Epidemiologia e caracterização molecular de Coronavirus respiratório humano - HCoV, circulantes no município de São Paulo, no período de 1995 a 2009

• Processo: 10/00397-0
• Linha de fomento: Auxílio à Pesquisa - Regular
• Vigência: 01 de março de 2010 - 31 de agosto de 2012
• Área do conhecimento: Ciências Biológicas - Microbiologia - Microbiologia Aplicada
• Pesquisador responsável: Edison Luiz Durigon
• Beneficiário: Edison Luiz Durigon
• Instituição-sede: Instituto de Ciências Biomédicas (ICB). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
• Assunto(s): Virologia Viroses Coronavirus humano Infecções respiratórias Síndrome respiratória aguda grave Análise de sequência de DNA Filogenia Genótipo Amplificação de genes Reação em cadeia da polimerase em tempo real

Resumo

As infecções respiratórias agudas (IRA) são as doenças infecciosas mais frequentes em seres humanos e os vírus respiratórios são os agentes de maior ocorrência na etiologia das mesmas. Os coronavírus humanos (HCoVs) são reconhecidos como causa comum de infecções do trato respiratório superior e, menos comumente, do trato respiratório inferior, sendo o segundo agente mais frequente da síndrome do resfriado comum e podendo representar até 1/3 destes casos no mundo. Dados de incidência ou prevalência do HCoV na população brasileira são escassos, apesar da alta ocorrência de infecções respiratórias durante o inverno. Além disso, considerável porcentagem de casos de IRA no Brasil não tem o agente causal identificado, tampouco incluem a detecção de coronavírus. O presente estudo tem por objetivo avaliar a ocorrência de HCoV em crianças acometidas por infecções respiratórias agudas e atendidas no Hospital Universitário da Universidade de São Paulo (USP) e no Hospital da Santa Casa de Misericórdia de São Paulo, ambos localizados no município de São Paulo. A detecção será realizada a partir de amostras de cDNA de aspirado nasofaríngeo obtidos através de PCR com transcriptase reversa (RT-PCR), seguido de Real Time PCR (qPCR) com oligonucleotídeos degenerados capazes de amplificar fragmentos de diferentes coronavírus. Amostras positivas serão utilizadas para uma nova estratégia de PCR com oligonucleotídeos degenerados capazes de amplificar fragmentos de todos os HCoVs. Os segmentos amplificados serão sequenciados, visando-se a tipificação e construção da relação filogenética entre os vírus identificados. Por fim, será verificada a relação da ocorrência do HCoV com a estação do ano, idade e sexo de crianças acometidas por IRA. (AU)

Publicações científicas

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

DOMINGUEZ, SAMUEL R.; SHRIVASTAVA, SUSMITA; BERGLUND, ANDREW; OIAN, ZHAOHUI; BENTIM GOES, LUIZ GUSTAVO; HALPIN, REBECCA A.; FEDOROVA, NADIA; RANSIER, AMY; WESTON, PHILIP A.; DURIGON, EDISON LUIZ; JEREZ, JOSE ANTONIO; ROBINSON, CHRISTINE C.; TOWN, CHRISTOPHER D.; HOLMES, KATHRYN V. Isolation, propagation, genome analysis and epidemiology of HKU1 betacoronaviruses. JOURNAL OF GENERAL VIROLOGY, v. 95, n. 4, p. 836-848, APR 2014. Citações Web of Science: 6.