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Desequilíbrios genômicos submicroscópicos em quadros clínicos específicos de anomalias congênitas e deficiência mental

Processo: 09/00898-1
Linha de fomento:Auxílio à Pesquisa - Temático
Vigência: 01 de julho de 2009 - 30 de junho de 2015
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Genética - Genética Humana e Médica
Pesquisador responsável:Carla Rosenberg
Beneficiário:Carla Rosenberg
Instituição-sede: Instituto de Biociências (IB). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
Pesquisadores principais:Paulo Alberto Otto
Pesq. associados:Ana Cristina Victorino Krepischi ; Angela Maria Vianna Morgante ; Beatriz de Camargo ; Benjamin Heck ; Regina Célia Mingroni Netto
Bolsa(s) vinculada(s):11/24007-9 - Anomalias genéticas e epigenéticas no tumor embrionário hepatoblastoma, BP.DD
10/15503-0 - Desequilíbrios genômicos nas manifestações anatomopatológicas e cognitivas da Doença de Alzheimer, BP.DR
09/02058-0 - Alterações no número de cópias de segmentos de DNA e avaliação do padrão de expressão de miRNAs em pacientes com câncer pediátrico associado a defeitos congênitos, BP.PD
09/05620-1 - Alterações genômicas submicroscópicas investigadas por meio da técnica de array-CGH em quadros clínicos específicos: surdez hereditária não sindrômica e defeitos de desenvolvimento mülleriano, BP.PD
Assunto(s):Retardo mental  Anormalidades congênitas 

Resumo

Hibridação comparativa de genomas em microarray ou array-CGH (aCGH) é uma técnica que permite investigar perdas e ganhos de seqüências de DNA no genoma inteiro com resolução 2 ordens de magnitude maior do que a citogenética clássica. Introduzimos a técnica de aCGH em 2004 no IBUSP e, com o apoio do CEPID Centro de Estudos do Genoma Humano (CEGH), investigamos alterações submicroscópicas em cerca de 400 famílias com indivíduos afetados por deficiência mental e/ou anomalias congênitas, detectando alterações cromossômicas crípticas entre 17% a 30% dos pacientes, dependendo do critério clínico de seleção. Além do evidente benefício para cálculos de risco de recorrência e aconselhamento genético dessas famílias, 20 artigos que contribuem para o mapeamento de doenças específicas e descrição de novas síndromes resultaram desse trabalho, vários em colaboração com grupos internacionais. Os microarrays utilizados foram produzidos pela pesquisadora C. Rosenberg quando docente na Universidade de Leiden, Holanda, e doados à Universidade de São Paulo; tinham BACs como alvo de hibridação e resolução de cerca de 1 Mb. Os BAC-arrays, entretanto, estão sendo substituídos por oligoarrays, que têm resolução muito maior e menor custo. Pretendemos, assim, continuar nossa investigação, agora em grupos com fenótipos específicos (num total de 400 pacientes e 200 controles), utilizando uma plataforma comercial de alta resolução. Os Pesquisadores Principais e Colaboradores representam centros de referência para os quadros clínicos escolhidos para o estudo, com etiologia parcial ou totalmente desconhecida, especificamente: anomalias Müllerianas, surdez, síndrome de Silver-Russel, deficiência mental de herança ligado ao X e câncer pediátrico associado a defeitos congênitos. Neste projeto, (a) temos colaboração internacional com o Dr. John Crolla, do National Genetics Reference Laboratory, Wessex, UK, que coordena um consórcio europeu de usuários de uma mesma plataforma de aCGH para diagnóstico de deficiência mental e anomalias congênitas; (b) Dr. Crolla e C. Rosenberg são parte de um consórcio internacional para padronização de aCGH em estudos clínicos, financiado pelo National Institute of Health (NIH, EUA) e coordenado pelo Dr. David Ledbetter, da Universidade de Atlanta; (c) C. Rosenberg é parte do consórcio internacional DECIPHER - Database of Chromosomal Imbalances and Phenotype in humans using Ensembl Resources (http://www.sanger.ac.uk/PostGenomics/decipher), banco de dados que compila e disponibiliza on line as alterações submicroscópicas detectadas em pacientes com fenótipos alterados. Esse projeto é uma colaboração entre o Instituto de Biociências da USP (IB-USP) e o Hospital do Câncer AC Camargo. A coordenadora do projeto, atualmente pesquisadora do Hospital do Câncer AC Camargo, foi aprovada em setembro último em concurso público para a vaga de docente do IB-USP e aguarda contratação. Quando a contratação da USP ocorrer, a pesquisadora passará a ter vínculo empregatício com a USP e continuará como colaboradora do Hospital do Câncer AC Camargo, não afetando a execução do projeto. (AU)

Matéria(s) publicada(s) na Agência FAPESP sobre o auxílio:
FAPESP e Universidade de Leiden firmam acordo de cooperação 

Publicações científicas (23)
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
HOMMA, THAIS K.; KREPISCHI, ANA C. V.; FURUYA, TATIANE K.; HONJO, RACHEL S.; MALAQUIAS, ALEXSANDRA C.; BERTOLA, DEBORA R.; COSTA, SILVIA S.; CANTON, ANA P.; ROELA, ROSIMEIRE A.; FREIRE, BRUNA L.; KIM, CHONG A.; ROSENBERG, CARLA; JORGE, ALEXANDER A. L. Recurrent Copy Number Variants Associated with Syndromic Short Stature of Unknown Cause. Hormone Research in Paediatrics, v. 89, n. 1, p. 13-21, 2018. Citações Web of Science: 2.
