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Estudos da diversidade microbiana no Parque Zoológico do Estado de São Paulo

Processo: 11/50870-6
Linha de fomento:Auxílio à Pesquisa - Programa BIOTA - Temático
Vigência: 01 de agosto de 2012 - 31 de julho de 2018
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Microbiologia
Pesquisador responsável:João Carlos Setubal
Beneficiário:João Carlos Setubal
Instituição-sede: Instituto de Química (IQ). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
Pesquisadores principais:
Aline Maria da Silva
Bolsa(s) vinculada(s):17/20539-2 - Capacitação técnica para o projeto temático Estudos da Diversidade Microbiana no Zoológico de São Paulo, BP.TT
17/12645-7 - Caracterização de três novos bacteriófagos de Pseudomonas aeruginosa, BP.IC
16/23639-5 - Utilização de testes fenotípicos e moleculares para identificação de bactérias com capacidade de biodegradar hidrocarbonetos, BP.IC
+ mais bolsas vinculadas 16/09565-9 - Estudos de diversidade microbiana no Zoo de São Paulo - apoio de bioinformática, BP.TT
15/08561-7 - Estudos da diversidade microbiana no Parque Zoológico de S. Paulo, BP.TT
14/16450-8 - Análise da diversidade de bacteriófagos associada à comunidade microbiana durante o processo de compostagem, BP.MS
14/15413-1 - Prospecção e caracterização de enzimas termoestáveis de interesse industrial em dados metagenômicos e metatranscritômicos da compostagem do Parque Zoológico de São Paulo, BP.PD
13/05325-5 - Análise computacional de genes codificantes de glicosil hidrolases em dados metagenômicos de compostagem, BP.MS
13/08148-7 - Estudos de metagenômica e metatranscritômica da comunidade microbiana da compostagem do Zoológico de São Paulo, BP.DD
13/00536-8 - Estudos da diversidade microbiana do Parque Zoológico do Estado de São Paulo -- Projeto temático. Treinamento técnico de nível 5, para a parte de bioinformática, BP.TT - menos bolsas vinculadas
Assunto(s):Biodiversidade  Biologia computacional  Compostagem  Metagenômica  Ecologia 
Palavra(s)-Chave do Pesquisador:Biodiversidade | Bioinformatica | Compostagem | Ecologia | Metagenomica | Microbioma
Publicação FAPESP:https://media.fapesp.br/bv/uploads/pdfs/Brazilian_biodiversity...future_PJNv3vk_33_34.pdf

Resumo

Este projeto tem por objetivo geral coletar, analisar e prospectar dados moleculares de três microbiomas existentes no Parque Zoológico do Estado de São Paulo: com postagem vegetal da mata atlântica, lago, e fezes de macacos bugias. A escolha destes três microbiomas contempla a diversidade de ambientes no parque e a missão de preservação de animais da Fundação PZSP. O projeto dará continuidade a outro projeto financiado pela FAPESP (processo 2009/52030-5R) o qual focaliza somente a unidade de com postagem do parque. O projeto fará uso de diversas metodologias, sendo as principais a metagenômica por pirossequenciamento, a identificação dos isolados microbianos por espectrofotometria de massa, e bioinformática. Como resultados esperados incluem-se diversos bancos de dados, dois websites, uma coleção de isolados, publicações científicas de alto nível e material de divulgação para educação em microbiologia junto aos visitantes do parque e para ensino fundamental e médio. O projeto inclui pesquisadores da USP (campi Butantan e Zona Leste), da UNIFESP (campi Vila Clementino e Diadema), e da Fundação Parque Zoológico de São Paulo. O projeto atende à chamada do programa BIOTA-microorganismos dando ênfase aos seguintes aspectos: caracterização da biodiversidade de microorganismos e de biomas específicos, com prospecção e o estabelecimento de coleções de linhagens microbianas; desenvolvimento de estratégias para a rápida identificação e transferência de linhagens com potencial de aplicação biotecnológica e industrial; e bioprospecção de produtos microbianos. (AU)

