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Anotação genômica e validação populacional de SSR-EST e SNP-EST para identificação de genes candidatos no camarão marinho Litopenaeus vannamei (Penaeidae, Decapoda)

Processo: 12/17322-8
Linha de fomento:Auxílio à Pesquisa - Regular
Vigência: 01 de maio de 2013 - 31 de outubro de 2015
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Genética - Genética Animal
Pesquisador responsável:Patrícia Domingues de Freitas
Beneficiário:Patrícia Domingues de Freitas
Instituição-sede: Centro de Ciências Biológicas e da Saúde (CCBS). Universidade Federal de São Carlos (UFSCAR). São Carlos , SP, Brasil
Pesq. associados: João Luíz Rocha ; Jorge Manuel de Oliveira Fernandes ; Pedro Manoel Galetti Junior
Assunto(s):Aquicultura  Carcinocultura  Camarão  Variação genética  Genomas  Melhoramento genético animal  Marcador molecular  Repetições de microssatélites  Polimorfismo genético 

Resumo

Litopenaeus vannamei é conhecido como camarão branco do Pacífico, sendo a principal espécie de peneídeo comercializada no mundo. Apesar de seu excelente desempenho em cativeiro, há uma preocupação constante em manejar adequadamente os plantéis. Os endocruzamentos e a diminuição nos níveis de diversidade genética podem comprometer a adaptação dos animais frente a condições adversas. Neste contexto, marcadores moleculares contidos em regiões expressas do genoma (EST, Expressed Sequence Tags), como os microssatélites ou SSR (Simple Sequence Repeats) e os SNP (Single Nucleotide Polymorphisms), podem ser úteis para acessar a variabilidade genética dos plantéis, identificar locos relacionados a traços de interesse e auxiliar no estabelecimento de programas de monitoramento e melhoramento genético. O desenvolvimento do Projeto Genoma EST do camarão L. vannamei (ShEST) possibilitou a caracterização de milhares de SSR-EST e SNP-EST, sendo grande que parte desses marcadores ainda não foi avaliada populacionalmente nem tampouco possui o com seu produto gênico elucidado. Assim, este trabalho objetiva a descrição dos produtos protéicos e de suas possíveis vias metabólicas, além da validação de marcas SSRs e SNPs, obtidas de ESTs do BD de Projeto ShEST, em linhagens selecionadas para crescimento e resistência. Com base nos produtos descritos na anotação genômica, alguns locos que estiverem contidos em genes de interesse serão selecionados para verificação de uma possível associação fenótipo x genótipo. Todos os cruzamentos e mensurações das características de performance serão conduzidos pelas empresas de produção de pós-larva responsáveis pelos programas de cruzamento seletivo. Com este trabalho esperamos disponibilizar um conjunto de informações eficientes para auxiliar no manejo e monitoramento dos estoques desta espécie cultivada no Brasil, e que também possam ser utilizadas em estudos com outras espécies de camarão, as quais consistem em importante recurso sócio-econômico e ecológico. (AU)

Publicações científicas (4)
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
SANTOS, CAMILLA A.; ANDRADE, SONIA C. S.; FREITAS, PATRICIA D. Identification of SNPs potentially related to immune responses and growth performance in Litopenaeus vannamei by RNA-seq analyses. PeerJ, v. 6, JUL 4 2018. Citações Web of Science: 2.
SANTOS, CAMILLA A.; ANDRADE, SONIA C. S.; TEIXEIRA, ANA K.; FARIAS, FLAVIO; KURKJIAN, KARIN; GUERRELHAS, ANA C.; ROCHA, JOAO L.; GALETTI, JR., PEDRO M.; FREITAS, PATRICIA D. Litopenaeus vannamei Transcriptome Profile of Populations Evaluated for Growth Performance and Exposed to White Spot Syndrome Virus (WSSV). FRONTIERS IN GENETICS, v. 9, APR 10 2018. Citações Web of Science: 5.
CAMILLA ALVES SANTOS; FLAVIO FARIAS; ANA KARINA TEIXEIRA; JOÃO LUÍS ROCHA; ANA CAROLINA GUERRELHAS; PATRÍCIA DOMINGUES DE FREITAS. Polymorphism in Litopenaeus vannamei genes and cross-species amplification in other shrimp species. Pesquisa Agropecuária Brasileira, v. 53, n. 1, p. -, Jan. 2018.
SANTOS, CAMILLA ALVES; FARIAS, FLAVIO; TEIXEIRA, ANA KARINA; ROCHA, JOAO LUIS; GUERRELHAS, ANA CAROLINA; DE FREITAS, PATRICIA DOMINGUES. Polymorphism in Litopenaeus vannamei genes and cross-species amplification in other shrimp species. Pesquisa Agropecuária Brasileira, v. 53, n. 1, p. 121-124, JAN 2018. Citações Web of Science: 0.

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