Auxílio à pesquisa 12/18010-0 - Genética populacional, Genômica - BV FAPESP
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Seleção balanceadora no genoma humano: detecção, causas e consequências

Processo: 12/18010-0
Modalidade de apoio:Auxílio à Pesquisa - Regular
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Genética - Genética Humana e Médica
Pesquisador responsável:Diogo Meyer
Beneficiário:Diogo Meyer
Instituição Sede: Instituto de Biociências (IB). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
Pesquisadores associados: Aida Andrés ; Bruce Spencer Weir ; Eduardo José Melo dos Santos ; Emmanouil Dermitzakis ; João Farias Guerreiro ; Jorge Macedo Rocha ; Regina Célia Mingroni Netto
Bolsa(s) vinculada(s):14/15365-7 - Seleção balanceadora no Genoma Humano: detecção, causas e consequências, BP.TT
14/06015-2 - Seleção balanceadora no genoma humano: detecção, causas e consequências, BP.TT
Assunto(s):Genética populacional  Genômica  Genoma humano  Seleção natural  Evolução humana  Miscigenação 
Palavra(s)-Chave do Pesquisador:Evolução | Genética de populações | Genômica | Populações Miscigenadas | Populações Nativas Americanas | Seleção Natural | Genética de Populações

Resumo

A seleção balanceadora é aquela que aumenta a variação genética em relação ao esperado sob neutralidade. Formas de seleção balanceadora incluem vantagem do heterozigoto, seleção dependente de frequência e seleção variável no tempo ou espaço. Apesar da análise de dados genômicos ter contribuído para entender como fatores demográficos e seletivos interagem, o conhecimento sobre seleção balanceadora permanece limitado. Neste projeto propomos a investigação da seleção balanceadora usando diversas abordagens, com o objetivo de responder a quatro questões. (a) O quão comum é a seleção balanceadora no genoma humano, e quais são os seus alvos? Como a maioria dos scans para genes selecionados busca casos de seleção direcional, eles tem poder reduzido para detectar a seleção balanceadora. Nós propomos a utilização de dados de sequenciamento em baixa cobertura em amostras de 12 populações humanas, publicamente disponíveis, para localizar genes que evoluíram sob seleção balanceadora. (b) Qual o efeito da seleção balanceadora nas regiões próximas a um gene selecionado? A seleção balanceadora num gene aumenta a variação em regiões ligadas. Como consequência, pode haver um aumento na frequência de variantes deletérias ligadas ao gene sob seleção. Testaremos essa hipótese analisando o polimorfismo próximo a genes sob seleção balanceadora, usando genomas de 12 populações humanas, publicamente disponíveis. (c) Como a seleção balanceadora molda a diferenciação genética entre populações? Resultados teóricos preveem que a seleção balanceadora reduz a diferenciação populacional. Entretanto, estudos recentes indicam o oposto, com genes sob seleção balanceadora apresentando alta diferenciação. Usando a genotipagem em alta densidade para 29 populações e sequenciamento em amostras 12 populações, além da genotipagem para 4 populações ameríndias do Brasil a ser realizada por nós, testaremos essa hipótese examinando a diferenciação em genes sob intensa seleção balanceadora. (d) Qual é a escala temporal da ação da seleção balanceadora, e como a seleção interfere no processo de miscigenação? Não é claro se a seleção balanceadora tenha atuado na história recente de populações humanas. Usando os dados de genotipagem de SNPs em alta densidade que iremos gerar para duas populações brasileiras miscigenadas, vamos usar o princípio do mapeamento por miscigenação para detectar regiões do genoma com proporções de ancestralidade distintas da média genômica, indicando vantagens seletivas recentes de um dos componentes ancestrais. (AU)

