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Abordagem computacional na identificação de marcadores tumorais e suas interações com drogas para descobrimento de novos alvos terapêuticos

Processo: 07/50894-7
Linha de fomento:Auxílio à Pesquisa - Regular
Vigência: 01 de setembro de 2008 - 31 de agosto de 2010
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Biofísica - Biofísica Molecular
Pesquisador responsável:Eloiza Helena Tajara da Silva
Beneficiário:Eloiza Helena Tajara da Silva
Instituição-sede: Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto (FAMERP). Secretaria de Desenvolvimento Econômico (São Paulo - Estado). São José do Rio Preto , SP, Brasil
Bolsa(s) vinculada(s):09/00969-6 - Bioinformática aplicada ao estudo de marcadores gênicos em aves, BP.TT
Assunto(s):Modelagem molecular  Desenho de drogas  Biologia computacional  Expressão gênica  Proteínas de transporte  Biomarcadores tumorais 

Resumo

A criação de uma base de dados de tumores de cabeça e pescoço, obtidos de resultados de SAGE (Serial Analysis of Gene Expression), microarranjos e proteômica, deve auxiliar de forma muito eficiente a identificação de marcadores tumorais obtidos do cruzamento de genes diferencialmente expressos em ambas as técnicas. Os novos marcadores selecionados por ferramentas desenvolvidas no presente projeto, possibilitarão a identificação de novos alvos terapêuticos a serem utilizados contra bases de dados de ligantes disponíveis publicamente. Os resultados, divulgados publicamente, permitirão a seleção, pelo usuário, de genes com expressão baixa ou elevada em tumores e revelar padrões metabólicos e de sinalização importantes para o desenho de alvos terapêuticos. Estes marcadores serão estudado utilizando programas de bioinformática estrutural para predição e análise de suas conformações 3D em complexo com ligantes selecionados por screening virtual. Com esta metodologia de identificação de marcadores e predição de estruturas 3D, será possível identificar, no âmbito estrutural, com maior precisão e utilizando as mais recentes e aceitas tecnologias de modelagem e interação com drogas em larga escala, novos alvos terapêuticos e drogas mais específicas para tratamento de pacientes com câncer. Os marcadores selecionados serão validados pela técnica de PCR em tempo real e os resultados têm potencial para identificar subtipos tumorais e sua correlação com diferentes parâmetros, como comportamento clínico e sensibilidade a diferentes terapias. (AU)

Publicações científicas
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
SILVEIRA, NELSON J. F.; VARUZZA, LEONARDO; MACHADO-LIMA, ARIANE; LAURETTO, MARCELO S.; PINHEIRO, DANIEL G.; RODRIGUES, RODRIGO V.; SEVERINO, PATRICIA; NOBREGA, FRANCISCO G.; SILVA, JR., WILSON A.; PEREIRA, CARLOS A. DE B.; TAJARA, ELOIZA H.; GENCAPO, HEAD NECK GENOME PROJECT. Searching for molecular markers in head and neck squamous cell carcinomas (HNSCC) by statistical and bioinformatic analysis of larynx-derived SAGE libraries. BMC MEDICAL GENOMICS, v. 1, NOV 11 2008. Citações Web of Science: 24.

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