MASCHIETTO, MARIANA; RODRIGUES, TATIANE CRISTINA; KASHIWABARA, ANDRE YOSHIAKI; SOUZA DE ARAUJO, ERICA SARA; MARQUES AGUIAR, TALITA FERREIRA; LIMA DA COSTA, CECILIA MARIA; DA CUNHA, ISABELA WERNECK; VASQUES, LUCIANA DOS REIS; CYPRIANO, MONICA; BRENTANI, HELENA; CAMINADA DE TOLEDO, SILVIA REGINA; PEARSON, PETER LEES; CARRARO, DIRCE MARIA; ROSENBERG, CARLA; KREPISCHI, ANA C. V. DNA methylation landscape of hepatoblastomas reveals arrest at early stages of liver differentiation and cancer-related alterations. ONCOTARGET, v. 8, n. 58, p. 97871-97889, NOV 17 2017. Citações Web of Science: 0.
BONALDI, ADRIANO; KASHIWABARA, ANDRE; DE ARAUJO, ERICA S.; PEREIRA, LYGIA V.; PASCHOAL, ALEXANDRE R.; ANDOZIA, MAYRA B.; VILLELA, DARINE; RIVAS, MARIA P.; SUEMOTO, CLAUDIA K.; PASQUALUCCI, CARLOS A.; GRINBERG, LEA T.; BRENTANI, HELENA; MARIA-ENGLER, SILVYA S.; CARRARO, DIRCE M.; VIANNA-MORGANTE, ANGELA M.; ROSENBERG, CARLA; VASQUES, LUCIANA R.; KREPISCHI, ANA. Mining Novel Candidate Imprinted Genes Using Genome-Wide Methylation Screening and Literature Review. EPIGENOMES, v. 1, n. 2 SEP 2017. Citações Web of Science: 1.
LINHARES, NATALIA D.; VALADARES, EUGENIA R.; DA COSTA, SILVIA S.; ARANTES, RODRIGO R.; DE OLIVEIRA, LUIZ ROBERTO; ROSENBERG, CARLA; VIANNA-MORGANTE, ANGELA M.; SVARTMAN, MARTA. Inherited Xq13.2-q21.31 duplication in a boy with recurrent seizures and pubertal gynecomastia: Clinical, chromosomal and aCGH characterization. META GENE, v. 9, p. 185-190, SEP 2016. Citações Web of Science: 2.
VILLELA, DARINE; SUEMOTO, CLAUDIA K.; PASQUALUCCI, CARLOS A.; GRINBERG, LEA T.; ROSENBERG, CARLA. Do Copy Number Changes in CACNA2D2, CACNA2D3, and CACNA1D Constitute a Predisposing Risk Factor for Alzheimer's Disease?. FRONTIERS IN GENETICS, v. 7, JUN 14 2016. Citações Web of Science: 1.
FONTES, MARSHALL I. B.; SANTOS, ANA P.; MOLCK, MIRIAM C.; SIMIONI, MILENA; NASCIMENTO, DIOGO L. L.; ANDRADE, ANA K. M.; ROSENBERG, CARLA; KREPISCHI, ANA C. V.; APPENZELLER, SIMONE; MONLLEO, ISABELLA L.; GIL-DA-SILVA-LOPES, VERA LUCIA. Genotype-Phenotype Correlation of 16p13.3 Terminal Duplication and 22q13.33 Deletion: Natural History of a Patient and Review of the Literature. AMERICAN JOURNAL OF MEDICAL GENETICS PART A, v. 170, n. 3, p. 766-772, MAR 2016. Citações Web of Science: 2.
