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Caracterização biológica de recombinantes naturais e artificiais entre os subtipos B e F de HIV-1

Processo: 10/19341-4
Linha de fomento:Auxílio à Pesquisa - Regular
Vigência: 01 de outubro de 2011 - 30 de setembro de 2013
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Genética - Genética Molecular e de Microorganismos
Pesquisador responsável:Paolo Marinho de Andrade Zanotto
Beneficiário:Paolo Marinho de Andrade Zanotto
Instituição-sede: Instituto de Ciências Biomédicas (ICB). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
Assunto(s):Retroviridae  Transferência genética horizontal  Diversidade genética  HIV-1  Antirretrovirais  Resistência a medicamentos  Simulação de dinâmica molecular 

Resumo

Apesar dos esforços para controlar a propagação da epidemia de HIV, a grande diversidade de formas recombinantes pode estar associada ao aumento de pessoas infectadas em todo o mundo. No Brasil, muitos vírus recombinantes foram detectados. Até o momento, 5 formas recombinantes circulantes (CRF) já foram descritas (CRF28_BF, CRF29_BF, CRF39_BF, CRF40_BF, CRF46_BF). Este fato indica a relevância de formas recombinantes na epidemia brasileira. Apesar da sua crescente importância epidemiológica, pouco se sabe sobre o tropismo celular, resistência às drogas antiretrovirais, capacidade de replicação e sobre a transmissão do vírus recombinantes em nossas epidemias. Este projeto visa estudar alguns aspectos relevantes da biologia de formas recombinantes do HIV-1 circulantes no Estado de São Paulo que foram coletadas durante a Rede de Diversidade Genética Viral (VGDN), programa financiado pela FAPESP. Inicialmente, vamos procurar isolar através de co-cultivo alguns exemplares de CRF28_BF e CRF29_BF e alguns formas recombinantes adicionais. A fim de confirmar o perfil de recombinação e assinaturas genéticas particulares, o genoma de cada isolado será seqüenciado. Depois disso, o uso de co-receptores de cada isolado será determinado usando métodos de genotipagem e fenotipagem. Da mesma forma, os perfis de resistência das transcriptases reversas e proteases virais serão determinados por métodos de genotipagem e fenotipagem. Além disso, algumas proteases resistentes selecionadas serão reconstruídas in silico para simulações da interação com o inibidor Nefinavir por meio de dinâmica molecular. Além disso, algumas destas proteases selecionadas serão fenotipadas por meio de sua inserção e expressão em HIV recombinantes gerados em nosso laboratório durante experimentos de infecção celular. (AU)

Publicações científicas (4)
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
FREIRE, CAIO C. M.; IAMARINO, ATILA; LY SOUMARE, PEINDA O.; FAYE, OUSMANE; SALL, AMADOU A.; ZANOTTO, PAOLO M. A. Reassortment and distinct evolutionary dynamics of Rift Valley Fever virus genomic segments. SCIENTIFIC REPORTS, v. 5, JUN 23 2015. Citações Web of Science: 9.
FAYE, OUMAR; FREIRE, CAIO C. M.; IAMARINO, ATILA; FAYE, OUSMANE; DE OLIVEIRA, JULIANA VELASCO C.; DIALLO, MAWLOUTH; ZANOTTO, PAOLO M. A.; SALL, AMADOU ALPHA. Molecular Evolution of Zika Virus during Its Emergence in the 20th Century. PLoS Neglected Tropical Diseases, v. 8, n. 1 JAN 2014. Citações Web of Science: 356.
WEIDMANN, MANFRED; FREY, STEFAN; FREIRE, CAIO C. M.; ESSBAUER, SANDRA; RUZEK, DANIEL; KLEMPA, BORIS; ZUBRIKOVA, DANA; VOEGERL, MARIA; PFEFFER, MARTIN; HUFERT, FRANK T.; ZANOTTO, PAOLO M.; DOBLER, GERHARD. Molecular phylogeography of tick-borne encephalitis virus in central Europe. JOURNAL OF GENERAL VIROLOGY, v. 94, n. 9, p. 2129-2139, SEP 2013. Citações Web of Science: 20.
IAMARINO, ATILA; DE MELO, FERNANDO LUCAS; BRACONI, CARLA TORRES; DE ANDRADE ZANOTTO, PAOLO MARINHO. BF Integrase Genes of HIV-1 Circulating in Sao Paulo, Brazil, with a Recurrent Recombination Region. PLoS One, v. 7, n. 4 APR 2 2012. Citações Web of Science: 3.

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