARIA APARECIDA; GARCIA LISBOA, BIANCA CRISTINA; RIBEIRO OLIVIERI, ELOISA HELENA; VITORINO KREPISCHI, ANA CRISTINA; DE CARVALHO, ALEX FIORINI; DE CARVALHO MOTA, LOUISE DANIELLE; PUGA, RENATO DAVID; MACIEL, MARIA DO SOCORRO; DEPIERI MICHELLI, RODRIGO AUGUSTO; et al. Comprehensive Analysis of BRCA1, BRCA2 and TP53 Germline Mutation and Tumor Characterization: A Portrait of Early-Onset Breast Cancer in Brazil. PLoS One, v. 8, n. 3, MAR 1 2013. (98/14335-2, 08/57887-9, 09/10088-7)

VALENTIN, MEV DOMINGUEZ; DA SILVA, FELIPE CARNEIRO; MONTEIRO SANTOS, ERIKA MARIA; DA SILVA, SABRINA DANIELA; FERREIRA, FABIO DE OLIVEIRA; AGUIAR JUNIOR, SAMUEL; GOMY, ISRAEL; VACCARO, CARLOS; ANA REDAL, MARIA; DELLA VALLE, ADRIANA; et al. Evaluation of MLH1 I219V Polymorphism in Unrelated South American Individuals Suspected of Having Lynch Syndrome. ANTICANCER RESEARCH, v. 32, n. 10, p. 4347-4351, OCT 2012. (08/57887-9)

TORREZAN, GIOVANA TARDIN; CARNEIRO DA SILVA, FELIPE CAVALCANTI; VICTORINO KREPISCHI, ANA CRISTINA; MONTEIRO DOS SANTOS, ERIKA MARIA; ROSSI, BENEDITO MAURO; CARRARO, DIRCE MARIA. A novel SYBR-based duplex qPCR for the detection of gene dosage: detection of an APC large deletion in a familial adenomatous polyposis patient with an unusual phenotype. BMC MEDICAL GENETICS, v. 13, JUL 16 2012. (08/57887-9)

COUTINHO-CAMILLO, CLAUDIA MALHEIROS; LOURENCO, SILVIA VANESSA; NONOGAKI, SUELY; VARTANIAN, JOSE GUILHERME; NAGAI, MARIA APARECIDA; KOWALSKI, LUIZ PAULO; SOARES, FERNANDO AUGUSTO. Expression of PAR-4 and PHLDA1 is prognostic for overall and disease-free survival in oral squamous cell carcinomas. Virchows Archiv, v. 463, n. 1, p. 31-39, JUL 2013. (98/14335-2, 07/50608-4, 08/57887-9)

CURY, SARAH SANTILONI; KUASNE, HELLEN; SOUZA, JEFERSON DOS SANTOS; MUNOZ, JUAN JOSE MOYANO; DA SILVA, JEYSON PEREIRA; LOPES, ADEMAR; SCAPULATEMPO-NETO, CRISTOVAM; FARIA, ELINEY FERREIRA; DELAISSE, JEAN-MARIE; MARCHI, FABIO ALBUQUERQUE; et al. Interplay Between Immune and Cancer-Associated Fibroblasts: A Path to Target Metalloproteinases in Penile Cancer. FRONTIERS IN ONCOLOGY, v. 12, p. 13-pg., 2022-07-19. (08/57887-9)

CURY, SARAH SANTILONI; DE MIRANDA, PRISCILA MAYRINK; MARCHI, FABIO ALBUQUERQUE; DO CANTO, LUISA MATOS; CHULAM, THIAGO CELESTINO; PETERSEN, ANNABETH HOGH; AAGAARD, MADS M.; PINTO, CLOVIS ANTONIO LOPES; KOWALSKI, LUIZ PAULO; ROGATTO, SILVIA REGINA. Germline variants in DNA repair genes are associated with young-onset head and neck cancer. Oral Oncology, v. 122, NOV 2021. (08/57887-9)

BELTRAMI, CAROLINE MORAES; DO CANTO, LUISA MATOS; VILLACIS, ROLANDO ANDRE RIOS; PETERSEN, ANNABETH HOGH; AAGAARD, MADS MALIK; CURY, SARAH SANTILONI; FORMIGA, MARIA NIRVANA DA CRUZ; AGUIAR JUNIOR, SAMUEL; ROGATTO, SILVIA REGINA. The repertoire of germline variants in patients with early-onset rectal cancer. CANCER COMMUNICATIONS, v. 42, n. 5, p. 5-pg., 2022-01-14. (15/25803-4, 08/57887-9, 14/06323-9)