Redes de regulação pós-transcricional por proteínas de ligação a RNA em células tronco embrionárias humanas

• Processo: 12/00195-3
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Jovens Pesquisadores
• Vigência: 01 de outubro de 2012 - 28 de fevereiro de 2017
• Área do conhecimento: Ciências Biológicas - Bioquímica - Biologia Molecular
• Pesquisador responsável: Katlin Brauer Massirer
• Beneficiário: Katlin Brauer Massirer
• Instituição Sede: Centro de Biologia Molecular e Engenharia Genética (CBMEG). Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Campinas , SP, Brasil
• Bolsa(s) vinculada(s): 15/25134-5 - Implementação computacional das análises de CLIP-seq para determinação de mRNAs-alvo e sítios de ligação da proteína Caprin-1, BP.MS; 14/25758-6 - Investigação de transcritos de mRNA truncados suceptíveis a nonsense-mediated decay em modelos neuronais, BP.IC; 14/20174-6 - Implementação da técnica de CLIP-seq e avaliação de mRNAs-alvo da proteína Caprin-1, BP.MS; 13/26917-8 - Expressão de proteínas de ligação a RNA e investigação de seus mRNAs-alvo, BP.TT; 13/00655-7 - Treinamento técnico em superexpressão e imunoprecipitação de proteínas de ligação a RNA em cultura de células HEK293, BP.TT
• Assunto(s): Proteínas de ligação a RNA Células-tronco embrionárias
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Células tronco embrionária (CTE) | CLIP-seq | controle pós-transcricional | Proteínas de ligação a RNA | Regulação pós-transcricional, Células tronco embrionárias

Resumo

Proteínas de ligação a RNA (ou RNA binding proteins - RBPs) controlam uma série de eventos celulares pós-transcricionais como splicing alternativo, transporte de pré-mRNAs para fora do núcleo celular, estabilização de mRNAs e a via de microRNAs. Mutações ou alterações na expressão de RBPs vêm sendo associadas a estados patológicos como distrofia muscular miotônica, autismo e Parkinson. Além disso, várias RBPs regulam a manutenção da pluripotência de células tronco e processos envolvidos na diferenciação celular. No entanto, ainda se sabe pouco sobre a função das RBPs na escolha e na regulação de mRNAs-alvo. Neste projeto propomos combinar técnicas moleculares e bioinformática para estudar os complexos nos quais RPBs estão envolvidas e para identificar e caracterizar seus mRNAs-alvo. Propomos estudar 5 RBPs relacionadas `a manutenção do estado pluripotente e a diferenciação neuronal a partir de células tronco humanas, contribuíndo para o entendimento de doenças neurológicas. Iremos caracterizar complexos protéicos formados por RBPs através de imunoprecipitação combinada com espectrometria de massa, utilizando-se superexpressão de RBPs em células HEK293. Ao mesmo tempo, propomos estudar o estado pluripotente de células tronco embrionárias humanas empregando a técnica de CLIP-seq (crosslinking de células seguida de imunoprecipitação da RBP e seleção de mRNAs ligados a proteína) para identificar os mRNAs-alvo de RBPs. Os dados de CLIP-seq também serão utilizados para identificar sítios de ligação da proteína aos mRNAs, combinando ferramentas computacionais. Pretendemos validar eventos regulatórios pós-transcricionais em células tronco embrionárias humanas comparativamente com células neuronais derivadas das primeiras. (AU)

Publicações científicas

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

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ALVES BARBOSA, EVERTON DE ALMEIDA; SERAPHIM, THIAGO VARGAS; GANDIN, CESAR AUGUSTO; TEIXEIRA, LEILANE FERREIRA; GONCALVES DA SILVA, RONNI ANDERSON; RIGHETTO, GERMANNA L.; GONCALVES, KALIANDRA DE ALMEIDA; VASCONCELLOS, RAPHAEL DE SOUZA; ALMEIDA, MARCIA ROGERIA; SILVA JUNIOR, ABELARDO; et al. Insights into the full-length SRPK2 structure and its hydrodynamic behavior. International Journal of Biological Macromolecules, v. 137, p. 205-214, SEP 15 2019. (14/07206-6, 13/50724-5, 11/23110-0, 12/00195-3, 17/03489-1, 12/50161-8, 17/07335-9)

SATO, JOAO RICARDO; VIDAL, MACIEL CALEBE; SANTOS, SUZANA DE SIQUEIRA; MASSIRER, KATLIN BRAUER; FUJITA, ANDRE. Complex Network Measures in Autism Spectrum Disorders. IEEE-ACM TRANSACTIONS ON COMPUTATIONAL BIOLOGY AND BIOINFORMATICS, v. 15, n. 2, p. 581-587, MAR-APR 2018. (12/00195-3, 13/00506-1, 13/03447-6, 14/09576-5, 13/10498-6)