Combinando algoritmos genéticos e dinâmica molecular para investigar docking proteína-proteína e proteína-ligante

• Processo: 07/05696-2
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Regular
• Vigência: 01 de março de 2008 - 28 de fevereiro de 2010
• Área do conhecimento: Ciências Biológicas - Biofísica - Biofísica Molecular
• Convênio/Acordo: CNRS
• Pesquisador responsável: Ana Ligia Scott
• Beneficiário: Ana Ligia Scott
• Pesq. responsável no exterior: David Perahia
• Instituição no exterior: Université Paris-Sud (Paris 11), França
• Instituição Sede: Centro de Matemática, Computação e Cognição (CMCC). Universidade Federal do ABC (UFABC). Ministério da Educação (Brasil). Santo André , SP, Brasil
• Assunto(s): Modelagem molecular Proteínas Algoritmos genéticos Simulação de dinâmica molecular Simulação de acoplamento molecular
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Algoritmos Geneticos | Dinâmica Molecular | Docking | Enovelmaneto | Predição | proteína | Modelagem Molecular

Resumo

Nesse projeto, pretende-se desenvolver métodos que combinem Algoritmos Genéticos (AG) e Dinâmica Molecular (DM) para aplicar no estudo de docking proteína-proteína e proteína-ligante, considerando o efeitos das mudanças conformacionais globais. A combinação desses dois métodos pode ser uma boa ferramenta, já que cada um deles possui suas peculiaridades: enquanto algoritmos genéticos permitem projetar, de forma eficiente, famílias de estruturas com baixa energia; a dinâmica molecular pode refinar essas estruturas. O projeto será desenvolvido com a colaboração do Prof. Dr. David Perahia, University Paris-Sud, CNRS, France, no período de Outubro de 2007 a Setembro de 2009 (24 meses) e constitui o passo inicial para estabelecer uma forte colaboração entre os grupos de modelagem molecular da UFABC e do Prof. Perahia do CNRS. (AU)