Criação do Laboratório de Patologia Digital através do uso do escaneador de lâminas histológicas (Aperio® Scanscope CS)

• Processo: 09/53839-2
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Programa Equipamentos Multiusuários
• Data de Início da vigência: 01 de outubro de 2010
• Data de Término da vigência: 30 de setembro de 2012
• Área do conhecimento: Ciências da Saúde - Odontologia - Clínica Odontológica
• Pesquisador responsável: Oslei Paes de Almeida
• Beneficiário: Oslei Paes de Almeida
• Instituição Sede: Faculdade de Odontologia de Piracicaba (FOP). Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Piracicaba , SP, Brasil
• Assunto(s): Imuno-histoquímica Patologia Equipamentos de laboratório
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Angiogenese | Imunohistoquimica | Patologia Digital | Ploidia
• Publicação FAPESP: https://media.fapesp.br/bv/uploads/publicacoes/emu_saude_79.pdf
• Página web do EMU: Página do Equipamento Multiusuário não informada
• Tipo de equipamento: Tipo de Equipamento Multiusuário não informado
• Fabricante: Fabricante não informado
• Modelo: Modelo não informado

Resumo

O equipamento principal solicitado é um scanner modelo Aperio Scanscope CS com capacidade de leitura de 5 lâminas, sendo que cada lâmina é escaneada completamente em cerca de 3 minutos. A qualidade de imagem, menor geração de ruído, menor tamanho do arquivo da imagem digital e a rapidez no processo de escaneamento por colunas tornam este aparelho singular no mercado. Pretendemos estabelecer um Laboratório de Patologia Digital com o objetivo de Implantar a infraestrutura, realizar pesquisas básicas, de ensino, consultoria e capacitar recursos humanos Este escaneador de lâminas permitirá um grande salto na forma corno as pesquisas em patologia são realizadas, visto que com a digitalização das imagens provenientes de lâminas coradas com H&E ou imunoistoquímica associada ao uso de softwares para análise de ploidia, quantificação nuclear ou citoplasmática de imunoistoquímica, tissue microarray, e microdensidade de vasos sanguíneos possibilitará um rápido avanço do conhecimento em patologia. A aquisição deste equipamento multiusuário permitirá a geração de trabalhos científicos em patologia digital, além de permitir uma mudança na forma de ensino de histopatologia para os alunos de graduação e pós-graduação das faculdades envolvidas, já que a análise das imagens é mais rápida e mais fácil de ser armazenada do que as lâminas de vidro. A perspectiva é que o Laboratório de Patologia Digital da FOP-UNICAMP possa em um futuro próximo estabelecer um nível de excelência na prestação de serviços aos laboratórios de patologia nacionais e Internacionais. Para tanto, 12 Professores/Pesquisadores de várias faculdades nacionais e internacionais se reuniram e compilaram a apresentação desta Solicitação Multiusuário. Há 2 Projetos Temáticos FAPESP ligados a esta solicitação. Gostaríamos também de destacar que os pesquisadores associados são professores plenos do Programa de Pós-Graduação em Estomatopatologia da FOP-UNICAMP, o qual é atualmente o único programa do Brasil de Patologia e Estomatologia avaliado com nível 6 junto a CAPES. (AU)

Publicações científicas

(30)

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

FONSECA, FELIPE-PAIVA; SANTOS-SILVA, ALAN-ROGER; LOPES, MARCIO-AJUDARTE; DE ALMEIDA, OSLEI-PAES; VARGAS, PABLO-AGUSTIN. Transition from glass to digital slide microscopy in the teaching of oral pathology in a Brazilian dental school. MEDICINA ORAL PATOLOGIA ORAL Y CIRUGIA BUCAL, v. 20, n. 1, p. E17-E22, JAN 2015. (09/53839-2)

