Integrando citogenética e genômica na compreensão da estrutura e evolução de cromossomos B em eucariotos utilizando o peixe ciclídeo Haplochromis obliquidens como modelo

• Processo: 11/03807-7
• Linha de fomento: Auxílio à Pesquisa - Regular
• Vigência: 01 de junho de 2011 - 31 de maio de 2013
• Área do conhecimento: Ciências Biológicas - Genética - Genética Animal
• Pesquisador responsável: César Martins
• Beneficiário: César Martins
• Instituição-sede: Instituto de Biociências (IBB). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de Botucatu. Botucatu , SP, Brasil
• Assunto(s): Citogenética

Resumo

Os cromossomos B ocorrem em adição ao complemento cromossômico A em cerca de 15% das espécies de eucariotos. Diversos estudos têm sido conduzidos relacionados à distribuição, freqüência, mecanismos de transmissão, efeitos na expressão gênica, estrutura e origem destes cromossomos. Quanto à composição, a maioria dos cromossomos B é heterocromática ou composta basicamente de elementos repetitivos, entretanto a presença de genes cópia única não tem sido rigorosamente testada. Além disso, estudos de expressão gênica relacionados a cromossomos B ou sua influência na expressão do genoma A são restritos a poucos grupos. Os peixes ciclídeos têm recebido grande interesse científico uma vez que muitas espécies apresentam grande importância para a aqüicultura e alguns grupos terem sofrido um rápido e extenso processo de radiação adaptativa. Além disso, em algumas espécies do grupo, tem sido relatada a presença de cromossomos B, como observado em Haplochromis obliquidens. Diversas espécies do grupo, como Oreochromis niloticus por exemplo, já possuem genomas seqüenciados e outras estão em processo de seqüenciamento. Adicionalmente, plataformas de microarray estão disponíveis para as espécies O. niloticus e Astatotilapia burtoni. Considerando os aspectos citados, atrelados à possibilidade do uso de ferramentas que integram dados genômicos, como genomas inteiros seqüenciados, plataformas de microarray e citogenética molecular (citogenômica), o presente projeto visa analisar a conteúdo genômico, origem, evolução e alterações na expressão gênica relacionada a presença de cromossomos B, utilizando a espécie H. obliquidens como modelo. Estas análises integrativas mostram-se promissoras na elucidação de diversas questões em relação a vários mecanismos/processos e estruturas biológicas, como os cromossomos B, abrindo perspectivas ao esclarecimento da presença destes elementos genômicos em eucariotos. (AU)

Publicações científicas

(5)

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

JEHANGIR, MARYAM; AHMAD, SYED F.; CARDOSO, ADAUTO L.; RAMOS, ERICA; VALENTE, GUILHERME T.; MARTINS, CESAR. De novo genome assembly of the cichlid fish Astatotilapia latifasciata reveals a higher level of genomic polymorphism and genes related to B chromosomes. CHROMOSOMA, v. 128, n. 2, p. 81-96, JUN 2019. Citações Web of Science: 1.

CARMELLO, BIANCA O.; COAN, RAFAEL L. B.; CARDOSO, ADAUTO L.; RAMOS, ERICA; FANTINATTI, BRUNO E. A.; MARQUES, DIEGO F.; OLIVEIRA, ROGERIO A.; VALENTE, GUILHERME T.; MARTINS, CESAR. The hnRNP Q-like gene is retroinserted into the B chromosomes of the cichlid fish Astatotilapia latifasciata. Chromosome Research, v. 25, n. 3-4, p. 277-290, OCT 2017. Citações Web of Science: 4.

FANTINATTI, BRUNO E. A.; MARTINS, CESAR. Development of chromosomal markers based on next-generation sequencing: the B chromosome of the cichlid fish Astatotilapia latifasciata as a model. BMC GENETICS, v. 17, AUG 18 2016. Citações Web of Science: 4.

VALENTE, GUILHERME; KOCHER, THOMAS; EICKBUSH, THOMAS; SIMOES, RAFAEL P.; MARTINS, CESAR. Integrated cytogenetics and genomics analysis of transposable elements in the Nile tilapia, Oreochromis niloticus. Molecular Genetics and Genomics, v. 291, n. 3, p. 1219-1225, JUN 2016. Citações Web of Science: 2.

VALENTE, GUILHERME T.; CONTE, MATTHEW A.; FANTINATTI, BRUNO E. A.; CABRAL-DE-MELLO, DIOGO C.; CARVALHO, ROBSON F.; VICARI, MARCELO R.; KOCHER, THOMAS D.; MARTINS, CESAR. Origin and Evolution of B Chromosomes in the Cichlid Fish Astatotilapia latifasciata Based on Integrated Genomic Analyses. Molecular Biology and Evolution, v. 31, n. 8, p. 2061-2072, AUG 2014. Citações Web of Science: 58.