Avaliação da variabilidade alélica, estrutura populacional e desequilíbrio de ligação no germoplasma ex situ de seringueira (Hevea brasiliensis)

• Processo: 12/50491-8
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Regular
• Área do conhecimento: Ciências Agrárias - Agronomia - Fitotecnia
• Pesquisador responsável: Anete Pereira de Souza
• Beneficiário: Anete Pereira de Souza
• Instituição Sede: Centro de Biologia Molecular e Engenharia Genética (CBMEG). Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Campinas , SP, Brasil
• Assunto(s): Variação genética em plantas Germoplasma vegetal Seringueira Marcador molecular Clonagem Polimorfismo de um único nucleotídeo Transcriptoma Desequilíbrio de ligação
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Desequilibrio De Ligacao | Estrutura Populacional | Marcadores Moleculares | Sequenciamento De Nova Geracao | Snp | Variabilidade Genetica

Resumo

O desmatamento da Amazônia ameaça os recursos genéticos de muitas espécies nativas dessa região. Entre as espécies ameaçadas está o gênero Hevea, exclusivamente oriundo da floresta Amazônica, Hevea brasiliensis é uma espécie emblemática da região Amazônica, devido ao seu papel histórico no desenvolvimento econômico dos estados que compõem a Amazônia. A seringueira é a base da indústria que utiliza borracha natural. Entretanto, devido a um efeito forte efeito de restrição na base genética, mais de 95% das áreas cultivadas com seringueiras no mundo são plantadas com clones provenientes de apenas 5 a 10 árvores. A diversidade genética da espécie ainda está presente em populações nativas na área de distribuição natural, mas é ameaçada pelo ritmo acelerado de desmatamento. O objetivo central do presente projeto é a caracterização da diversidade genética de clones de seringueira coletados em diferentes regiões da Amazônia, por meio de marcadores moleculares do tipo "polimorfismo de uma única base" (single nucleotide polymorphism - SNP). Esses marcadores serão desenvolvidos a partir da comparação de sequências de um banco de ESTs (Expressed Sequence Tags) de seringueira e, a partir de resultados do transcriptoma de seringueira (pelo sequenciamento de nova geração). Os SNPs desenvolvidos serão genotipados empregando-se um espectrômetro de massas MALDI-TOF (Sequenom). Os dados de variabilidade obtidos serão empregados na construção de um mapa, no estudo da estrutura populacional e do desequilíbrio de ligação das populações representando o germoplasma da Amazônia, atualmente presente nos bancos de germoplasma e, portanto disponível ao melhoramento genético. Todos os resultados de variabilidade genética, do desequilíbrio de ligação e da estrutura populacional gerados, bem como os recursos genômicos (SNPs) desenvolvidos no presente projeto serão úteis aos estudos de genética e aos programas de melhoramento da H. brasiliensis, visando o aumento da produção de borracha. Os resultados também serão úteis aos esforços para a conservação das espécies de Hevea na Amazônia, pois auxiliarão a tomada de medidas com o objetivo de preservar a diversidade genética da seringueira e espécies aparentadas. (AU)

Publicações científicas

(8)

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

FEIJO ROSA, JOAO RICARDO BACHEGA; MANTELLO, CAMILA CAMPOS; GARCIA, DOMINIQUE; DE SOUZA, LIVIA MOURA; DA SILVA, CARLA CRISTINA; GAZAFFI, RODRIGO; DA SILVA, CICERO CASIMIRO; TOLEDO-SILVA, GUILHERME; CUBRY, PHILIPPE; FRANCO GARCIA, ANTONIO AUGUSTO; et al. QTL detection for growth and latex production in a full-sib rubber tree population cultivated under suboptimal climate conditions. BMC PLANT BIOLOGY, v. 18, OCT 10 2018. (13/20447-0, 12/50491-8, 09/14068-0, 11/50188-0)