FONSECA, FELIPE PAIVA; BENEVENUTO DE ANDRADE, BRUNO AUGUSTO; LOPES, MARCIO AJUDARTE; REBELO PONTES, HELDER ANTONIO; VARGAS, PABLO AGUSTIN; DE ALMEIDA, OSLEI PAES. P63 expression in papillary cystadenoma and mucoepidermoid carcinoma of minor salivary glands. ORAL SURGERY ORAL MEDICINE ORAL PATHOLOGY ORAL RADIOLOGY, v. 115, n. 1, p. 79-86, JAN 2013. (09/53839-2)

FONSECA, FELIPE PAIVA; BENEVENUTO DE ANDRADE, BRUNO AUGUSTO; CARRINHO AYROSA RANGEL, ANA LUCIA; DELLA COLETTA, RICARDO; LOPES, MARCIO AJUDARTE; DE ALMEIDA, OSLEI PAES; VARGAS, PABLO AGUSTIN. Tissue microarray is a reliable method for immunohistochemical analysis of pleomorphic adenoma. ORAL SURGERY ORAL MEDICINE ORAL PATHOLOGY ORAL RADIOLOGY, v. 117, n. 1, p. 81-88, JAN 2014. (12/07519-9, 09/53839-2, 12/10781-7)

FONSECA, FELIPE PAIVA; MONTANHANA BASSO, MARCOS PAULO; MARIANO, FERNANDA VIVIANE; KOWALSKI, LUIZ PAULO; LOPES, MARCIO AJUDARTE; MARTINS, MANOELA DOMINGUES; CARRINHO AYROZA RANGEL, ANA LUCIA; SANTOS-SILVA, ALAN ROGER; VARGAS, PABLO AGUSTIN. Vascular endothelial growth factor immunoexpression is increased in malignant salivary gland tumors. ANNALS OF DIAGNOSTIC PATHOLOGY, v. 19, n. 3, p. 169-174, JUN 2015. (12/07519-9, 12/17659-2, 09/53839-2, 12/10781-7)

FONSECA, FELIPE P.; BINGLE, LYNNE; SANTOS-SILVA, ALAN R.; LOPES, MARCIO A.; DE ALMEIDA, OSLEI P.; DE ANDRADE, BRUNO A. B.; MARIANO, FERNANDA V.; KOWALSKI, LUIZ P.; RANGEL, ANA L. C. A.; MARTINS, MANOELA D.; et al. Semaphorins and neuropilins expression in salivary gland tumors. JOURNAL OF ORAL PATHOLOGY & MEDICINE, v. 45, n. 2, p. 119-126, FEB 2016. (12/07519-9, 09/53839-2, 12/10781-7)

PRADO RIBEIRO, ANA CAROLINA; CARLOS, ROMAN; SPEIGHT, PAUL M.; HUNTER, KEITH D.; SANTOS-SILVA, ALAN ROGER; DE ALMEIDA, OSLEI PAES; VARGAS, PABLO AGUSTIN. Peritrabecular clefting in fibrous dysplasia of the jaws: an important histopathologic feature for differentiating fibrous dysplasia from central ossifying fibroma. ORAL SURGERY ORAL MEDICINE ORAL PATHOLOGY ORAL RADIOLOGY, v. 114, n. 4, p. 503-508, OCT 2012. (09/53839-2, 08/53025-2)

ARAUJO, ANNA LUIZA DAMACENO; MORAES, MATHEUS CARDOSO; PEREZ-DI-OLIVEIRA, MARIA EDUARDA; DA SILVA, VIVIANE MARIANO; SALDIVIA-SIRACUSA, CRISTINA; PEDROSO, CAIQUE MARIANO; LOPES, MARCIO AJUDARTE; VARGAS, PABLO AGUSTIN; KOCHANNY, SARA; PEARSON, ALEXANDER; et al. Machine learning for the prediction of toxicities from head and neck cancer treatment: A systematic review with meta-analysis. Oral Oncology, v. 140, p. 15-pg., 2023-04-04. (22/07276-0, 21/14585-7, 09/53839-2)

