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Análise comparativa e funcional dos genomas de Leifsonia xyli subsp. xyli e Leifsonia xyli subsp. cynodontis

Processo: 01/12613-0
Linha de fomento:Auxílio à Pesquisa - Apoio a Jovens Pesquisadores
Vigência: 01 de junho de 2002 - 31 de julho de 2004
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Genética - Genética Molecular e de Microorganismos
Pesquisador responsável:Claudia Barros Monteiro Vitorello
Beneficiário:Claudia Barros Monteiro Vitorello
Instituição-sede: Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz (ESALQ). Universidade de São Paulo (USP). Piracicaba , SP, Brasil
Bolsa(s) vinculada(s):04/00824-4 - Sequenciamento de fragmentos do genoma de Leifsonia xyli subsp. cynodontis e análise comparativa ao genoma de Leifsonia xyli subsp.xyli, BP.IC
02/11592-1 - Sequenciamento parcial de fragmentos cromossômicos de Leifsonia xyli subsp. cynodontis: uma análise genômica macro comparativa com Leifsonia xyli subsp. xyli, BP.MS
02/02820-0 - Análise comparativa e funcional dos genomas de Leifsonia xyli subsp. xyli e Leifsonia xyli subsp. cynodontis, BP.JP
Assunto(s):Análise de sequência de DNA  Bactérias  Leifsonia xyli 
Publicação FAPESP:http://media.fapesp.br/bv/uploads/pdfs/Investindo...pesquisadores_169_146_146.pdf

Resumo

Projetos de sequenciamento de genomas possuem a característica de gerar um grande volume de conhecimento que precisa ser estudado a posteriori por meio de análises funcionais. Assim, o presente projeto representa um primeiro esforço no sentido de explorar funcionalmente os resultados do projeto de sequenciamento do genoma da bactéria Leifsonia xyli subsp. xyli no que tange a identificação de genes de patogenicidade. Seus objetivos dividem-se em duas vertentes: análise comparativa e análise funcional propriamente dita. No caso de Lxx, a análise comparativa reveste-se de especial interesse e de grande potencial para identificar genes de patogenicidade, haja vista a existência de uma outra subespécie de Leifsonia xyli, denominada L.x. subsp. cynodontis (Lxc), que é patogênica a gramíneas do gênero Cynodon mas que, embora endofítica, não é patogênica a cana-de-açúcar. Considerando o grande número de exemplos onde fenótipos virulentos podem ser determinados pela presença ou ausência de certos genes, o presente projeto utilizará técnicas alternativas ao sequenciamento completo de genomas para identificar genes exclusivos ao genoma de cada uma destas bactérias. Através da hibridização do genoma de Lxc a um microarray de DNA baseado no genoma completamente sequenciado de Lxx teremos informações referentes às sequências que estão ausentes no genoma de Lxc. Para obter informações sobre genes adicionais presentes em Lxc mas, ausentes em Lxx, serão utilizados métodos de hibridização subtrativa do DNA total dos dois genomas. A expressão destes genes será então analisada em experimentos funcionais subsequentes. Os experimentos funcionais utilizarão a técnica de microarray para estudar padrões de expressão gênica de isolados selvagens patogênicos de Lxx e de mutantes não patogênicos, por meio de hibridizações de DNA total com o cDNA preparado a partir de mRNA extraído de células de Lxx cultivadas em meio de cultura na presença e ausência de extratos vegetais. Genes de expressão alterada em Lxx, também serão estudados em Lxc se presentes nesta subespécie, por meio de microarray. (AU)