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Usando dados esparsos de ressonância magnética nuclear e modelagem comparativa para determinar estrutura e dinâmica de proteínas com aplicação em desenho racional de drogas

Resumo

Esse projeto tem como objetivo desenvolver um sistema híbrido de bioinformática para a determinação simultânea da estrutura terciária e da dinâmica de proteínas de interesse para o desenho racional de drogas. A intenção é desenvolver novas metodologias que tratem o problema de solucionar a estrutura de proteínas, onde métodos tradicionais de Cristalografia de Raios-X e Ressonância Magnética Nuclear (RMN) falham em produzir um modelo confiável. A ideia é de gerar um conjunto de estruturas proteicas que refletem os dados experimentais, através do uso de dois procedimentos distintos:*Modelagem Comparativa de Proteínas desenvolvida durante meu doutorado no grupo do professor Sir Tom Blundell no Departamento de Bioquímica da Universidade de Cambridge no Reino Unido.*Dinâmica Molecular Auxiliada por RMN criado durante meu pós-doutorado no grupo dos professores Michele Venduscolo e Chris Dobson no Departamento de Química da Universidade de Cambridge. Eu pretendo combinar essas técnicas em uma ferramenta que possa ser usada por grupos experimentais e empresas farmacêuticas no Brasil e no exterior no desenvolvimento racional de drogas. Essa ferramenta é uma extensão natural do programa ORCHESTRAR de modelagem comparativa que desenvolvi durante o meu doutorado no grupo de Tom Blundell e hoje se encontra licenciada pelo CNPq e pela Universidade de Cambridge à empresa americana Tripos (www.tripos.com), sendo esse o programa de "Advanced Protein Modelling" do sistema SYBYL. (AU)

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Publicações científicas
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
SARAIVA MACEDO TIMMERS, LUIS FERNANDO; NETO, ANTONIO M. S.; MONTALVAO, RINALDO W.; BASSO, LUIZ A.; SANTOS, DIOGENES S.; DE SOUZA, OSMAR NORBERTO. EPSP synthase flexibility is determinant to its function: computational molecular dynamics and metadynamics studies. Journal of Molecular Modeling, v. 23, n. 7 JUL 2017. Citações Web of Science: 0.

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