ARAUJO, ANNA LUIZA DAMACENO; DA SILVA, VIVIANE MARIANO; MORAES, MATHEUS CARDOSO; DE AMORIM, HENRIQUE ALVES; FONSECA, FELIPE PAIVA; ST'ANA, MARIA SISSA PEREIRA; MESQUITA, RICARDO ALVES; MARIZ, BRUNO AUGUSTO LINHARES ALMEIDA; PONTES, HELDER ANTONIO REBELO; DE SOUZA, LUCAS LACERDA; et al. The use of deep learning state-of-the-art architectures for oral epithelial dysplasia grading: A comparative appraisal. JOURNAL OF ORAL PATHOLOGY & MEDICINE, v. N/A, p. 8-pg., 2023-09-15. (21/14585-7, 09/53839-2)

FERREIRA, BEATRIZ CARMONA; FREIRE, ALEXANDRE RODRIGUES; ARAUJO, RAFAEL; DO AMARAL-SILVA, GLEYSON KLEBER; OKAMOTO, ROBERTA; PRADO, FELIPPE BEVILACQUA; ROSSI, ANA CLAUDIA. beta-catenin and Its Relation to Alveolar Bone Mechanical Deformation - A Study Conducted in Rats With Tooth Extraction. FRONTIERS IN PHYSIOLOGY, v. 11, JUN 5 2020. (17/14380-0, 09/53839-2)

DAMACENO ARAUJO, ANNA LUIZA; DA SILVA, VIVIANE MARIANO; KUDO, MAIRA SUZUKA; CARLOS DE SOUZA, EDUARDO SANTOS; SALDIVIA-SIRACUSA, CRISTINA; GIRALDO-ROLDAN, DANIELA; LOPES, MARCIO AJUDARTE; VARGAS, PABLO AGUSTIN; KHURRAM, SYED ALI; PEARSON, ALEXANDER T.; et al. Machine learning concepts applied to oral pathology and oral medicine: A convolutional neural networks' approach. JOURNAL OF ORAL PATHOLOGY & MEDICINE, v. 52, n. 2, p. 10-pg., 2023-01-04. (09/53839-2, 21/14585-7)

ROSSI, ANA CLAUDIA; FREIRE, ALEXANDRE RODRIGUES; FERREIRA, BEATRIZ CARMONA; FAVERANI, LEONARDO PEREZ; OKAMOTO, ROBERTA; PRADO, FELIPPE BEVILACQUA. Effects of premature contact in maxillary alveolar bone in rats: relationship between experimental analyses and a micro scale FEA computational simulation study. CLINICAL ORAL INVESTIGATIONS, v. 25, n. 9, p. 5479-5492, SEP 2021. (14/14409-0, 09/53839-2)

DAMACENO ARAUJO, ANNA LUIZA; ARISTIZABAL ARBOLEDA, LADY PAOLA; PALMIER, NATALIA RANGEL; FONSECA, JESSICA MONTENEGRO; PAGLIONI, MARIANA DE PAULI; GOMES-SILVA, WAGNER; PRADO RIBEIRO, ANA CAROLINA; BRANDAO, THAIS BIANCA; SIMONATO, LUCIANA ESTEVAM; SPEIGHT, PAUL M.; et al. The performance of digital microscopy for primary diagnosis in human pathology: a systematic review. Virchows Archiv, v. 474, n. 3, p. 269-287, MAR 2019. (09/53839-2)

DAMACENO ARAUJO, ANNA LUIZA; AMARAL-SILVA, GLEYSON KLEBER; FONSECA, FELIPE PAIVA; PALMIER, NATALIA RANGEL; LOPES, MARCIO AJUDARTE; SPEIGHT, PAUL M.; DE ALMEIDA, OSLEI PAES; VARGAS, PABLO AGUSTIN; SANTOS-SILVA, ALAN ROGER. Validation of digital microscopy in the histopathological diagnoses of oral diseases. Virchows Archiv, v. 473, n. 3, p. 321-327, SEP 2018. (09/53839-2)

