Caracterização biológica de recombinantes naturais e artificiais entre os subtipos B e F de HIV-1

• Processo: 10/19341-4
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Regular
• Data de Início da vigência: 01 de outubro de 2011
• Data de Término da vigência: 30 de setembro de 2013
• Área do conhecimento: Ciências Biológicas - Genética - Genética Molecular e de Microorganismos
• Pesquisador responsável: Paolo Marinho de Andrade Zanotto
• Beneficiário: Paolo Marinho de Andrade Zanotto
• Instituição Sede: Instituto de Ciências Biomédicas (ICB). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
• Assunto(s): Retroviridae Transferência genética horizontal Diversidade genética HIV-1 Antirretrovirais Resistência a medicamentos Simulação de dinâmica molecular
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Construção de vetores | Dinâmica Molecular | Isolamento viral | Recombinação entre retrovírus | Resistência a antiretrovirais | Valor adaptativo viral | virologia molecular básica

Resumo

Apesar dos esforços para controlar a propagação da epidemia de HIV, a grande diversidade de formas recombinantes pode estar associada ao aumento de pessoas infectadas em todo o mundo. No Brasil, muitos vírus recombinantes foram detectados. Até o momento, 5 formas recombinantes circulantes (CRF) já foram descritas (CRF28_BF, CRF29_BF, CRF39_BF, CRF40_BF, CRF46_BF). Este fato indica a relevância de formas recombinantes na epidemia brasileira. Apesar da sua crescente importância epidemiológica, pouco se sabe sobre o tropismo celular, resistência às drogas antiretrovirais, capacidade de replicação e sobre a transmissão do vírus recombinantes em nossas epidemias. Este projeto visa estudar alguns aspectos relevantes da biologia de formas recombinantes do HIV-1 circulantes no Estado de São Paulo que foram coletadas durante a Rede de Diversidade Genética Viral (VGDN), programa financiado pela FAPESP. Inicialmente, vamos procurar isolar através de co-cultivo alguns exemplares de CRF28_BF e CRF29_BF e alguns formas recombinantes adicionais. A fim de confirmar o perfil de recombinação e assinaturas genéticas particulares, o genoma de cada isolado será seqüenciado. Depois disso, o uso de co-receptores de cada isolado será determinado usando métodos de genotipagem e fenotipagem. Da mesma forma, os perfis de resistência das transcriptases reversas e proteases virais serão determinados por métodos de genotipagem e fenotipagem. Além disso, algumas proteases resistentes selecionadas serão reconstruídas in silico para simulações da interação com o inibidor Nefinavir por meio de dinâmica molecular. Além disso, algumas destas proteases selecionadas serão fenotipadas por meio de sua inserção e expressão em HIV recombinantes gerados em nosso laboratório durante experimentos de infecção celular. (AU)

Publicações científicas

(5)

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

FREIRE, CAIO C. M.; IAMARINO, ATILA; LY SOUMARE, PEINDA O.; FAYE, OUSMANE; SALL, AMADOU A.; ZANOTTO, PAOLO M. A.. Reassortment and distinct evolutionary dynamics of Rift Valley Fever virus genomic segments. SCIENTIFIC REPORTS, v. 5, JUN 23 2015. (10/19341-4, 12/04818-5, 13/15144-8, 14/06090-4)

WEIDMANN, MANFRED; FREY, STEFAN; FREIRE, CAIO C. M.; ESSBAUER, SANDRA; RUZEK, DANIEL; KLEMPA, BORIS; ZUBRIKOVA, DANA; VOEGERL, MARIA; PFEFFER, MARTIN; HUFERT, FRANK T.; et al. Molecular phylogeography of tick-borne encephalitis virus in central Europe. JOURNAL OF GENERAL VIROLOGY, v. 94, p. 11-pg., 2013-09-01. (10/19341-4, 11/17120-3)

WEIDMANN, MANFRED; FREY, STEFAN; FREIRE, CAIO C. M.; ESSBAUER, SANDRA; RUZEK, DANIEL; KLEMPA, BORIS; ZUBRIKOVA, DANA; VOEGERL, MARIA; PFEFFER, MARTIN; HUFERT, FRANK T.; et al. Molecular phylogeography of tick-borne encephalitis virus in central Europe. JOURNAL OF GENERAL VIROLOGY, v. 94, n. 9, p. 2129-2139, SEP 2013. (10/19341-4, 11/17120-3)

FAYE, OUMAR; FREIRE, CAIO C. M.; IAMARINO, ATILA; FAYE, OUSMANE; DE OLIVEIRA, JULIANA VELASCO C.; DIALLO, MAWLOUTH; ZANOTTO, PAOLO M. A.; SALL, AMADOU ALPHA. Molecular Evolution of Zika Virus during Its Emergence in the 20th Century. PLoS Neglected Tropical Diseases, v. 8, n. 1, JAN 2014. (10/19341-4, 00/04205-6, 12/04818-5)

IAMARINO, ATILA; DE MELO, FERNANDO LUCAS; BRACONI, CARLA TORRES; DE ANDRADE ZANOTTO, PAOLO MARINHO. BF Integrase Genes of HIV-1 Circulating in Sao Paulo, Brazil, with a Recurrent Recombination Region. PLoS One, v. 7, n. 4, APR 2 2012. (00/04205-6, 09/16740-8, 08/58559-5, 07/01554-9, 10/19341-4)