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Análise de genomas completos e parciais do vírus da imunodeficiência humana do tipo 1 (HIV-1) em pacientes pediátricos da Cidade de São Paulo, Brasil

Processo: 11/09983-1
Linha de fomento:Auxílio à Pesquisa - Regular
Vigência: 01 de setembro de 2011 - 30 de novembro de 2012
Área do conhecimento:Ciências da Saúde - Medicina - Clínica Médica
Pesquisador responsável:Sabri Saeed Mohamed Ahmed Al-Sanabani
Beneficiário:Sabri Saeed Mohamed Ahmed Al-Sanabani
Instituição-sede: Instituto de Medicina Tropical de São Paulo (IMT). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
Pesq. associados:Antonio Charlys da Costa ; Esper Georges Kallás ; Ester Cerdeira Sabino ; María Teresa Maidana Giret ; Walter Kleine Neto
Assunto(s):Virologia  AIDS  HIV-1  Diversidade genética  Pediatria 

Resumo

A variabilidade genética é uma das maiores características do vírus da imunodeficiência humana do tipo 1 (HIV-1) sendo considerada um dos fatores cruciais nas frustradas tentativas de controle da epidemia e no desenvolvimento de uma vacina. O entendimento da diversidade é fundamental não somente para o sucesso no desenvolvimento de vacinas e drogas, mas também para entender a epidemiologia e o diagnostico genético. Realizaremos análise do genoma completo do HIV-1 isolados de coorte pediátrica, com crianças infectadas por transmissão vertical no Estado de São Paulo, onde pretendemos, otimizar estratégias de diagnóstico do HIV-1, identificar assinaturas e polimorfismos no genoma viral e suas associações com a evolução biológica dos níveis de linfócitos T CD4 e carga viral plasmática, fornecer uma estimativa de conservação para resposta a vários subtipos de HIV-1 em celulas T citototoxicas, melhorando a caracterização atraves de epitopos anti-HIV-1, comparando as seqüências de proteínas preditas de nossas amostras com seqüências de referências de epítopo ideais a um grande número de alelos HLA classe I e II, cobrindo mais de 90% dos haplótipos em diferentes populações, analisar a variabilidade de aminoácidos nos Linfócitos T Citotóxicos e T-Helper baseado em epitopos conhecidos, buscar e caracterizar possíveis Formas Recombinantes Circulantes (CRFs) específicas, identificar um possível padrão de recombinação entre amostras circulantes, verificando tendências evolutivas que podem estar ocorrendo na epidemia desta população, incrementar o número de sequências de HIV-1 brasileiros caracterizados em mais de uma região do genoma, ainda pouco representado no mundo, descrever a estabilidade da classificação original de subtipos ao nível de genoma completo, avaliar a prevalência de resistência em pacientes pediátricos, visto que todos os estudos realizados até o momento relatam apenas a avaliação de "trechos" dos genomas.A extração do DNA proviral será realizada a partir de células mononucleares de sangue periférico (PBMC), a amplificação será através de reação em cadeia da polimerase (PCR) em dois "rounds" de acordo com os protocolos estabelecidos em nosso laboratório, sendo feita em 5 fragmentos em sobreposição que cobrem todo o genoma do HIV-1. Os produtos serão sequenciados em fragmentos menores. Todas sequências serão processadas através de análises filogenéticas. Informações sobre a evolução, estatísticas de coorte, genética do hospedeiro, mapeamento de epítopos, dados clínicos, imunológicos e epidemiológicos serão cruzados com sequências virais para permitir estudos de associação subseqüentes. (AU)

Matéria(s) publicada(s) na Agência FAPESP sobre o auxílio:
Estudo indica que HIV ganha diversidade genética em São Paulo 

Publicações científicas
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
SANABANI, SABRI SAEED; PESSOA, RODRIGO; SOARES DE OLIVEIRA, ANA CAROLINA; MARTINEZ, VANESSA POUZA; GIRET, MARIA TERESA MAIDANA; DE MENEZES SUCCI, REGINA CELIA; CARVALHO, KARINA; TOMIYAMA, CLAUDIA SATIKO; NIXON, DOUGLAS F.; SABINO, ESTER CERDEIRA; KALLAS, ESPER GEORGES. Variability of HIV-1 Genomes among Children and Adolescents from Sao Paulo, Brazil. PLoS One, v. 8, n. 5 MAY 7 2013. Citações Web of Science: 14.

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