Busca avançada
Ano de início
Entree

Biodiversidade, genômica comparativa e evolução na família Vibrionaceae (bactéria)

Processo: 04/00814-9
Linha de fomento:Auxílio à Pesquisa - Apoio a Jovens Pesquisadores
Vigência: 01 de novembro de 2004 - 31 de maio de 2006
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Genética - Genética Molecular e de Microorganismos
Pesquisador responsável:Fabiano Lopes Thompson
Beneficiário:Fabiano Lopes Thompson
Instituição-sede: Centro Pluridisciplinar de Pesquisas Químicas, Biológicas e Agrícolas (CPQBA). Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Paulínia , SP, Brasil
Bolsa(s) vinculada(s):05/50387-2 - Biodiversidade, genômica comparativa e evolução na família Vibrionaceae (bactéria), BP.TT
04/06205-4 - Biodiversidade, genômica comparativa e evolução da família Vibrionaceae, BP.JP
Assunto(s):Bactérias  Filogenia  Biodiversidade  Genômica  Evolução molecular  Taxonomia dos grupos recentes 
Publicação FAPESP:http://media.fapesp.br/bv/uploads/pdfs/Investindo...pesquisadores_158_139_140.pdf

Resumo

Este projeto integra áreas de pesquisa multidisciplinares, relacionadas à pesquisa em genômica comparativa, biologia básica, evolução e filogenia de microrganismos. Esses temas serão de importância estratégica para o melhor conhecimento da biodiversidade microbiana brasileira e desenvolvimento tecnológico, possibilitando o estabelecimento de novas abordagens para caracterização de diversidade e sistemática bacteriana. A pesquisa será desenvolvida em quatro anos. A primeira etapa enfocará a genômica comparativa de víbrios e espécies relacionadas. O objetivo desta análise é ampliar o conhecimento sobre as relações evolutivas entre as diversas espécies de víbrios, utilizando para tal uma estratégia inovadora de estudo, que consiste na determinação de um conjunto de genes homólogos, identificados por meio de análises de genômica comparativa de dados de projetos de sequenciamento de genomas bacterianos disponíveis para acesso público e avaliação do potencial desses marcadores como ferramentas de identificação e classificação de um esquema de Multi Locus Sequence Typing (MLST; Maiden et al., 1998; La Scola et al., 2003). Uma vez selecionado um conjunto de genes de interesse, será feito o desenho de primers para PCR e subsequente análise destes loci (7 ou mais genes) em uma coleção de aproximadamente 200 linhagens de referência de víbrios (família Vibrionaceae) e representantes de espécies relacionadas, isto é, Enterobacteriaceae, Photobacteriaceae e Salinivibrionaceae (Thompson, 2003). A aplicação e a validação do esquema proposto para caracterização da biodiversidade de víbrios serão realizadas por meio da análise complementar de um grande número de isolados ambientais de diferentes origens geográficas, incluindo isolados brasileiros de diferentes habitats marinhos, principalmente no Estado de São Paulo. É previsto o isolamento e a subsequente análise de 300 a 400 isolados ambientais. Essa coleção será analisada seguindo os fundamentos da taxonomia polifásica (Thompson et al., 2002; Vandamme et al., 1996). Linhagens representativas dessa coleção serão analisadas por MLST. Os dados de MLST e de taxonomia polifásica de víbrios serão utilizados para a criação de uma ferramenta na internet para auxiliar a identificação de isolados desse importante grupo bacteriano. Nesse web site, cada espécie terá sequências dos loci analisados e ferramentas de comparação que possibilitarão a identificação on-line por qualquer pesquisador. O site será posteriormente mantido com recursos institucionais e atualizado periodicamente com a descrição de novas espécies. Antecipamos que os conceitos e desenvolvimento de protocolos experimentais resultantes deste projeto terão fortes impactos e repercussão na pesquisa em taxonomia microbiana em nível internacional. Os resultados deste projeto poderão ser amplamente disseminados e aplicados ao estudo de outros grupos microbianos complexos, sendo de grande valia para a revisão taxonômica destes e facilitação do processo de descrição de novas espécies de bactérias. (AU)

Publicações científicas
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
RAMOS, PATRICIA LOCOSQUE; MOREIRA-FILHO, CARLOS ALBERTO; VAN TRAPPEN, STEFANIE; SWINGS, JEAN; DE VOS, PAUL; BARBOSA, HELOIZA RAMOS; THOMPSON, CRISTIANE CARNEIRO; RIBEIRO VASCONCELOS, ANA TEREZA; THOMPSON, FABIANO LOPES. An MLSA-based online scheme for the rapid identification of Stenotrophomonas isolates. Memórias do Instituto Oswaldo Cruz, v. 106, n. 4, p. 394-399, JUN 2011. Citações Web of Science: 7.

Por favor, reporte erros na lista de publicações científicas escrevendo para: cdi@fapesp.br.