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Projeto Genoma - FAPESP: laboratório de sequenciamento

Processo: 97/13465-7
Linha de fomento:Auxílio à Pesquisa - Programa GENOMA
Vigência: 01 de dezembro de 1997 - 30 de junho de 2000
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Bioquímica - Biologia Molecular
Pesquisador responsável:Luis Eduardo Aranha Camargo
Beneficiário:Luis Eduardo Aranha Camargo
Instituição-sede: Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz (ESALQ). Universidade de São Paulo (USP). Piracicaba , SP, Brasil
Assunto(s):Clorose variegada dos citros  Genomas  Análise de sequência de DNA  Xylella fastidiosa  Genoma Xylella fastidiosa 

Resumo

O projeto foi parte integrante de um projeto interacadêmico denominado Projeto Genoma, cuja finalidade foi o de sequenciar todo o genoma de X fastidiosa e comparar sequências de genes putativos com sequências já conhecidas de outros micro-organismos, visando o conhecimento das relações filogenéticas desta bactéria. Assim, o projeto teve por objetivo sequenciar um fragmento de aproximadamente 50 Kb do genoma de X fastidiosa, partindo de fragmentos menores clonados em vetores plasmidiais. O equipamento utilizado foi o ABI 377 e as condições de sequenciamento e resolução eletroforética as indicadas pelo fabricante. As sequências dos fragmentos plasmidiais, por sua vez, foram analisadas por meio do software DNA Sequencher e PhredPhrap Consed, para que a sequência original do fragmento de 50 Kb fosse reconstruída. Finalmente, as sequências de genes putativos foram comparadas com sequências já conhecidas existentes em bancos genômicos para tentar estabelecer, por homologia, a função destes. Nesta etapa, foi dado ênfase a genes putativos já clonados de outras bactérias fitopatogênicas, especialmente genes avr e path, que controlam avirulência e patogenicidade, respectivamente. (AU)