ARAUJO, ANNA LUIZA DAMACENO; DO AMARAL-SILVA, GLEYSON KLEBER; PEREZ-DE-OLIVEIRA, MARIA EDUARDA; GALLAGHER, KAREN PATRICIA DOMINGUEZ; LOPEZ DE CACERES, CINTHIA VERONICA BARDALEZ; ROZA, ANA LUIZA OLIVEIRA CORREA; LEITE, AMANDA ALMEIDA; MARIZ, BRUNO AUGUSTO LINHARES ALMEIDA; RODRIGUES-FERNANDES, CARLA ISABELLY; FONSECA, FELIPE PAIVA; et al. Fully digital pathology laboratory routine and remote reporting of oral and maxillofacial diagnosis during the COVID-19 pandemic: a validation study. Virchows Archiv, v. 479, n. 3, p. 585-595, SEP 2021. (09/53839-2)

DO AMARAL-SILVA, GLEYSON KLEBER; DIAS, LARYSSA MOURA; LINHARES ALMEIDA MARIZ, BRUNO AUGUSTO; FONSECA, FELIPE PAIVA; CARRINHO AYROZA RANGEL, ANA LUCIA; ZANELLA, VIRGILIO GONZALES; CASTILHO, ROGERIO MORAES; MARTINS, MANOELA DOMINGUES; VARGAS, PABLO AGUSTIN; WAGNER, VIVIAN PETERSEN. MutS alpha expression predicts a lower disease-free survival in malignant salivary gland tumors: an immunohistochemical study. MEDICINA ORAL PATOLOGIA ORAL Y CIRUGIA BUCAL, v. 27, n. 2, p. 10-pg., 2022-03-01. (09/53839-2, 17/08995-2, 18/12435-5, 15/21520-8, 16/21785-4, 18/24715-2)

ARAUJO, ANNA LUIZA DAMACENO; DO AMARAL-SILVA, GLEYSON KLEBER; PEREZ-DE-OLIVEIRA, MARIA EDUARDA; GALLAGHER, KAREN PATRICIA DOMINGUEZ; LOPEZ DE CACERES, CINTHIA VERONICA BARDALEZ; ROZA, ANA LUIZA OLIVEIRA CORREA; LEITE, AMANDA ALMEIDA; MARIZ, BRUNO AUGUSTO LINHARES ALMEIDA; RODRIGUES-FERNANDES, CARLA ISABELLY; FONSECA, FELIPE PAIVA; et al. Fully digital pathology laboratory routine and remote reporting of oral and maxillofacial diagnosis during the COVID-19 pandemic: a validation study. Virchows Archiv, MAR 2021. (09/53839-2)

ROSSI, ANA CLAUDIA; FREIRE, ALEXANDRE RODRIGUES; FERREIRA, BEATRIZ CARMONA; FAVERANI, LEONARDO PEREZ; OKAMOTO, ROBERTA; PRADO, FELIPPE BEVILACQUA. Effects of premature contact in maxillary alveolar bone in rats: relationship between experimental analyses and a micro scale FEA computational simulation study. CLINICAL ORAL INVESTIGATIONS, FEB 2021. (14/14409-0, 09/53839-2)

SAULO GABRIEL MOREIRA FALCI; ANA TEREZINHA MARQUES MESQUITA; BRUNO AUGUSTO BENEVENUTO DE ANDRADE; JOAO LUIZ DE MIRANDA; JORGE ESQUICHE LEÓN; OSLEI PAES DE ALMEIDA; CÁSSIO ROBERTO ROCHA DOS SANTOS. FASN expression, angiogenesis and lymphangiogenesis in central and peripheral giant cell lesions. Journal of Applied Oral Science, v. 22, n. 2, p. 131-137, 2014-04-00. (09/53839-2)