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Publicações científicas (15)
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
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NUNES, KELLY; ZHENG, XIUWEN; TORRES, MARGARETH; MORAES, MARIA ELISA; PIOVEZAN, BRUNO Z.; PONTES, GERLANDIA N.; KIMURA, LILIAN; CARNAVALLI, JULIANA E. P.; MINGRONI NETTO, REGINA C.; MEYER, DIOGO. HLA imputation in an admixed population: An assessment of the 1000 Genomes data as a training set. HUMAN IMMUNOLOGY, v. 77, n. 3, p. 307-312, . (12/09950-9, 12/18010-0, 13/08028-1)
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AGUIAR, VITOR R. C.; CESAR, JONATAS; DELANEAU, OLIVIER; DERMITZAKIS, EMMANOUIL T.; MEYER, DIOGO. Expression estimation and eQTL mapping for HLA genes with a personalized pipeline. PLOS GENETICS, v. 15, n. 4, . (12/18010-0, 15/19990-6, 16/24734-1, 13/22007-7, 14/12123-2)
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BITARELLO, BARBARA D.; DE FILIPPO, CESARE; TEIXEIRA, JOAO C.; SCHMIDT, JOSHUA M.; KLEINERT, PHILIP; MEYER, DIOGO; ANDRES, AIDA M.. Signatures of Long-Term Balancing Selection in Human Genomes. GENOME BIOLOGY AND EVOLUTION, v. 10, n. 3, p. 939-955, . (11/12500-2, 12/19563-2, 12/18010-0)
NUNES, KELLY; LEMES, RENAN B.; KIMURA, LILIAN; CARNAVALLI, JULIANA E. P.; MINGRONI-NETTO, REGINA C.; OTTO, PAULO A.; MEYER, DIOGO. Runs of homozygosity and admixture dynamics in the African-derived Brazilian quilombo populations. AMERICAN JOURNAL OF PHYSICAL ANTHROPOLOGY, v. 168, p. 2-pg., . (13/08028-1, 12/18010-0)
KIMURA, LILIAN; NUNES, KELLY; INES MACEDO-SOUZA, LUCIA; ROCHA, JORGE; MEYER, DIOGO; MINGRONI-NETTO, REGINA CELIA. Inferring paternal history of rural African-derived Brazilian populations from Y chromosomes. AMERICAN JOURNAL OF HUMAN BIOLOGY, v. 29, n. 2, p. 11-pg., . (98/14254-2, 11/50595-5, 12/18010-0, 13/08028-1, 12/09950-9)
NUNES, KELLY; AGUIAR, VITOR R. C.; SILVA, MARCIO; SENA, ALEXANDRE C.; DE OLIVEIRA, DANIELLI C. M.; DINARDO, CARLA L.; KEHDY, FERNANDA S. G.; TARAZONA-SANTOS, EDUARDO; ROCHA, VANDERSON G.; CARNEIRO-PROIETTI, ANNA BARBARA F.; et al. How Ancestry Influences the Chances of Finding Unrelated Donors: An Investigation in Admixed Brazilians. FRONTIERS IN IMMUNOLOGY, v. 11, . (12/18010-0, 12/09950-9)
SINGLE, RICHARD M.; MEYER, DIOGO; NUNES, KELLY; FRANCISCO, RODRIGO SANTOS; HUNEMEIER, TABITA; MAIERS, MARTIN; HURLEY, CAROLYN K.; BEDOYA, GABRIEL; GALLO, CARLA; HURTADO, ANA MAGDALENA; et al. Demographic history and selection at HLA loci in Native Americans. PLoS One, v. 15, n. 11, . (12/18010-0)
FRANCISCO, RODRIGO DOS SANTOS; BUHLER, STEPHANE; NUNES, JOSE MANUEL; BITARELLO, BARBARA DOMINGUES; FRANCA, GUSTAVO STARVAGGI; MEYER, DIOGO; SANCHEZ-MAZAS, ALICIA. HLA supertype variation across populations: new insights into the role of natural selection in the evolution of HLA-A and HLA-B polymorphisms. IMMUNOGENETICS, v. 67, n. 11-12, p. 651-663, . (12/18010-0)
NUNES, KELLY; PIOVEZAN, BRUNO; TORRES, MARGARETH A.; PONTES, GERLANDIA N.; KIMURA, LILIAN; CARNAVALLI, JULIANA E. P.; MINGRONI NETTO, REGINA CELIA; MORAES, MARIA ELISA; MEYER, DIOGO. Population variation of HLA genes in rural communities in Brazil, the Quilombos from the Vale do Ribeira, Sao Paulo - Brazil. HUMAN IMMUNOLOGY, v. 77, n. 6, p. 447-448, . (12/09950-9, 12/18010-0, 13/08028-1)
BRANDT, DEBORA Y. C.; AGUIAR, VITOR R. C.; BITARELLO, BARBARA D.; NUNES, KELLY; GOUDET, JEROME; MEYER, DIOGO. Mapping Bias Overestimates Reference Allele Frequencies at the HLA Genes in the 1000 Genomes Project Phase I Data. G3-GENES, GENOMES, GENETICS, v. 5, n. 5, p. 931-941, . (12/18010-0, 11/12500-2, 13/12162-5, 14/12123-2, 12/22796-9, 12/09950-9)
NUNES, K.; KIMURA, L.; SILVA, M. A.; LEMES, R. B.; RINCON, D.; MEYER, D.; MINGRONI-NETTO, R. C.. The demographic history of Afro-descendants in the Vale do Ribeira region (Sao Paulo, Brazil), revealed by genomic data. European Journal of Human Genetics, v. 27, p. 1-pg., . (13/08028-1, 12/18010-0)

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