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Usando dados esparsos de ressonância magnética nuclear e modelagem comparativa para determinar estrutura e dinâmica de proteínas com aplicação em desenho racional de drogas

Processo: 11/11343-0
Linha de fomento:Auxílio à Pesquisa - Apoio a Jovens Pesquisadores
Vigência: 01 de janeiro de 2012 - 31 de dezembro de 2015
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Bioquímica - Biologia Molecular
Pesquisador responsável:Rinaldo Wander Montalvão
Beneficiário:Rinaldo Wander Montalvão
Instituição-sede: Instituto de Física de São Carlos (IFSC). Universidade de São Paulo (USP). São Carlos , SP, Brasil
Pesq. associados: Hélio Crestana Guardia ; Richard Charles Garratt
Bolsa(s) vinculada(s):13/20929-4 - Determinação de complexos entre proteínas a partir de dados experimentais esparsos, BP.DR
12/23001-0 - Estudo e desenvolvimento de uma GUI baseada em C++/QT/VTK para programas de modelagem de proteínas, BP.IC
12/00137-3 - Usando dados esparsos de ressonância magnética nuclear e modelagem comparativa para determinar estrutura e dinâmica de proteínas com aplicação em desenho racional de drogas, BP.JP
Assunto(s):Cristalografia  Proteínas  Ressonância magnética nuclear  Biologia computacional 

Resumo

Esse projeto tem como objetivo desenvolver um sistema híbrido de bioinformática para a determinação simultânea da estrutura terciária e da dinâmica de proteínas de interesse para o desenho racional de drogas. A intenção é desenvolver novas metodologias que tratem o problema de solucionar a estrutura de proteínas, onde métodos tradicionais de Cristalografia de Raios-X e Ressonância Magnética Nuclear (RMN) falham em produzir um modelo confiável. A ideia é de gerar um conjunto de estruturas proteicas que refletem os dados experimentais, através do uso de dois procedimentos distintos:*Modelagem Comparativa de Proteínas desenvolvida durante meu doutorado no grupo do professor Sir Tom Blundell no Departamento de Bioquímica da Universidade de Cambridge no Reino Unido.*Dinâmica Molecular Auxiliada por RMN criado durante meu pós-doutorado no grupo dos professores Michele Venduscolo e Chris Dobson no Departamento de Química da Universidade de Cambridge. Eu pretendo combinar essas técnicas em uma ferramenta que possa ser usada por grupos experimentais e empresas farmacêuticas no Brasil e no exterior no desenvolvimento racional de drogas. Essa ferramenta é uma extensão natural do programa ORCHESTRAR de modelagem comparativa que desenvolvi durante o meu doutorado no grupo de Tom Blundell e hoje se encontra licenciada pelo CNPq e pela Universidade de Cambridge à empresa americana Tripos (www.tripos.com), sendo esse o programa de "Advanced Protein Modelling" do sistema SYBYL. (AU)

Publicações científicas
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
SARAIVA MACEDO TIMMERS, LUIS FERNANDO; NETO, ANTONIO M. S.; MONTALVAO, RINALDO W.; BASSO, LUIZ A.; SANTOS, DIOGENES S.; DE SOUZA, OSMAR NORBERTO. EPSP synthase flexibility is determinant to its function: computational molecular dynamics and metadynamics studies. Journal of Molecular Modeling, v. 23, n. 7 JUL 2017. Citações Web of Science: 0.

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