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Redes de regulação pós-transcricional por proteínas de ligação a RNA em células tronco embrionárias humanas

Processo: 12/00195-3
Linha de fomento:Auxílio à Pesquisa - Apoio a Jovens Pesquisadores
Vigência: 01 de outubro de 2012 - 28 de fevereiro de 2017
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Bioquímica - Biologia Molecular
Pesquisador responsável:Katlin Brauer Massirer
Beneficiário:Katlin Brauer Massirer
Instituição-sede: Centro de Biologia Molecular e Engenharia Genética (CBMEG). Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Campinas , SP, Brasil
Bolsa(s) vinculada(s):15/25134-5 - Implementação computacional das análises de CLIP-seq para determinação de mRNAs-alvo e sítios de ligação da proteína Caprin-1, BP.MS
14/25758-6 - Investigação de transcritos de mRNA truncados suceptíveis a nonsense-mediated decay em modelos neuronais, BP.IC
14/20174-6 - Implementação da técnica de CLIP-seq e avaliação de mRNAs-alvo da proteína Caprin-1, BP.MS
13/26917-8 - Expressão de proteínas de ligação a RNA e investigação de seus mRNAs-alvo, BP.TT
13/00655-7 - Treinamento técnico em superexpressão e imunoprecipitação de proteínas de ligação a RNA em cultura de células HEK293, BP.TT
Assunto(s):Proteínas de ligação a RNA  Células-tronco embrionárias 

Resumo

Proteínas de ligação a RNA (ou RNA binding proteins - RBPs) controlam uma série de eventos celulares pós-transcricionais como splicing alternativo, transporte de pré-mRNAs para fora do núcleo celular, estabilização de mRNAs e a via de microRNAs. Mutações ou alterações na expressão de RBPs vêm sendo associadas a estados patológicos como distrofia muscular miotônica, autismo e Parkinson. Além disso, várias RBPs regulam a manutenção da pluripotência de células tronco e processos envolvidos na diferenciação celular. No entanto, ainda se sabe pouco sobre a função das RBPs na escolha e na regulação de mRNAs-alvo. Neste projeto propomos combinar técnicas moleculares e bioinformática para estudar os complexos nos quais RPBs estão envolvidas e para identificar e caracterizar seus mRNAs-alvo. Propomos estudar 5 RBPs relacionadas `a manutenção do estado pluripotente e a diferenciação neuronal a partir de células tronco humanas, contribuíndo para o entendimento de doenças neurológicas. Iremos caracterizar complexos protéicos formados por RBPs através de imunoprecipitação combinada com espectrometria de massa, utilizando-se superexpressão de RBPs em células HEK293. Ao mesmo tempo, propomos estudar o estado pluripotente de células tronco embrionárias humanas empregando a técnica de CLIP-seq (crosslinking de células seguida de imunoprecipitação da RBP e seleção de mRNAs ligados a proteína) para identificar os mRNAs-alvo de RBPs. Os dados de CLIP-seq também serão utilizados para identificar sítios de ligação da proteína aos mRNAs, combinando ferramentas computacionais. Pretendemos validar eventos regulatórios pós-transcricionais em células tronco embrionárias humanas comparativamente com células neuronais derivadas das primeiras. (AU)

Publicações científicas
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
ALVES BARBOSA, EVERTON DE ALMEIDA; SERAPHIM, THIAGO VARGAS; GANDIN, CESAR AUGUSTO; TEIXEIRA, LEILANE FERREIRA; GONCALVES DA SILVA, RONNI ANDERSON; RIGHETTO, GERMANNA L.; GONCALVES, KALIANDRA DE ALMEIDA; VASCONCELLOS, RAPHAEL DE SOUZA; ALMEIDA, MARCIA ROGERIA; SILVA JUNIOR, ABELARDO; RANGEL FIETTO, JULIANA LOPES; KOBARG, JORG; GILEADI, CARINA; MASSIRER, KATLIN B.; BORGES, JULIO CESAR; NETO, MARIO DE OLIVEIRA; BRESSAN, GUSTAVO COSTA. Insights into the full-length SRPK2 structure and its hydrodynamic behavior. International Journal of Biological Macromolecules, v. 137, p. 205-214, SEP 15 2019. Citações Web of Science: 0.
DE-SOUZA, EVANDRO A.; CAMARA, HENRIQUE; SALGUEIRO, WILLIAN G.; MORO, RAISSA P.; KNITTEL, THIAGO L.; TONON, GUILHERME; PINTO, SILAS; PINCA, ANA PAULA F.; ANTEBI, ADAM; PASQUINELLI, AMY E.; MASSIRER, KATLIN B.; MORI, MARCELO A. RNA interference may result in unexpected phenotypes in Caenorhabditis elegans. Nucleic Acids Research, v. 47, n. 8, p. 3957-3969, MAY 7 2019. Citações Web of Science: 3.
SATO, JOAO RICARDO; VIDAL, MACIEL CALEBE; SANTOS, SUZANA DE SIQUEIRA; MASSIRER, KATLIN BRAUER; FUJITA, ANDRE. Complex Network Measures in Autism Spectrum Disorders. IEEE-ACM TRANSACTIONS ON COMPUTATIONAL BIOLOGY AND BIOINFORMATICS, v. 15, n. 2, p. 581-587, MAR-APR 2018. Citações Web of Science: 3.

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