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Validação de transcritos humanos - extensão do Projeto Genoma Câncer

Processo: 00/12494-8
Linha de fomento:Auxílio à Pesquisa - Programa GENOMA
Vigência: 01 de dezembro de 2000 - 28 de fevereiro de 2003
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Bioquímica - Biologia Molecular
Pesquisador responsável:Flavio Henrique da Silva
Beneficiário:Flavio Henrique da Silva
Instituição-sede: Centro de Ciências Biológicas e da Saúde (CCBS). Universidade Federal de São Carlos (UFSCAR). São Carlos , SP, Brasil
Assunto(s):Neoplasias  Genoma humano  Genoma Humano do Câncer 

Resumo

Um desafio relativo à análise de genomas é a identificação dos genes, principalmente quando o genoma é complexo. Pouco ainda é feito utilizando-se métodos computacionais, porém, é consenso que a identificação depende do alinhamento de sequencias de cDNA e sequências genômicas completas. Para tanto, depende-se da produção de bibliotecas enriquecidas para transcritos longos bem como para transcritos raros. Sequenciamento parcial de sequências expressas, EST, pode ser extremamente importante na catalogação de genes, porém, não é um procedimento adequado para caracterização de clones inteiros devido à discrepância de tamanho de sequências e nos transcritos. ORESTES é um procedimento alternativo que pode ser utilizado para gerar EST de porções centrais de transcritos, complementando desta forma as informações geradas pelos EST. É objetivo deste projeto participar na iniciativa de validação de no mínimo 2.000 genes humanos em um período de 2 anos (um mínimo de 9 genes/mês). Esta validação será realizada principalmente utilizando RT -PCR, subclonagem dos insertos e sequenciamento. Para desenho dos primers a serem utilizados no RT -PCR serão utilizadas informações disponíveis da sequência genômica, EST e ORESTES (AU)