Matéria(s) publicada(s) na Revista Pesquisa FAPESP sobre o auxílio::
Aliados inverosímiles 
Aliados improváveis 
Más bits al servicio del ADN 
Mais bits a serviço do DNA 
Matéria(s) publicada(s) na Agência FAPESP sobre o auxílio:
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Publicações científicas (8)
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
PEREZ BRAGA, LUCAS PALMA; PEREIRA, ROBERTA VERCIANO; MARTINS, LAYLA FARAGE; SILVA MOURA, LIVIA MARIA; SANCHEZ, FABIO BELTRAME; LEISTER PATANE, JOSE SALVATORE; DA SILVA, ALINE MARIA; SETUBAL, JOAO CARLOS. Genome-resolved metagenome and metatranscriptome analyses of thermophilic composting reveal key bacterial players and their metabolic interactions. BMC Genomics, v. 22, n. 1, . (11/50870-6, 18/19247-0)
BRAGA, LUCAS P. P.; SOUCY, SHANNON M.; AMGARTEN, DEYVID E.; DA SILVA, ALINE M.; SETUBAL, JOAO C.. Bacterial Diversification in the Light of the Interactions with Phages: The Genetic Symbionts and Their Role in Ecological Speciation. FRONTIERS IN ECOLOGY AND EVOLUTION, v. 6, . (11/50870-6)
LIMA-JUNIOR, JAMES DALTRO; VIANA-NIERO, CRISTINA; CONDE OLIVEIRA, DANIEL V.; MACHADO, GABRIEL ESQUITINI; DA SILVA RABELLO, MICHELLE CRISTIANE; MARTINS-JUNIOR, JOAQUIM; MARTINS, LAYLA FARAGE; DIGIAMPIETRI, LUCIANO ANTONIO; DA SILVA, ALINE MARIA; SETUBAL, JOAO CARLOS; et al. Characterization of mycobacteria and mycobacteriophages isolated from compost at the Sao Paulo Zoo Park Foundation in Brazil and creation of the new mycobacteriophage Cluster U. BMC Microbiology, v. 16, . (11/50870-6, 12/04911-5, 14/01825-6, 11/18326-4)
AMGARTEN, DEYVID; BRAGA, LUCAS P. P.; DA SILVA, ALINE M.; SETUBAL, JOAO C.. MARVEL, a Tool for Prediction of Bacteriophage Sequences in Metagenomic Bins. FRONTIERS IN GENETICS, v. 9, . (11/50870-6, 14/16450-8)
BRAGA, STEFANIA PEGORIN; DOS SANTOS, ALEXANDRE PAES; PAGANINI, THAIS; BARBOSA, DEIBS; CONDOMITTI EPAMINO, GEORGE WILLIAN; MORAIS, CARLOS; MARTINS, LAYLA FARAGE; SILVA, ALINE MARIA; SETUBAL, JOAO CARLOS; VALLIM, MARCELO AFONSO; et al. First report of cis-1,4-polyisoprene degradation by Gordonia paraffinivorans. Brazilian Journal of Microbiology, v. 50, n. 4, p. 1051-1062, . (16/07360-0, 11/50870-6, 16/14542-8)
SILVA, NATALIA MARIA; SILVA ARAUJO DE OLIVEIRA, ALINE MARCIA; PEGORIN, STEFANIA; GIUSTI, CAMILA ESCANDURA; FERRARI, VITOR BATISTA; BARBOSA, DEIBS; MARTINS, LAYLA FARAGE; MORAIS, CARLOS; SETUBAL, JOAO CARLOS; VASCONCELLOS, SUZAN PANTAROTO; et al. Characterization of novel hydrocarbon-degrading Gordonia paraffinivorans and Gordonia sihwensis strains isolated from composting. PLoS One, v. 14, n. 4, . (11/50870-6, 16/23639-5)
ANTUNES, LUCIANA PRINCIPAL; MARTINS, LAYLA FARAGE; PEREIRA, ROBERTA VERCIANO; THOMAS, ANDREW MALTEZ; BARBOSA, DEIBS; LEMOS, LEANDRO NASCIMENTO; MACHADO SILVA, GIANLUCA MAJOR; SILVA MOURA, LIVIA MARIA; CONDOMITTI EPAMINO, GEORGE WILLIAN; DIGIAMPIETRI, LUCIANO ANTONIO; et al. Microbial community structure and dynamics in thermophilic composting viewed through metagenomics and metatranscriptomics. SCIENTIFIC REPORTS, v. 6, . (11/50870-6)
AMGARTEN, DEYVID; MARTINS, LAYLA FARAGE; LOMBARDI, KAREN CRISTINA; ANTUNES, LUCIANA PRINCIPAL; SILVA DE SOUZA, ANA PAULA; NICASTRO, GIANLUCCA GONCALVES; KITAJIMA, ELLIOTT WATANABE; QUAGGIO, RONALDO BENTO; UPTON, CHRIS; SETUBAL, JOAO CARLOS; et al. Three novel Pseudomonas phages isolated from composting provide insights into the evolution and diversity of tailed phages. BMC Genomics, v. 18, . (15/14334-3, 11/50870-6, 14/16450-8)

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