DE SOUZA, LIVIA MOURA; LE GUEN, VINCENT; MORENO CERQUEIRA-SILVA, CARLOS BERNARDO; SILVA, CARLA CRISTINA; MANTELLO, CAMILA CAMPOS; OLIVEIRA CONSON, ANDRE RICARDO; GOMES VIANNA, JOAO PAULO; ZUCCHI, MARIA IMACULADA; SCALOPPI JUNIOR, ERIVALDO JOSE; FIALHO, JOSEFINO DE FREITAS; et al. Genetic Diversity Strategy for the Management and Use of Rubber Genetic Resources: More than 1,000 Wild and Cultivated Accessions in a 100-Genotype Core Collection. PLoS One, v. 10, n. 7, JUL 30 2015. (07/50392-1, 12/50491-8, 11/50188-0, 09/52975-0, 12/05473-1)

MANTELLO, CAMILA CAMPOS; CARDOSO-SILVA, CLAUDIO BENICIO; DA SILVA, CARLA CRISTINA; DE SOUZA, LIVIA MOURA; SCALOPPI JUNIOR, ERIVALDO JOSE; GONCALVES, PAULO DE SOUZA; VICENTINI, RENATO; DE SOUZA, ANETE PEREIRA. De Novo Assembly and Transcriptome Analysis of the Rubber Tree (Hevea brasiliensis) and SNP Markers Development for Rubber Biosynthesis Pathways. PLoS One, v. 9, n. 7, JUL 21 2014. (07/50562-4, 12/50491-8, 11/50188-0, 09/52975-0, 12/11109-0, 12/05473-1, 08/55974-1)

CONSON, ANDRE R. O.; TANIGUTI, CRISTIANE H.; AMADEU, RODRIGO R.; ANDREOTTI, ISABELA A. A.; DE SOUZA, LIVIA M.; DOS SANTOS, LUCIANO H. B.; ROSA, JOAO R. B. F.; MANTELLO, CAMILA C.; DA SILVA, CARLA C.; SCALOPPI JUNIOR, ERIVALDO JOSE; et al. High-Resolution Genetic Map and QTL Analysis of Growth-Related Traits of Hevea brasiliensis Cultivated Under Suboptimal Temperature and Humidity Conditions. FRONTIERS IN PLANT SCIENCE, v. 9, AUG 24 2018. (07/50392-1, 15/24346-9, 12/50491-8, 11/50188-0, 09/52975-0, 14/11807-5, 12/05473-1, 17/07908-9, 14/18755-0)

MUNYENGWA, NORMAN; GUEN, VINCENT LE; BILLE, HERMINE NGALLE; SOUZA, LIVIA M.; CLEMENT-DEMANGE, ANDRE; MOURNET, PIERRE; MASSON, AURELIEN; SOUMAHORO, MOUMAN; KOUASSI, DAOUDA; CROS, DAVID. Optimizing imputation of marker data from genotyping-by-sequencing (GBS) for genomic selection in non-model species: Rubber tree (Hevea brasiliensis) as a case study. Genomics, v. 113, n. 2, p. 655-668, MAR 2021. (12/05473-1, 12/50491-8)

MANTELLO, CAMILA CAMPOS; BOATWRIGHT, LUCAS; DA SILVA, CARLA CRISTINA; SCALOPPI, ERIVALDO JOSE; GONCALVES, PAULO DE SOUZA; BARBAZUK, W. BRAD; DE SOUZA, ANETE PEREIRA. Deep expression analysis reveals distinct cold-response strategies in rubber tree (Hevea brasiliensis). BMC Genomics, v. 20, JUN 4 2019. (07/50392-1, 14/18755-0, 15/24346-9, 12/50491-8)

DE SOUZA, LIVIA M.; DOS SANTOS, LUCIANO H. B.; ROSA, JOAO R. B. F.; DA SILVA, CARLA C.; MANTELLO, CAMILA C.; CONSON, ANDRE R. O.; SCALOPPI, JR., ERIVALDO J.; FIALHO, JOSEFINO DE F.; DE MORAES, MARIO LUIZ T.; GONCALVES, PAULO DE S.; et al. Linkage Disequilibrium and Population Structure in Wild and Cultivated Populations of Rubber Tree (Hevea brasiliensis). FRONTIERS IN PLANT SCIENCE, v. 9, JUL 3 2018. (12/50491-8, 11/50188-0, 14/11807-5, 17/07908-9, 09/52975-0, 14/18755-0, 12/05473-1, 07/50392-1)

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