KAWAHARA, REBECA; MEIRELLES, GABRIELA V.; HEBERLE, HENRY; DOMINGUES, ROMENIA R.; GRANATO, DANIELA C.; YOKOO, SAMI; CANEVAROLO, RAFAEL R.; WINCK, FLAVIAV.; RIBEIRO, ANA CAROLINA P.; BRANDAO, THAIS BIANCA; et al. Integrative analysis to select cancer candidate biomarkers to targeted validation. ONCOTARGET, v. 6, n. 41, p. 43635-43652, DEC 22 2015. (11/22421-2, 09/54067-3, 09/53839-2, 10/19278-0)

FONSECA, FELIPE PAIVA; BINGLE, LYNNE; SANTOS-SILVA, ALAN ROGER; LOPES, MARCIO AJUDARTE; COLETTA, RICARDO D.; BENEVENUTO DE ANDRADE, BRUNO AUGUSTO; MARIANO, FERNANDA VIVIANE; KOWALSKI, LUIZ PAULO; CARRINHO AYROZA RANGEL, ANA LUCIA; MARTINS, MANOELA DOMINGUES; et al. Immunoexpression of hoxb7 and hoxb9 in salivary gland tumours. JOURNAL OF ORAL PATHOLOGY & MEDICINE, v. 45, n. 9, p. 672-681, OCT 2016. (12/10781-7, 12/07519-9, 09/53839-2)

FLORES, ISADORA L.; KAWAHARA, REBECA; MIGUEL, MARCIA C. C.; GRANATO, DANIELA C.; DOMINGUES, ROMENIA R.; MACEDO, CAROLINA C. S.; CARNIELLI, CAROLINA M.; YOKOO, SAMI; RODRIGUES, PRISCILA C.; MONTEIRO, BARBARA V. B.; et al. EEF1D modulates proliferation and epithelial-mesenchymal transition in oral squamous cell carcinoma. Clinical Science, v. 130, n. 10, p. 785-799, MAY 1 2016. (11/22421-2, 09/53839-2, 09/54067-3, 13/01607-6, 10/19278-0)

RIVERA, CESAR; GONZALEZ-ARRIAGADA, WILFREDO A.; LOYOLA-BRAMBILLA, MARCO; DE ALMEIDA, OSLEL PAES; DELLA COLETTA, RICARDO; VENEGAS, BERNARDO. Clinicopathological and immunohistochemical evaluation of oral and oropharyngeal squamous cell carcinoma in Chilean population. INTERNATIONAL JOURNAL OF CLINICAL AND EXPERIMENTAL PATHOLOGY, v. 7, n. 9, p. 5968-5977, 2014. (09/53839-2)

PAIVA-FONSECA, FELIPE; DE-ALMEIDA, OSLEI-PAES; AYROZA-RANGEL, ANA-LUCIA-CARRINHO; AGUSTIN-VARGAS, PABLO. Tissue microarray construction for salivary gland tumors study. MEDICINA ORAL PATOLOGIA ORAL Y CIRUGIA BUCAL, v. 18, n. 1, p. E1-E6, JAN 2013. (09/53839-2)

BENEVENUTO DE ANDRADE, BRUNO AUGUSTO; RAMIREZ-AMADOR, VELIA; ANAYA-SAAVEDRA, GABRIELA; MARTINEZ-MATA, GUILLERMO; FONSECA, FELIPE P.; GRANER, EDGARD; DE ALMEIDA, OSLEI PAES. Expression of PROX-1 in oral Kaposi's sarcoma spindle cells. JOURNAL OF ORAL PATHOLOGY & MEDICINE, v. 43, n. 2, p. 132-136, FEB 2014. (09/53839-2)

