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Estudos da diversidade microbiana no Parque Zoológico do Estado de São Paulo

Processo: 11/50870-6
Linha de fomento:Auxílio à Pesquisa - Programa BIOTA - Temático
Vigência: 01 de agosto de 2012 - 31 de julho de 2018
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Microbiologia
Pesquisador responsável:João Carlos Setubal
Beneficiário:João Carlos Setubal
Instituição-sede: Instituto de Química (IQ). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo, SP, Brasil
Pesquisadores principais:Aline Maria da Silva
Bolsa(s) vinculada(s):17/20539-2 - Capacitação técnica para o projeto temático Estudos da Diversidade Microbiana no Zoológico de São Paulo, BP.TT
17/12645-7 - Caracterização de três novos bacteriófagos de Pseudomonas aeruginosa, BP.IC
16/23639-5 - Utilização de testes fenotípicos e moleculares para identificação de bactérias com capacidade de biodegradar hidrocarbonetos, BP.IC
+ mais bolsas vinculadas 16/09565-9 - Estudos de diversidade microbiana no zoo de São Paulo - apoio de bioinformática, BP.TT
15/08561-7 - Estudos da diversidade microbiana no Parque Zoológico de s. Paulo, BP.TT
14/16450-8 - Análise da diversidade de bacteriófagos associada à comunidade microbiana durante o processo de compostagem, BP.MS
14/15413-1 - Prospecção e caracterização de enzimas termoestáveis de interesse industrial em dados metagenômicos e metatranscritômicos da compostagem do Parque Zoológico de São Paulo, BP.PD
13/05325-5 - Análise computacional de genes codificantes de glicosil hidrolases em dados metagenômicos de compostagem, BP.MS
13/08148-7 - Estudos de metagenômica e metatranscritômica da comunidade microbiana da compostagem do Zoológico de São Paulo, BP.DD
13/00536-8 - Estudos da diversidade microbiana do Parque Zoológico do Estado de São Paulo -- projeto temático. treinamento técnico de nível 5, para a parte de bioinformática, BP.TT - menos bolsas vinculadas
Assunto(s):Biodiversidade  Biologia computacional  Compostagem  Metagenômica  Ecologia 
Publicação FAPESP:http://media.fapesp.br/bv/uploads/pdfs/Brazilian_biodiversity...future_PJNv3vk_33_34.pdf

Resumo

Este projeto tem por objetivo geral coletar, analisar e prospectar dados moleculares de três microbiomas existentes no Parque Zoológico do Estado de São Paulo: com postagem vegetal da mata atlântica, lago, e fezes de macacos bugias. A escolha destes três microbiomas contempla a diversidade de ambientes no parque e a missão de preservação de animais da Fundação PZSP. O projeto dará continuidade a outro projeto financiado pela FAPESP (processo 2009/52030-5R) o qual focaliza somente a unidade de com postagem do parque. O projeto fará uso de diversas metodologias, sendo as principais a metagenômica por pirossequenciamento, a identificação dos isolados microbianos por espectrofotometria de massa, e bioinformática. Como resultados esperados incluem-se diversos bancos de dados, dois websites, uma coleção de isolados, publicações científicas de alto nível e material de divulgação para educação em microbiologia junto aos visitantes do parque e para ensino fundamental e médio. O projeto inclui pesquisadores da USP (campi Butantan e Zona Leste), da UNIFESP (campi Vila Clementino e Diadema), e da Fundação Parque Zoológico de São Paulo. O projeto atende à chamada do programa BIOTA-microorganismos dando ênfase aos seguintes aspectos: caracterização da biodiversidade de microorganismos e de biomas específicos, com prospecção e o estabelecimento de coleções de linhagens microbianas; desenvolvimento de estratégias para a rápida identificação e transferência de linhagens com potencial de aplicação biotecnológica e industrial; e bioprospecção de produtos microbianos. (AU)

