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Programa Genoma Xanthomonas axonopodis pv citri: laboratório de sequenciamento

Processo: 99/06648-3
Linha de fomento:Auxílio à Pesquisa - Programa GENOMA
Vigência: 01 de setembro de 1999 - 30 de junho de 2002
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Genética
Pesquisador responsável:Luis Eduardo Aranha Camargo
Beneficiário:Luis Eduardo Aranha Camargo
Instituição-sede: Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz (ESALQ). Universidade de São Paulo (USP). Piracicaba , SP, Brasil
Bolsa(s) vinculada(s):99/10522-5 - Xanthomonas Genome Project, BP.TT
Assunto(s):Análise de sequência de DNA  Genômica  Xanthomonas axonopodis  Genoma Xanthomonas 

Resumo

O projeto é parte integrante de um projeto interacadêmico denominado Projeto Genoma, cujo objetivo inicial foi sequenciar todo o genoma de X. citri e comparar sequências de genes putativos com sequências já conhecidas de outros micro-organismos, visando o conhecimento das relações filogenéticas desta bactéria. Em seu último ano, o projeto ampliou seus objetivos e incluiu o sequenciamento do genoma de Xanthomonas campestris pv. campestris, permitindo assim uma comparação entre as duas espécies. Membros do laboratório participaram em todas as atividades do projeto, incluindo o sequenciamento de bibliotecas de "shotguns" e de sub-bibliotecas construídas a partir de fragmentos de aproximadamente 40 Kb do genoma de X. citri c1onados em vetores do tipo cosmídeo. O equipamento sequenciador utilizado foi o ABI 377 e ABI3700 e as condições de sequenciamento e resolução eletroforética as indicadas pelo fabricante. As metodologias utilizadas foram descritas no relatório anterior. As sequências dos fragmentos plasmidiais, por sua vez, foram analisadas por meio dos softwares Phred, Phrap e Consed, para que as sequências originais dos fragmentos de 40 Kb fossem reconstruídas. (AU)