Estudos da diversidade microbiana no Parque Zoológico do Estado de São Paulo

• Processo: 11/50870-6
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Programa BIOTA - Temático
• Vigência: 01 de agosto de 2012 - 31 de julho de 2018
• Área do conhecimento: Ciências Biológicas - Microbiologia
• Pesquisador responsável: João Carlos Setubal
• Beneficiário: João Carlos Setubal
• Instituição Sede: Instituto de Química (IQ). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
• Pesquisadores principais: Aline Maria da Silva
• Bolsa(s) vinculada(s): 17/20539-2 - Capacitação técnica para o projeto temático Estudos da Diversidade Microbiana no Zoológico de São Paulo, BP.TT; 17/12645-7 - Caracterização de três novos bacteriófagos de Pseudomonas aeruginosa, BP.IC; 16/23639-5 - Utilização de testes fenotípicos e moleculares para identificação de bactérias com capacidade de biodegradar hidrocarbonetos, BP.IC; + mais bolsas vinculadas 16/09565-9 - Estudos de diversidade microbiana no Zoo de São Paulo - apoio de bioinformática, BP.TT; 15/08561-7 - Estudos da diversidade microbiana no Parque Zoológico de S. Paulo, BP.TT; 14/16450-8 - Análise da diversidade de bacteriófagos associada à comunidade microbiana durante o processo de compostagem, BP.MS; 14/15413-1 - Prospecção e caracterização de enzimas termoestáveis de interesse industrial em dados metagenômicos e metatranscritômicos da compostagem do Parque Zoológico de São Paulo, BP.PD; 13/05325-5 - Análise computacional de genes codificantes de glicosil hidrolases em dados metagenômicos de compostagem, BP.MS; 13/08148-7 - Estudos de metagenômica e metatranscritômica da comunidade microbiana da compostagem do Zoológico de São Paulo, BP.DD; 13/00536-8 - Estudos da diversidade microbiana do Parque Zoológico do Estado de São Paulo -- Projeto temático. Treinamento técnico de nível 5, para a parte de bioinformática, BP.TT - menos bolsas vinculadas
• Assunto(s): Biodiversidade Biologia computacional Compostagem Metagenômica Ecologia
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Biodiversidade | Bioinformatica | Compostagem | Ecologia | Metagenomica | Microbioma
• Publicação FAPESP: https://media.fapesp.br/bv/uploads/pdfs/Brazilian_biodiversity...future_PJNv3vk_33_34.pdf

Resumo

Este projeto tem por objetivo geral coletar, analisar e prospectar dados moleculares de três microbiomas existentes no Parque Zoológico do Estado de São Paulo: com postagem vegetal da mata atlântica, lago, e fezes de macacos bugias. A escolha destes três microbiomas contempla a diversidade de ambientes no parque e a missão de preservação de animais da Fundação PZSP. O projeto dará continuidade a outro projeto financiado pela FAPESP (processo 2009/52030-5R) o qual focaliza somente a unidade de com postagem do parque. O projeto fará uso de diversas metodologias, sendo as principais a metagenômica por pirossequenciamento, a identificação dos isolados microbianos por espectrofotometria de massa, e bioinformática. Como resultados esperados incluem-se diversos bancos de dados, dois websites, uma coleção de isolados, publicações científicas de alto nível e material de divulgação para educação em microbiologia junto aos visitantes do parque e para ensino fundamental e médio. O projeto inclui pesquisadores da USP (campi Butantan e Zona Leste), da UNIFESP (campi Vila Clementino e Diadema), e da Fundação Parque Zoológico de São Paulo. O projeto atende à chamada do programa BIOTA-microorganismos dando ênfase aos seguintes aspectos: caracterização da biodiversidade de microorganismos e de biomas específicos, com prospecção e o estabelecimento de coleções de linhagens microbianas; desenvolvimento de estratégias para a rápida identificação e transferência de linhagens com potencial de aplicação biotecnológica e industrial; e bioprospecção de produtos microbianos. (AU)

Publicações científicas

(9)

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

SILVA, NATALIA MARIA; SILVA ARAUJO DE OLIVEIRA, ALINE MARCIA; PEGORIN, STEFANIA; GIUSTI, CAMILA ESCANDURA; FERRARI, VITOR BATISTA; BARBOSA, DEIBS; MARTINS, LAYLA FARAGE; MORAIS, CARLOS; SETUBAL, JOAO CARLOS; VASCONCELLOS, SUZAN PANTAROTO; et al. Characterization of novel hydrocarbon-degrading Gordonia paraffinivorans and Gordonia sihwensis strains isolated from composting. PLoS One, v. 14, n. 4, APR 18 2019. (11/50870-6, 16/23639-5)

