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Equipamentos multiusuário para implementação de estudos de análise de genômica funcional na FCAV-UNESP

Processo: 04/09142-3
Linha de fomento:Auxílio à Pesquisa - Programa Equipamentos Multiusuários
Vigência: 01 de abril de 2005 - 31 de agosto de 2007
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Bioquímica - Biologia Molecular
Pesquisador responsável:Eliana Gertrudes de Macedo Lemos
Beneficiário:Eliana Gertrudes de Macedo Lemos
Instituição-sede: Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias (FCAV). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de Jaboticabal. Jaboticabal , SP, Brasil
Assunto(s):Cana-de-açúcar  Expressão gênica  Melhoramento genético  Guignardia citricarpa  Xanthomonas 
Página web do EMU: Página do Equipamento Multiusuário não informada
Agendamento de uso: E-mail de agendamento não informado

Resumo

O genoma de Bradyrhizobium elkanii SEMIA 587 vem sendo sequenciado no Laboratório de Bioquímica de Microorganismos e Plantas (LBMP - FCAV/UNESP - Jaboticabal - SP). Até o presente, 15000 seqüências (Be587) foram seqüenciadas, analisadas e comparadas utilizando o programa Blasi rodando localmente. Esta comparação mostrou cerca de 3000 genes funcionais. Os genomas de bactérias relacionadas, Mesorhizobium loti (Kaneko et al., 2000) ê Sinorhizobium meliloti (Galibert et al., 2001), revelaram cerca de 6000 genes funcionais quando seqüenciados. Assim sendo, cerca de 50% dos prováveis genes funcionais em B. elkanii encontram-se disponíveis no LBMP. Pretende-se dar continuidade ao processo de seqüenciamento até que pelo menos 90% do genoma da bactéria seja coberto. Atualmente o seqüenciamento por shotgun vem sendo realizado por um doutorando (Proc. FAPESP nº 02/12745-6) com o objetivo de construir um array com a maioria dos genes funcionais de B, elkanii SEMIA 587 e desta maneira poder avaliar os genes envolvidos na fixação biológica do nitrogênio em soja. Achamos que a construção de uma biblioteca de Fosmídeos com a estratégia de seqüenciamento de pontas, possa permitir que atinjamos este objetivo, de 90% do genoma a ser completado, de forma mais rápida e econômica. Isto permitirá o seqüenciamento apenas dos cosmídeos que não foram cobertos pelo shotgun e desta forma teremos acesso aos genes que ainda não foram detectados o que tomará possível a construção do microarranjo de ONA completo além, do estudo comparativo entre genomas já seqüenciados de bactérias fixadoras do nitrogênio relacionadas. A validação dos resultados obtidos com microarray necessita a utilização de um aparelho de PCR em tempo real (RT-PCR, Real Time PCR). (AU)

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