Análise da taxa de mutação do vírus da imunodeficiência humana tipo 1 (HIV-1) em ciclo único de infecção in vitro

• Processo: 09/14543-0
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Regular
• Data de Início da vigência: 01 de janeiro de 2010
• Data de Término da vigência: 30 de junho de 2012
• Área do conhecimento: Ciências Biológicas - Microbiologia - Biologia e Fisiologia dos Microorganismos
• Pesquisador responsável: Luiz Mário Ramos Janini
• Beneficiário: Luiz Mário Ramos Janini
• Instituição Sede: Escola Paulista de Medicina (EPM). Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP). Campus São Paulo. São Paulo , SP, Brasil
• Assunto(s): Virologia HIV Diversidade genética Mutação Genomas Amplificação de genes
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: amplificação de genoma único | ciclo único | Hiv-1 | infecção in vitro | seqüenciamento nucleotídico | Taxa mutacional | Virologia

Resumo

Os vírus da imunodeficiência humana tipos 1 e 2 (HIV-1 e HIV-2) são retrovírus nos quais a diversidade genética é muita alta. Esta diversidade é gerada por processos biológicos inerentes aos próprios vírus, sendo em grande parte consequência da falta de atividade revisora da enzima transcriptase reversa (TR). Outras características que interferem na geração de sua heterogeneidade genética são, por exemplo, a recombinação entre vírus de cepas distintas e a alta taxa de replicação viral no hospedeiro. Com esta diversidade genética, estes vírus são capazes de evadir das ações do sistema imune humano e sobrepujar o efeito dos medicamentos empregados. Tal propriedade dificulta ainda o desenvolvimento de vacinas e novas drogas antiretovirais. As taxas de mutação do genoma do HIV-1 foram estimadas com emprego de transcriptase reversa purificada ou sistema de infecção de ciclo único nos quais sequências curtas foram usadas como modelo. Estas sequências muitas vezes foram derivadas de outros organismos. Noutros estudos, as técnicas de detecção das mutações foram baseadas em característica fenotípica em sistema bacteriano. Assim, a taxa de mutação do HIV-1 pode ter sido erroneamente avaliada.Pretendemos avaliar a taxa de mutação do HIV-1 diretamente, pela análise de seqüências longas obtidas de provírus. Células mononucleares do sangue periférico humano serão infectadas em ciclo único, de onde obteremos o ADN proviral. Realizaremos o seqüenciamento de região do genoma com aproximadamente 600 pares de bases (gene env). A partir destes resultados calcularemos a freqüuência de mutação/base/ciclo replicativo. (AU)

Publicações científicas

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

ZUKUROV, JEAN P.; DO NASCIMENTO-BRITO, SIEBERTH; VOLPINI, ANGELA C.; OLIVEIRA, GUILHERME C.; JANINI, LUIZ MARIO R.; ANTONELI, FERNANDO. Estimation of genetic diversity in viral populations from next generation sequencing data with extremely deep coverage. Algorithms for Molecular Biology, v. 11, MAR 11 2016. (09/14543-0)

NASCIMENTO-BRITO, SIEBERTH; ZUKUROV, JEAN PAULO; MARICATO, JULIANA T.; VOLPINI, ANGELA C.; SALIM, ANNA CHRISTINA M.; ARAUJO, FLAVIO M. G.; COIMBRA, RONEY S.; OLIVEIRA, GUILHERME C.; ANTONELI, FERNANDO; JANINI, LUIZ MARIO R.. HIV-1 Tropism Determines Different Mutation Profiles in Proviral DNA. PLoS One, v. 10, n. 9, SEP 28 2015. (09/14543-0)