AMGARTEN, DEYVID; MARTINS, LAYLA FARAGE; LOMBARDI, KAREN CRISTINA; ANTUNES, LUCIANA PRINCIPAL; SILVA DE SOUZA, ANA PAULA; NICASTRO, GIANLUCCA GONCALVES; KITAJIMA, ELLIOTT WATANABE; QUAGGIO, RONALDO BENTO; UPTON, CHRIS; SETUBAL, JOAO CARLOS; et al. Three novel Pseudomonas phages isolated from composting provide insights into the evolution and diversity of tailed phages. BMC Genomics, v. 18, MAY 4 2017. (14/16450-8, 15/14334-3, 11/50870-6)

ANTUNES, LUCIANA PRINCIPAL; MARTINS, LAYLA FARAGE; PEREIRA, ROBERTA VERCIANO; THOMAS, ANDREW MALTEZ; BARBOSA, DEIBS; LEMOS, LEANDRO NASCIMENTO; MACHADO SILVA, GIANLUCA MAJOR; SILVA MOURA, LIVIA MARIA; CONDOMITTI EPAMINO, GEORGE WILLIAN; DIGIAMPIETRI, LUCIANO ANTONIO; et al. Microbial community structure and dynamics in thermophilic composting viewed through metagenomics and metatranscriptomics. SCIENTIFIC REPORTS, v. 6, DEC 12 2016. (11/50870-6)

AMGARTEN, DEYVID; BRAGA, LUCAS P. P.; DA SILVA, ALINE M.; SETUBAL, JOAO C.. MARVEL, a Tool for Prediction of Bacteriophage Sequences in Metagenomic Bins. FRONTIERS IN GENETICS, v. 9, AUG 7 2018. (14/16450-8, 11/50870-6)

BRAGA, LUCAS P. P.; SOUCY, SHANNON M.; AMGARTEN, DEYVID E.; DA SILVA, ALINE M.; SETUBAL, JOAO C.. Bacterial Diversification in the Light of the Interactions with Phages: The Genetic Symbionts and Their Role in Ecological Speciation. FRONTIERS IN ECOLOGY AND EVOLUTION, v. 6, JAN 26 2018. (11/50870-6)

LIMA-JUNIOR, JAMES DALTRO; VIANA-NIERO, CRISTINA; CONDE OLIVEIRA, DANIEL V.; MACHADO, GABRIEL ESQUITINI; DA SILVA RABELLO, MICHELLE CRISTIANE; MARTINS-JUNIOR, JOAQUIM; MARTINS, LAYLA FARAGE; DIGIAMPIETRI, LUCIANO ANTONIO; DA SILVA, ALINE MARIA; SETUBAL, JOAO CARLOS; et al. Characterization of mycobacteria and mycobacteriophages isolated from compost at the Sao Paulo Zoo Park Foundation in Brazil and creation of the new mycobacteriophage Cluster U. BMC Microbiology, v. 16, JUN 17 2016. (11/50870-6, 11/18326-4, 12/04911-5, 14/01825-6)

BRAGA, STEFANIA PEGORIN; DOS SANTOS, ALEXANDRE PAES; PAGANINI, THAIS; BARBOSA, DEIBS; CONDOMITTI EPAMINO, GEORGE WILLIAN; MORAIS, CARLOS; MARTINS, LAYLA FARAGE; SILVA, ALINE MARIA; SETUBAL, JOAO CARLOS; VALLIM, MARCELO AFONSO; et al. First report of cis-1,4-polyisoprene degradation by Gordonia paraffinivorans. Brazilian Journal of Microbiology, v. 50, n. 4, p. 1051-1062, OCT 2019. (16/07360-0, 11/50870-6, 16/14542-8)

PEREZ BRAGA, LUCAS PALMA; PEREIRA, ROBERTA VERCIANO; MARTINS, LAYLA FARAGE; SILVA MOURA, LIVIA MARIA; SANCHEZ, FABIO BELTRAME; LEISTER PATANE, JOSE SALVATORE; DA SILVA, ALINE MARIA; SETUBAL, JOAO CARLOS. Genome-resolved metagenome and metatranscriptome analyses of thermophilic composting reveal key bacterial players and their metabolic interactions. BMC Genomics, v. 22, n. 1, SEP 10 2021. (11/50870-6, 18/19247-0)

AMGARTEN, DEYVID; IHA, BRUNO KOSHIN VAZQUEZ; PIROUPO, CARLOS MORAIS; DA SILVA, ALINE MARIA; SETUBAL, JOAO CARLOS. vHULK, a New Tool for Bacteriophage Host Prediction Based on Annotated Genomic Features and Neural Networks. PHAGE-THERAPY APPLICATIONS AND RESEARCH, v. 3, n. 4, p. 9-pg., 2022-12-01. (11/50870-6)