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Desenvolvimento de marcadores moleculares capazes de diferenciar as cepas de levedura (Saccharomyces cerevisiae) durante o processo de fermentação do álcool

Processo: 10/51539-9
Linha de fomento:Auxílio à Pesquisa - Pesquisa Inovativa em Pequenas Empresas - PIPE
Vigência: 01 de janeiro de 2011 - 31 de dezembro de 2012
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Genética - Genética Molecular e de Microorganismos
Pesquisador responsável:Debora Colombi
Beneficiário:Debora Colombi
Empresa:Genotyping Laboratório de Biotecnologia Ltda (Genotyping)
Município: Botucatu
Vinculado ao auxílio:08/55214-7 - Desenvolvimento de marcadores moleculares capazes de diferenciar as cepas de levedura (Saccharomyces cerevisiae) durante o processo de fermentação do álcool, AP.PIPE
Bolsa(s) vinculada(s):11/00087-3 - Desenvolvimento de marcadores moleculares capazes de diferenciar as cepas de levedura (Saccharomyces cerevisiae) durante o processo de fermentação do álcool, BP.PIPE
Assunto(s):Saccharomyces cerevisiae  Repetições de microssatélites  Polimorfismo de um único nucleotídeo  Marcador molecular  Fermentação  Técnicas de genotipagem 

Resumo

O Brasil é atualmente o maior produtor mundial de álcool de cana-de- açúcar, sendo responsável por uma produção anual de aproximadamente 22 bilhões de litros. A produção de álcool se dá através da fermentação do caldo de cana-de-açúcar e/ou - melaço por células de levedura da espécie Saccharomyces cerevisiae. No Brasil várias indústrias acompanham a dinâmica populacional da fermentação por cariotipagem. No entanto este método é dispendioso, demorado e pouco acurado quando se compara a outros métodos moleculares mais sensíveis. Diante disso, este projeto se propõe a desenvolver técnicas de microssatélites e de SNPs para identificar as diferentes linhagens de S. cerevisiae presentes no processo de fermentação em usinas de álcool e utilizado para identificar as principais cepas. Para tanto, onze loci de microssatélites previamente descritos na literatura foram utilizados nas reações de microssatélites utilizando como molde as quatro principais cepas selecionadas (BG-1, CAT-1, PE-2 e SA-1). Dos onze loci testados dois não geraram produtos de amplificação, três foram monomórficos e seis foram polimórficos. Entre os polimórficos quatro foram selecionados (locus A, C, 12 e H) para monitorar a fermentação. Entretanto, o locus A e 12 apresentaram o mesmo padrão. Para dar continuidade ao trabalho, na fase II, pretendemos realizar a amplificação multiplex com diferentes microssatélites para aumentar a confiabilidade do método de genotipagem de leveduras. Para uma melhor definição dos produtos amplificados as amostras serão testadas não mais em eletroforese de agarose, mas em eletroforese capilar. Isto porque na primeira fase do projeto tentamos realizar a análise do multiplex em gel de agarose e a definição não foi satisfatória. Em relação ao estudo dos SNPs, as cepas BG-1, CAT-1, PE-2 e SA-1 tiveram vários genes amplificados e sequenciados. A comparação das sequencias mostrou a presença de SNPs exclusivos de cada uma das 4 cepas padrões. Para a fase II iremos sequenciar 20 colônias diferentes de cada cepa para a confirmação da presença dos SNPs observados na fase I do projeto, para que a seguir, sejam desenhadas as sondas de TaqMan específicas para cada cepa. Serão desenhadas sondas para identificarmos todas as cepas de S. cerevisiae e as Saccharomyces não cerevisiae. Através deste método, além de identificar as diferentes cepas poderemos quantificá-las diretamente da amostra inicial sem a necessidade de plaqueamento das leveduras. (AU)

Matéria(s) publicada(s) no Pesquisa para Inovação FAPESP sobre o auxílio:
Empresa especializada em genômica diversifica produtos e mercados 
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