Matéria(s) publicada(s) na Agência FAPESP sobre o auxílio:
Treinamento técnico em bioinformática no IQ-USP com Bolsa da FAPESP 
Núcleo de Ciência Genômica da USP tem vagas para pesquisa com bolsas da FAPESP 
Matéria(s) publicada(s) na Revista Pesquisa FAPESP sobre o auxílio:
Aliados improváveis 
Mais bits a serviço do DNA 

Publicações científicas (5)
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
AMGARTEN, DEYVID; BRAGA, LUCAS P. P.; DA SILVA, ALINE M.; SETUBAL, JOAO C. MARVEL, a Tool for Prediction of Bacteriophage Sequences in Metagenomic Bins. FRONTIERS IN GENETICS, v. 9, AUG 7 2018. Citações Web of Science: 2.
BRAGA, LUCAS P. P.; SOUCY, SHANNON M.; AMGARTEN, DEYVID E.; DA SILVA, ALINE M.; SETUBAL, JOAO C. Bacterial Diversification in the Light of the Interactions with Phages: The Genetic Symbionts and Their Role in Ecological Speciation. FRONTIERS IN ECOLOGY AND EVOLUTION, v. 6, JAN 26 2018. Citações Web of Science: 2.
AMGARTEN, DEYVID; MARTINS, LAYLA FARAGE; LOMBARDI, KAREN CRISTINA; ANTUNES, LUCIANA PRINCIPAL; SILVA DE SOUZA, ANA PAULA; NICASTRO, GIANLUCCA GONCALVES; KITAJIMA, ELLIOTT WATANABE; QUAGGIO, RONALDO BENTO; UPTON, CHRIS; SETUBAL, JOAO CARLOS; DA SILVA, ALINE MARIA. Three novel Pseudomonas phages isolated from composting provide insights into the evolution and diversity of tailed phages. BMC Genomics, v. 18, MAY 4 2017. Citações Web of Science: 2.
ANTUNES, LUCIANA PRINCIPAL; MARTINS, LAYLA FARAGE; PEREIRA, ROBERTA VERCIANO; THOMAS, ANDREW MALTEZ; BARBOSA, DEIBS; LEMOS, LEANDRO NASCIMENTO; MACHADO SILVA, GIANLUCA MAJOR; SILVA MOURA, LIVIA MARIA; CONDOMITTI EPAMINO, GEORGE WILLIAN; DIGIAMPIETRI, LUCIANO ANTONIO; LOMBARDI, KAREN CRISTINA; RAMOS, PATRICIA LOCOSQUE; QUAGGIO, RONALDO BENTO; FRANCO DE OLIVEIRA, JULIO CEZAR; PASCON, RENATA CASTIGLIONI; DA CRUZ, JOAO BATISTA; DA SILVA, ALINE MARIA; SETUBAL, JOAO CARLOS. Microbial community structure and dynamics in thermophilic composting viewed through metagenomics and metatranscriptomics. SCIENTIFIC REPORTS, v. 6, DEC 12 2016. Citações Web of Science: 17.
LIMA-JUNIOR, JAMES DALTRO; VIANA-NIERO, CRISTINA; CONDE OLIVEIRA, DANIEL V.; MACHADO, GABRIEL ESQUITINI; DA SILVA RABELLO, MICHELLE CRISTIANE; MARTINS-JUNIOR, JOAQUIM; MARTINS, LAYLA FARAGE; DIGIAMPIETRI, LUCIANO ANTONIO; DA SILVA, ALINE MARIA; SETUBAL, JOAO CARLOS; RUSSELL, DANIEL A.; JACOBS-SERA, DEBORAH; POPE, WELKIN H.; HATFULL, GRAHAM F.; LEAO, SYLVIA CARDOSO. Characterization of mycobacteria and mycobacteriophages isolated from compost at the Sao Paulo Zoo Park Foundation in Brazil and creation of the new mycobacteriophage Cluster U. BMC Microbiology, v. 16, JUN 17 2016. Citações Web of Science: 1.

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