Projeto Genoma - FAPESP: laboratório de sequenciamento

• Processo: 97/13478-1
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Programa GENOMA
• Data de Início da vigência: 01 de dezembro de 1997
• Data de Término da vigência: 30 de junho de 2000
• Área do conhecimento: Ciências Biológicas - Bioquímica - Biologia Molecular
• Pesquisador responsável: Tsai Siu Mui
• Beneficiário: Tsai Siu Mui
• Instituição Sede: Centro de Energia Nuclear na Agricultura (CENA). Universidade de São Paulo (USP). Piracicaba , SP, Brasil
• Bolsa(s) vinculada(s): 99/04152-0 - Oxidação de proteínas e atividade antioxidante de Thiol Specific Antioxidant (TSA), BP.TT
• Assunto(s): Análise de sequência de DNA Xylella fastidiosa Clorose variegada dos citros Genomas Genoma Xylella fastidiosa
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Biologia Molecular | Clorose Variegada Dos Citros | Genoma | Sequenciamento De Dna | Xylella Fastidiosa

Resumo

O Projeto de Sequenciamento do CENA/USP, iniciado em Maio de 1999, foi desenvolvido por uma equipe de 1 docente/USP, 1 pós-doutora (FAPESP) diretamente associada ao projeto, 1 pesquisadora/USP, 4 Jovens Pesquisadores da FAPESP (colaboração), 1 técnico de nível superior, 1 aluno de Mestrado do CENA/USP e diversos estagiários. No segundo ano, a pesquisadora Marli de Fátima Fiore deixou a equipe, para dar continuidade ao seu curso de Ph.D. Como resultado, bibliotecas shotguns e de cosmídeos (3) foram sequenciados, resultando em 757 reads de clones shotgun do isolado X0, totalizando 384.446 bases e 82 reads de clones shotgun do isolado X1, totalizando 77.792 bases. Para a construção da biblioteca randômica do cosmídeo X0CE-07B11, contamos com a colaboração dos grupos da Universidade de Mogi das Cruzes, Instituto Butantan e Centro de Biologia Molecular e Engenharia Genética da Unicamp. Para o cosmídeo X0CE-11A09 contamos com a colaboração do grupo da Faculdade de Medicina, Veterinária e Zootecnia da USP. O cosmídeo X0CE-01G06 foi sequenciado pelos grupos CE e UT, em parceria. Cada um dos grupos ficou responsável pela construção da sua biblioteca. Para a clonagem foi utilizado o plasmídeo pUC18. Os plasmídeos foram extraídos, seus fragmentos amplificados utilizando-se o BigDye Terrninator Cycle Sequencing Ready Reaction Kit e sequenciados no sequenciador automático de DNA ABI PRISM 377- Perkin-Elmer. Os géis gerados foram analisados utilizando-se o Sequencing Analysis versões 3.0 e 3.3. Os histogramas originados no sequenciamento foram zipados (Pkzip) e enviados para o Centro de Bioinformática da UNICAMP pela intemet. As sequencias geradas foram montadas em contigs utilizando-se dois programas de computador: Sequencher (GeneCodes Inc.) e phred/phrap/consed (University of Washington). Em seguida, os contigs foram submetidos à análise dos ORFs, utilizando-se o Orf Finder do National Center for Biotechnology Information. Os ORFs obtidos foram enviados ao BLAST. Dois plasmídios foram sequenciados para finishing dos Gaps 00J12 e 00J48. Trinta e nove ends de vinte e sete cosmídeos foram sequenciados nas fases finais do fechamento do Genoma. (AU)