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Caracterização do vírus da imunodeficiência humana (HIV-1) pela análise do genoma completo viral em amostras de doadores de sangue nos estados de Pernambuco, Minas Gerais, Rio de Janeiro e São Paulo

Processo: 11/11090-5
Linha de fomento:Auxílio à Pesquisa - Regular
Vigência: 01 de outubro de 2011 - 31 de março de 2014
Área do conhecimento:Ciências da Saúde - Medicina - Clínica Médica
Pesquisador responsável:Sabri Saeed Mohamed Ahmed Al-Sanabani
Beneficiário:Sabri Saeed Mohamed Ahmed Al-Sanabani
Instituição-sede: Instituto de Medicina Tropical de São Paulo (IMT). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
Pesq. associados:Antonio Charlys da Costa ; Esper Georges Kallás ; Ester Cerdeira Sabino ; João Eduardo Ferreira ; Walter Kleine Neto
Bolsa(s) vinculada(s):13/06978-2 - Caracterização do vírus da imunodeficiência humana (HIV-1) pela análise do genoma completo viral em amostras de doadores de sangue nos estados de Pernambuco, Minas Gerais, Rio de Janeiro e São Paulo, BP.TT
Assunto(s):Doenças transmissíveis  AIDS  HIV-1  Doadores de sangue 

Resumo

A variabilidade genética é uma das características mais importantes do HIV-1, sendo um dos fatores cruciais nas tentativas de controle da epidemia e no desenvolvimento de uma vacina eficaz. O entendimento da diversidade é fundamental não somente para o sucesso no desenvolvimento de vacinas e drogas, mas também para entender a epidemiologia e o diagnostico genético. Realizaremos análises de genomas completos de HIV-1 de 300 amostras, isoladas de doadores de sangue infectados que residem nos Estados de São Paulo (n=70), Rio de Janeiro (n=90), Minas Gerais (n=50) e Pernambuco (n=90) para contribuir na otimização de estratégias de diagnósticos do HIV-1, procurar identificar assinaturas e polimorfismos no genoma viral e sua associações com a evolução biológica dos níveis de linfócitos T CD4 e carga viral plasmática, buscar interações em nível molecular entre aminoácidos no gene envelope do HIV-1 de variantes com o tetrâmero GWGR na alça V3 da população viral presente na infecção intra-paciente, analisar a variabilidade de aminoácidos nos Linfócitos T Citotóxicos e T-Helper baseado em epitopos conhecidos, caracterizar um possível padrão de recombinação entre amostras circulantes, verificando tendências evolutivas que podem estar ocorrendo na epidemia desta população, construir um painel de genomas completos de possíveis amostras recombinantes inter-subtipos do HIV-1 isolados de pacientes recém infectados para estimar a possível existência de CRFs e sua dispersão no Brasil, buscando-as e caracterizando-as, incrementar o número de seqüências de HIV brasileiros caracterizados em mais de uma região do genoma, ainda pouco representado no mundo, descrever a estabilidade da classificação original de subtipos ao nível de genoma completo, avaliar a prevalência de resistência primária nas cinco classes de medicamentos disponíveis em pacientes infectados, visto que todos os estudos realizados até o momento relatam apenas a avaliação de "trechos" dos genomas. A extração do RNA viral será realizada a partir do plasma, depois de sintetizado o cDNA, será realizada PCR em duas etapas seguindo os protocolos do nosso laboratório com amplificação de 5 fragmentos em sobreposição que cobrem todo o genoma do HIV-1. Os produtos serão seqüenciados em fragmentos menores. Todas as seqüências serão analisadas através de análises filogenéticas. Informações sobre a evolução, estatísticas dos indivíduos, genética do hospedeiro, mapeamento de epítopos, dados clínicos, imunológicos e epidemiológicos serão cruzados com seqüências virais para permitir estudos de associação subseqüentes. (AU)

Publicações científicas (6)
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
PESSOA, RODRIGO; LOUREIRO, PAULA; LOPES, MARIA ESTHER; CARNEIRO-PROIETTI, ANNA B. F.; SABINO, ESTER C.; BUSCH, MICHAEL P.; SANABANI, SABRI S. Ultra-Deep Sequencing of HIV-1 near Full-Length and Partial Proviral Genomes Reveals High Genetic Diversity among Brazilian Blood Donors. PLoS One, v. 11, n. 3 MAR 31 2016. Citações Web of Science: 14.
PEREIRA DA FONSECA, TAIRACAN AUGUSTO; PESSOA, RODRIGO; SANABANI, SABRI SAEED. Molecular Analysis of Bacterial Microbiota on Brazilian Currency Note Surfaces. INTERNATIONAL JOURNAL OF ENVIRONMENTAL RESEARCH AND PUBLIC HEALTH, v. 12, n. 10, p. 13276-13288, OCT 2015. Citações Web of Science: 7.
PESSOA, RODRIGO; SABINO, ESTER C.; SANABANI, SABRI S. Frequency of coreceptor tropism in PBMC samples from HIV-1 recently infected blood donors by massively parallel sequencing: the REDS II study. VIROLOGY JOURNAL, v. 12, MAY 14 2015. Citações Web of Science: 2.
PESSOA, RODRIGO; WATANABE, JAQUELINE TOMOKO; CALABRIA, PAULA; ALENCAR, CECILIA SALETE; LOUREIRO, PAULA; LOPES, MARIA ESTHER; PROETTI, ANNA BARBARA; FELIX, ALVINA CLARA; SABINO, ESTER C.; BUSCH, MICHAEL P.; SANABANI, SABRI S.; RECIPIENT, INT COMPONENT NHLBI. Enhanced detection of viral diversity using partial and near full-length genomes of human immunodeficiency virus Type 1 provirus deep sequencing data from recently infected donors at four blood centers in Brazil. Transfusion, v. 55, n. 5, p. 980-990, MAY 2015. Citações Web of Science: 7.
PESSOA, RODRIGO; WATANABE, JAQUELINE TOMOKO; CALABRIA, PAULA; FELIX, ALVINA CLARA; LOUREIRO, PAULA; SABINO, ESTER C.; BUSCH, MICHAEL P.; SANABANI, SABRI S.; RECIPIENT, INT COMPONENT NHLBI. Deep Sequencing of HIV-1 near Full-Length Proviral Genomes Identifies High Rates of BF1 Recombinants Including Two Novel Circulating Recombinant Forms (CRF) 70_BF1 and a Disseminating 71_BF1 among Blood Donors in Pernambuco, Brazil. PLoS One, v. 9, n. 11 NOV 17 2014. Citações Web of Science: 13.

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