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SMOLBNET2: estudo de estrutura de proteínas componentes e reguladoras do exossomo de Archaea e de levedura

Processo: 10/51842-3
Linha de fomento:Auxílio à Pesquisa - Temático
Vigência: 01 de janeiro de 2011 - 31 de dezembro de 2015
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Bioquímica - Biologia Molecular
Pesquisador responsável:Carla Columbano de Oliveira
Beneficiário:Carla Columbano de Oliveira
Instituição-sede: Instituto de Química (IQ). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
Pesquisadores principais:Nilson Ivo Tonin Zanchin
Auxílios(s) vinculado(s):12/21016-0 - Visita a laboratórios do IQ e do IB da USP, para estabelecer colaborações nas áreas de biologia de sistemas e análise de interações entre proteínas, para possibilitar o intercâmbio de estudantes de pós-graduação entre USP e Univ. Warwick, e para participação na SBBq, AV.EXT
Bolsa(s) vinculada(s):15/05776-2 - Caracterização funcional de Nop53/PICT1: modulação da biogênese ribossomal, atividade do exossomo, e efeito sobre o ciclo celular, BP.DD
14/04628-7 - Análise do papel de cofatores do exossomo na expressão e estabilidade da exoribonuclease RRP6 em Saccharomyces cerevisiae, BP.IC
12/50196-6 - Caracterização bioquímica e estrutural das interações do exossomo de levedura com proteínas reguladoras com proteínas reguladoras de sua atividade, BP.PD
11/50604-4 - Caracterização bioquímica e estrutural das interações da proteína Rrp43 com outras subunidades do exossomos de levedura, BP.PD
11/04073-7 - Aspectos genéticos do glaucoma primário de ângulo aberto (GPAA) na população brasileira, BP.DR
Assunto(s):Química orgânica  Proteínas  Leveduras 

Resumo

Em eucariotos, vários eventos de processamento pós-transcricional são necessários para a síntese de RNAs maduros. RNAs mensageiros (mRNAs), de transferência (tRNAs), e ribossomais (rRNAs), assim como snRNAs (small nuclear) e snoRNAs (small nucleolar), são processados através de várias etapas que envolvem reações específicas entre RNAs e proteínas. Embora a maioria dos fatores seja específica para cada via maturação dos diferentes tipos de RNAs, alguns são comuns a todos esses eventos. Dentre os fatores comuns está o exossomo, um complexo formado por onze subunidades em Saccharomyces cerevisiae e humanos, que apresenta atividade exoribonucleolítica 3'→5' e que está envolvido na maturação de rRNAs, snoRNAs, snRNAs e na degradação de todos os tipos de RNAs, inclusive na via de RNAi. Nosso laboratório tem-se concentrado no estudo de controle pós-transcricional de expressão gênica, através da caracterização funcional e estrutural de proteínas envolvidas em processamento e degradação de RNAs. Determinamos anteriormente a estrutura do complexo do exossomo na archaea Pyrococcus a partir de dados de espalhamento de raios X a baixo ângulo (Ramos et al., 2006), e cristalografia (Navarro et al., 2008). Obtivemos um modelo da arquitetura do complexo em eucariotos a partir de dados de interação entre as subunidades do exossomo de levedura (Luz et al., 2007). Estudamos também fatores reguladores do exossomo em levedura e em Pyrococcus abyssi (Granato et al., 2008; Luz et al., 2010). Este trabalho tem como objetivo principal a continuação do estudo funcional e estrutural do exossomo de archaea e de levedura e de outras proteínas que interagem com este complexo. (AU)

Publicações científicas (5)
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
GATTI DA SILVA, GUILHERME H.; JURICA, MELISSA S.; CHAGAS DA CUNHA, JULIA P.; OLIVEIRA, CARLA C.; COLTRI, PATRICIA P. Human RNF113A participates of pre-mRNA splicing in vitro. Journal of Cellular Biochemistry, v. 120, n. 5, p. 8764-8774, MAY 2019. Citações Web of Science: 0.
GONZALES-ZUBIATE, FERNANDO A.; OKUDA, ELLEN K.; DA CUNHA, JULIA P. C.; OLIVEIRA, CARLA COLUMBANO. Identification of karyopherins involved in the nuclear import of RNA exosome subunit Rrp6 in Saccharomyces cerevisiae. Journal of Biological Chemistry, v. 292, n. 29, p. 12267-12284, JUL 21 2017. Citações Web of Science: 1.
MIGUEL, RODRIGO BERNARDI; DIVINA PETERSEN, PHILIPPE ALEXANDRE; GONZALES-ZUBIATE, FERNANDO A.; OLIVEIRA, CARLA COLUMBANO; KUMAR, NARESH; DO NASCIMENTO, RAFAEL RODRIGUES; PETRILLI, HELENA MARIA; DA COSTA FERREIRA, ANA MARIA. Inhibition of cyclin-dependent kinase CDK1 by oxindolimine ligands and corresponding copper and zinc complexes. JOURNAL OF BIOLOGICAL INORGANIC CHEMISTRY, v. 20, n. 7, p. 1205-1217, OCT 2015. Citações Web of Science: 9.
PRIETO, MARCELA B.; GEORG, RAPHAELA C.; GONZALES-ZUBIATE, FERNANDO A.; LUZ, JULIANA S.; OLIVEIRA, CARLA C. Nop17 is a key R2TP factor for the assembly and maturation of box C/D snoRNP complex. BMC MOLECULAR BIOLOGY, v. 16, MAR 18 2015. Citações Web of Science: 9.
LOURENCO, ROGERIO F.; LEME, ADRIANA F. P.; OLIVEIRA, CARLA C. Proteomic Analysis of Yeast Mutant RNA Exosome Complexes. JOURNAL OF PROTEOME RESEARCH, v. 12, n. 12, p. 5912-5922, DEC 2013. Citações Web of Science: 4.

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