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Agronomical & environmental genomes

Processo: 00/10156-8
Linha de fomento:Auxílio à Pesquisa - Programa GENOMA
Vigência: 01 de outubro de 2000 - 31 de outubro de 2003
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Genética - Genética Molecular e de Microorganismos
Pesquisador responsável:Éder Antônio Giglioti
Beneficiário:Éder Antônio Giglioti
Instituição-sede: Centro de Ciências Agrárias (CCA). Universidade Federal de São Carlos (UFSCAR). Araras , SP, Brasil
Bolsa(s) vinculada(s):02/00337-0 - Agronomical and Enviromental Genomes -aeg, BP.TT
01/05523-4 - Agronomical and Enviromental Genomes - AEG, BP.TT
01/04488-0 - Agronomical and Environmental Genomes, BP.TT
Assunto(s):Genomas Agronômicos e Ambientais - AEG 

Resumo

Nosso laboratório adquiriu estrutura física, equipamentos, mão de obra qualificada e rapidez para sequenciar e anotar genes com o projeto Genoma da Cana da FAPESP (SUCEST). No final de Agosto, teremos sequenciado cerca de 13.000 "reads" com um índice de sucesso de 85% e porcentagem de pagáveis de 75%. Considerando que, naquela ocasião, tivemos que montar todo o laboratório e, por isso, começamos a sequenciar somente em Março, obtivemos uma excelente performance. Por este motivo, para melhor uso do laboratório e da mão de obra qualificada, pretendemos participar na qualidade de Laboratório de Sequenciamento, ou seja, juntamente com outros três laboratórios, colaborar com a Unidade de Sequenciamento para que 10.000 reads sejam sequenciados por mês, durante um período de dois anos, com qualidade de no mínimo phred > 20. Além do sequenciamento, participaremos da anotação dos genes sequenciados. Neste particular, será muito interessante, uma vez que na anotação do SUCEST, nosso projeto propôs o uso da interação Leifsonia xyli subsp xyli-cana como um modelo para o melhor entendimento dos mecanismos defesa da planta contra bactérias habitantes dos vasos do xilema. Coincidentemente, 05 dois primeiros projetos Xylella fastidiosa da videira e a própria Leifsonia xyli subsp. xyli. Temos todos 05 equipamentos necessários para essa tarefa que estamos propondo. Devemos salientar que o Centro de Ciências Agrárias da Universidade Federal de São Carlos tem recebido total apoio de seus dirigentes rara instituir uma unidade de referência envolvida em sequenciamento e análise de genomas, destacando-se a cana-de-açúcar e seus patógenos e micro-organismos benéficos. (AU)