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Extensão Projeto Genoma Câncer

Processo: 00/12495-4
Linha de fomento:Auxílio à Pesquisa - Programa GENOMA
Vigência: 01 de dezembro de 2000 - 28 de fevereiro de 2003
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Genética
Pesquisador responsável:Geraldo Aleixo da Silva Passos Júnior
Beneficiário:Geraldo Aleixo da Silva Passos Júnior
Instituição-sede: Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto (FMRP). Universidade de São Paulo (USP). Ribeirão Preto , SP, Brasil
Assunto(s):Análise de sequência de DNA  Neoplasias  Genoma Humano do Câncer  Genomas 

Resumo

Uma tarefa fundamental na análise de genomas é a identificação de genes. Isto é relativamente muito mais factível no caso de genomas compactos, mas muito mais desafiador para os genomas complexos, como no caso do genoma humano. O uso de estratégias computacionais para a identificação de genes em genomas complexos ainda não é uma rotina e está ficando cada vez mais claro que a identificação de genes dependerá principalmente do alinhamento de sequencias genômicas completas com sequencias de cDNA "full-Iength". A importância das informações contidas em cDNAs tem sido reconhecida desde o começo do Projeto genoma Humano. Entretanto, o sequenciamento de cDNAs completos em larga escala ainda requer avanços técnicos como a produção de bibliotecas de cDNAs enriquecidas de transcritos de grande tamanho e raros. Sequenciamento parcial de expressed sequence tags (ESTs) representa uma estratégia para a geração de larga escala de cDNAs. Elas representam uma estratégia poderosa para a catalogação de genes, mas devido à tendência de conterem sequencias prioritariamente das extremidades 5' e 3' da molécula de cDNA, elas são inapropriadas para a caracterização de genes completos. ORESTES é uma estratégia alternativa para gerar ESTs da porção central dos transcritos que podem ser sistemática e eficientemente geradas em larga escala. Os dados de ORESTES complementam sequencias das ESTs convencionais que cobrem as porções 3' e 5' e permitem, em potencial, o sequenciamento shotgun do transcriptoma humano. (AU)

Publicações científicas
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
TREVISAN, G. L.; TAMIA-FERREIRA, M. C.; PASSOS, G. A. S.; JUNTA, C. M. Immunoglobulin V-lambda transcription profiling of systemic lupus erythematosus patients reveals biased usage of genes located near the J lambda-C lambda segments. Scandinavian Journal of Immunology, v. 59, n. 4, p. 395-399, abr. 2004.

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