VILLELA, DARINE; RAMALHO, RODRIGO F.; SILVA, ADERBAL R. T.; BRENTANI, HELENA; SUEMOTO, CLAUDIA K.; PASQUALUCCI, CARLOS AUGUSTO; GRINBERG, LEA T.; KREPISCHI, ANA C. V.; ROSENBERG, CARLA. Differential DNA Methylation of MicroRNA Genes in Temporal Cortex from Alzheimer's Disease Individuals. NEURAL PLASTICITY, 2016. Citações Web of Science: 12.
LINHARES, NATALIA D.; SVARTMAN, MARTA; RODRIGUES, TATIANE C.; ROSENBERG, CARLA; VALADARES, EUGENIA R. Subtelomeric 6p25 deletion/duplication: Report of a patient with new clinical findings and genotype-phenotype correlations. EUROPEAN JOURNAL OF MEDICAL GENETICS, v. 58, n. 5, p. 310-318, MAY 2015. Citações Web of Science: 4.
DANTAS, VITOR G. L.; FREITAS, ERIKA L.; DELLA-ROSA, VALTER A.; LEZIROVITZ, KARINA; DE MORAES, ANA MARIA S. M.; RAMOS, SILVIA B.; OITICICA, JEANNE; ALVES, LEANDRO U.; PEARSON, PETER L.; ROSENBERG, CARLA; MINGRONI-NETTO, REGINA C. Novel partial duplication of EYA1 causes branchiootic syndrome in a large Brazilian family. INTERNATIONAL JOURNAL OF AUDIOLOGY, v. 54, n. 9, p. 593-598, 2015. Citações Web of Science: 1.
CANTON, ANA P. M.; COSTA, SILVIA S.; RODRIGUES, TATIANE C.; BERTOLA, DEBORA R.; MALAQUIAS, ALEXSANDRA C.; CORREA, FERNANDA A.; ARNHOLD, IVO J. P.; ROSENBERG, CARLA; JORGE, ALEXANDER A. L. Genome-wide screening of copy number variants in children born small for gestational age reveals several candidate genes involved in growth pathways. EUROPEAN JOURNAL OF ENDOCRINOLOGY, v. 171, n. 2, p. 253-262, AUG 2014. Citações Web of Science: 14.
VILLELA, DARINE; SCHLESINGER, DAVID; SUEMOTO, CLAUDIA K.; GRINBERG, LEA T.; ROSENBERG, CARLA. A microdeletion in Alzheimer's disease disrupts NAMPT gene. JOURNAL OF GENETICS, v. 93, n. 2, p. 535-537, AUG 2014. Citações Web of Science: 5.
VICTORINO KREPISCHI, ANA CRISTINA; CAPELLI, LEONARDO PIRES; SILVA, AMANDA GONCALVES; SOUZA DE ARAUJO, ERICA SARA; PEARSON, PETER LEES; HECK, BENJAMIN; LIMA DA COSTA, CECILIA MARIA; DE CAMARGO, BEATRIZ; ROSENBERG, CARLA. Large germline copy number variations as predisposing factor in childhood neoplasms. FUTURE ONCOLOGY, v. 10, n. 9, p. 1627-1633, JUL 2014. Citações Web of Science: 2.
SILVA, AMANDA G.; KREPISCHI, ANA C. V.; PEARSON, PETER L.; HAINAUT, PIERRE; ROSENBERG, CARLA; ACHATZ, MARIA ISABEL. The profile and contribution of rare germline copy number variants to cancer risk in Li-Fraumeni patients negative for TP53 mutations. ORPHANET JOURNAL OF RARE DISEASES, v. 9, APR 28 2014. Citações Web of Science: 8.
RODRIGUES, TATIANE CRISTINA; FIDALGO, FELIPE; LIMA DA COSTA, CECILIA MARIA; FERREIRA, ELISA NAPOLITANO; DA CUNHA, ISABELA WERNECK; CARRARO, DIRCE MARIA; VICTORINO KREPISCHI, ANA CRISTINA; ROSENBERG, CARLA. Upregulated genes at 2q24 gains as candidate oncogenes in hepatoblastomas. FUTURE ONCOLOGY, v. 10, n. 15, p. 2449-2457, 2014. Citações Web of Science: 4.
SILVA, AMANDA GONCALVES; MASCHIETTO, MARIANA; VIDAL, DANIEL ONOFRE; PELICARIO, LEANDRO MOTA; PEREIRA VELLOSO, ELVIRA DEOLINDA RODRIGUES; LOPES, LUIZ FERNANDO; KREPISCHI, ANA CRISTINA; ROSENBERG, CARLA. Array-CGH as an adjuvant tool in cytogenetic diagnosis of pediatric MDS and JMML. MEDICAL ONCOLOGY, v. 30, n. 4 DEC 2013. Citações Web of Science: 2.