KAWAHARA, REBECA; LIMA, RENATO NIYAMA; DOMINGUES, ROMENIA R.; PAULETTI, BIANCA ALVES; MEIRELLES, GABRIELA V.; ASSIS, MICHELLE; MIGLIORINI FIGUEIRA, ANA CAROLINA; PAES LEME, ADRIANA FRANCO. Deciphering the Role of the ADAM17-Dependent Secretome in Cell Signaling. JOURNAL OF PROTEOME RESEARCH, v. 13, n. 4, p. 2080-2093, APR 2014. (11/22421-2, 09/54067-3, 09/53839-2, 10/19278-0)

GRANATO, DANIELA C.; ZANETTI, MARIANA R.; KAWAHARA, REBECA; YOKOO, SAMI; DOMINGUES, ROMENIA R.; ARAGAO, ANNELIZE Z.; AGOSTINI, MICHELLE; CARAZZOLLE, MARCELO F.; VIDAL, RAMON O.; FLORES, ISADORA L.; et al. Integrated Proteomics Identified Up-Regulated Focal Adhesion-Mediated Proteins in Human Squamous Cell Carcinoma in an Orthotopic Murine Model. PLoS One, v. 9, n. 5, MAY 23 2014. (11/22421-2, 11/02267-9, 09/53839-2, 09/54067-3, 10/19278-0)

FONSECA, FELIPE PAIVA; BENEVENUTO DE ANDRADE, BRUNO AUGUSTO; COLETTA, RICARDO D.; VARGAS, PABLO AGUSTIN; LOPES, MARCIO AJUDARTE; DE ALMEIDA, OSLEI PAES; SANTOS-SILVA, ALAN ROGER. Clinicopathological and immunohistochemical analysis of 19 cases of oral eosinophilic ulcers. ORAL SURGERY ORAL MEDICINE ORAL PATHOLOGY ORAL RADIOLOGY, v. 115, n. 4, p. 532-540, APR 2013. (09/53839-2)

GIRALDO-ROLDAN, DANIELA; FERNANDES, DIEGO TETZNER; LOUREDO, BRENDO VINICIUS RODRIGUES; PENAFORT, PAULO VICTOR MENDES; ROZA, ANA LUIZA OLIVEIRA CORREA; SANTOS-SILVA, ALAN ROGER; VARGAS, PABLO AGUSTIN. An ulcerative nodule on the dorsal tongue in an 8-year-old boy. ORAL SURGERY ORAL MEDICINE ORAL PATHOLOGY ORAL RADIOLOGY, v. 136, n. 2, p. 6-pg., 2023-08-01. (22/01257-4, 09/53839-2, 20/03818-8)

ARAUJO, ANNA LUIZA DAMACENO; DE SOUZA, EDUARDO SANTOS CARLOS; FAUSTINO, ISABEL SCHAUSLTZ PEREIRA; SALDIVIA-SIRACUSA, CRISTINA; BRITO-SARRACINO, TAMIRES; ADUDURATE LOPES, MARCIO; VARGAS, PABLO AGUSTIN; PEARSON, ALEXANDER T.; KOWALSKI, LUIZ PAULO; DE CARVALHO, ANDRE CARLOS PONCE DE LEON FERREIRA; et al. Clinicians' perception of oral potentially malignant disorders: a pitfall for image annotation in supervised learning. ORAL SURGERY ORAL MEDICINE ORAL PATHOLOGY ORAL RADIOLOGY, v. 136, n. 3, p. 7-pg., 2023-09-01. (22/07276-0, 21/14585-7, 09/53839-2)

FONSECA, FELIPE-PAIVA; SANTOS-SILVA, ALAN-ROGER; LOPES, MARCIO-AJUDARTE; DE ALMEIDA, OSLEI-PAES; VARGAS, PABLO-AGUSTIN. Transition from glass to digital slide microscopy in the teaching of oral pathology in a Brazilian dental school. MEDICINA ORAL PATOLOGIA ORAL Y CIRUGIA BUCAL, v. 20, n. 1, p. 6-pg., 2015-01-01. (09/53839-2)