Human transcription validation initiative

• Processo: 00/12496-0
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Programa GENOMA
• Data de Início da vigência: 01 de dezembro de 2000
• Data de Término da vigência: 31 de dezembro de 2003
• Área do conhecimento: Ciências Biológicas - Bioquímica - Biologia Molecular
• Pesquisador responsável: Gustavo Henrique Goldman
• Beneficiário: Gustavo Henrique Goldman
• Instituição Sede: Faculdade de Ciências Farmacêuticas de Ribeirão Preto (FCFRP). Universidade de São Paulo (USP). Ribeirão Preto , SP, Brasil
• Bolsa(s) vinculada(s): 01/14648-5 - Estabelecimento de uma base de processamento de dados visando o desenvolvimento de projetos de bioinformática, BP.TT; 01/14649-1 - Estabelecimento de uma base de processamento de dados visando o desenvolvimento de projetos de bioinformática, BP.TT; 00/14724-0 - Estabelecimento de uma base de processamento de dados visando o desenvolvimento de projetos de bioinformática, BP.TT; 00/14109-4 - Estabelecimento de uma base de processamento de dados visando o desenvolvimento de projetos de bioinformática, BP.TT; 00/07702-0 - Capacitação técnica a partir do sequenciamento do Genoma Humano do Câncer, BP.TT
• Assunto(s): Neoplasias DNA complementar Genomas
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Cancer | Cdnas | Genoma

Resumo

O objetivo deste projeto é validar a estrutura e gerar as sequências para 4000 genes humanos totais em um período de 2 anos. A predição do gene está sendo baseada principalmente nas sequências genômicas validadas durante o Projeto Genoma Humano do Câncer, as quais também são utilizadas como estrutura para o mapeamento das ESTs (convencionais e ORESTES) (Souza et al.,2000; Dias et aI., 2000). Utilizando uma interface gráfica construída para este projeto, foram colhidos os pares de "clusters" de ESTs, de acordo com alguns critérios como: existência de sítios de "splicing", padrão de expressão das ESTs do mesmo “cluster", distância entre os "clusters" (não maior que 10kb) e identidade de alinhamento das ESTs com o genoma humano. Dessa forma, um TF ("transcript finishing") é o fragmento (único ou não) de cDNA que une 2 "clusters" de ESTs, permitindo obter a sequência codificadora completa de um gene. Os "primers" para validação dos genes candidatos são gerados baseados no mapeamento das ESTs, predição computacional dos exons e modelo da organização genômica, bem como o tamanho médio do gene, tamanho dos introns e exons e sua distribuição. O desenho de cada "primer" é feito em uma região que distancie aproximadamente lOOpb para o interior de cada EST, de modo que a amplificação da sequência possa sobrepor essa região da EST, confirmando a validação do TF. Finalmente, um banco de dados para catalogar os genes foi criado e providenciará informações adicionais como localização cromossômica, modelo de expressão, transcritos alternativos, etc. O projeto envolve a participação de 29 laboratórios de validação e 2 laboratórios de coordenação (Dra. Anamaria Camargo-Ludwig e Dra. Mari Cleide Sogayar-IQ USP) e também validação. Neste relatório são apresentadas e discutidas as atividades desenvolvidas no projeto TFI (desde o início do projeto) pelo grupo RC2, que é composto pelo coordenador, Prof. Dr. Gustavo Henrique Goldman, e pela Dra. Marcela Savoldi Barbosa (técnica especialista). (AU)