FONSECA, A. C. S.; BONALDI, A.; COSTA, S. S.; FREITAS, M. R.; KOK, F.; VIANNA-MORGANTE, A. M. PLP1 duplication at the breakpoint regions of an apparently balanced t(X;22) translocation causes Pelizaeus-Merzbacher disease in a girl. Clinical Genetics, v. 83, n. 2, p. 169-174, FEB 2013. Citações Web of Science: 6.
VILLELA, DARINE; KIMURA, LILIAN; SCHLESINGER, DAVID; GONCALVES, AMANDA; PEARSON, PETER L.; SUEMOTO, CLAUDIA K.; PASQUALUCCI, CARLOS; KREPISCHI, ANA CRISTINA; GRINBERG, LEA T.; ROSENBERG, CARLA. Germline DNA copy number variation in individuals with Argyrophilic grain disease reveals CTNS as a plausible candidate gene. GENETICS AND MOLECULAR BIOLOGY, v. 36, n. 4, p. 498-501, 2013. Citações Web of Science: 3.
SIMIONI, MILENA; VIEIRA, TARSIS PAIVA; SGARDIOLI, ILARIA CRISTINA; FREITAS, ERIKA LOPES; ROSENBERG, CARLA; MAURER-MORELLI, CLAUDIA VIANNA; LOPES-CENDES, ISCIA; FETT-CONTE, AGNES CRISTINA; GIL-DA-SILVA-LOPES, VERA LUCIA. Insertional translocation of 15q25-q26 into 11p13 and duplication at 8p23.1 characterized by high resolution arrays in a boy with congenital malformations and aniridia. AMERICAN JOURNAL OF MEDICAL GENETICS PART A, v. 158A, n. 11, p. 2905-2910, NOV 2012. Citações Web of Science: 9.
VICTORINO KREPISCHI, ANA CRISTINA; PEARSON, PETER LEES; ROSENBERG, CARLA. Germline copy number variations and cancer predisposition. FUTURE ONCOLOGY, v. 8, n. 4, p. 441-450, APR 2012. Citações Web of Science: 40.
CAPELLI, LEONARDO P.; KREPISCHI, C. V.; GURGEL-GIANNETTI, JULIANA; MENDES, MIRIAN FABIOLA S.; RODRIGUES, TATIANE; VARELA, MONICA C.; KOIFFMANN, CELIA P.; ROSENBERG, CARLA. Deletion of the RMGA and CHD2 genes in a child with epilepsy and mental deficiency. EUROPEAN JOURNAL OF MEDICAL GENETICS, v. 55, n. 2, p. 132-134, FEB 2012. Citações Web of Science: 22.
KREPISCHI‚ A.C.V.; ACHATZ‚ M.I.W.; SANTOS‚ E.M.M.; COSTA‚ S.S.; LISBOA‚ B.C.G.; BRENTANI‚ H.; SANTOS‚ T.M.; GONÇALVES‚ A.; NÓBREGA‚ A.F.; PEARSON‚ P.L.; OTHERS. Germline DNA copy number variation in familial and early-onset breast cancer. BREAST CANCER RESEARCH, v. 14, n. 1, p. R24, 2012. Citações Web of Science: 22.
BONALDI, ADRIANO; MAZZEU, JULIANA F.; COSTA, SILVIA S.; HONJO, RACHEL S.; BERTOLA, DEBORA R.; ALBANO, LILIAN M. J.; FURQUIM, ISABEL M.; KIM, CHONG A.; VIANNA-MORGANTE, ANGELA M. Microduplication of the ICR2 Domain at Chromosome 11p15 and Familial Silver-Russell Syndrome. AMERICAN JOURNAL OF MEDICAL GENETICS PART A, v. 155A, n. 10, p. 2479-2483, OCT 2011. Citações Web of Science: 30.
VICTORINO KREPISCHI, ANA CRISTINA; KNIJNENBURG, JEROEN; BERTOLA, DEBORA ROMEO; KIM, CHONG AE; PEARSON, PETER LEES; BIJLSMA, EMILIA; SZUHAI, KAROLY; KOK, FERNANDO; VIANNA-MORGANTE, ANGELA MARIA; ROSENBERG, CARLA. Two distinct regions in 2q24.2-q24.3 associated with idiopathic epilepsy. Epilepsia, v. 51, n. 12, p. 2457-2460, DEC 2010. Citações Web of Science: 29.

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