Estabelecimento de uma facility de sequenciamento de nova geração como ferramenta de investigação em sistemas biológicos

• Processo: 12/25387-2
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Regular
• Data de Início da vigência: 01 de junho de 2013
• Data de Término da vigência: 31 de maio de 2017
• Área do conhecimento: Ciências Biológicas - Bioquímica - Biologia Molecular
• Pesquisador responsável: Carlos Frederico Martins Menck
• Beneficiário: Carlos Frederico Martins Menck
• Instituição Sede: Instituto de Ciências Biomédicas (ICB). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
• Município da Instituição Sede: São Paulo
• Bolsa(s) vinculada(s): 15/15346-5 - Análise de dados de sequenciamento NGS (Next-Generation Sequencing): bioinformática aplicada ao estudo de genomas e transcriptomas, BP.TT; 15/06827-0 - Gerenciamento de dados oriundos de sequenciamento NGS (Next-generation sequencing) e otimização do uso da rede interna do CEFAP., BP.TT; 15/04052-0 - Análise de dados de sequenciamento NGS (Next-Generation Sequencing): Bioinformática aplicada ao estudo de genomas e transcriptomas., BP.TT
• Assunto(s): Genomas Análise de sequência de DNA
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: exoma | Genoma | nova geração | RNA seq | sequenciamento | genômica

Resumo

O desenvolvimento de plataformas como core-facilities de qualquer tipo no Brasil é um grande desafio, por várias questões que incluem a falta de cultura, pouco apoio de infraestrutura e gestão, dificuldades de importação de reagentes, etc. Para core-facilities de sequenciamento de nova geração deparamo-nos com desafios ainda maiores, em vista da rápida evolução tecnológica dos equipamentos e dos altos custos de reagentes para se realizar corridas de sequenciamento que, em geral, promovem a geração de dados em quantidade maior do que o efetivamente necessário pelo usuário. Essa enorme quantidade de dados também implica na necessidade da existência de núcleos de Bioinformática capazes de analisar os dados gerados para o pesquisador. Essas questões tornam as facilities de sequenciamento como pouco competitivas, inclusive com serviços similares prestados no exterior, reduzindo a capacidade de nuclear grupos competentes nessas tecnologias no país. Neste projeto propomos a centralização na aquisição de reagentes da facility GENIAL (Genome Investigation and Analysis Laboratory) inserida no CEFAP (Centro de Facilidades de Apoio à Pesquisa), através de financiamento próprio e importação pela FAPESP, de forma a propiciar o sequenciamento para laboratórios cujas necessidades sejam genomas pequenos (< 50 Mb, como exomas e genomas microbianos) e transcriptomas. Essa centralização tornaria a gestão de corridas nos equipamentos do CEFAP-USP mais simples e prática, ampliando em muito a capacidade de uso destes. Sequenciamento de exomas de camundongos mutantes do biotério do ICB também estão previstos no projeto, na busca das mutações responsáveis pelos fenótipos. Além disso, a solicitação de bolsas para dois técnicos de Bioinformática poderá auxiliar a solucionar limitações relacionadas à análise dos dados, impulsionando o uso dessa tecnologia. Solicitamos também um novo sequenciador, também de nova geração, mais limitado em termos de quantidade de material a ser sequenciado, porém capaz de produzir sequências maiores e com uma tecnologia diferente complementar a disponível atualmente, que certamente será útil para usos diversos inclusive confirmação de resultados de sequência de DNA que necessitem validação e geração de sequencias de genomas desconhecidos. (AU)

Publicações científicas

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

MAZZONETTO, P. C.; ARIZA, C. B.; OCANHA, S. G.; DE SOUZ, T. A.; KO, G. M.; MENCK, C. F. M.; MASSIRONI, S. M. G.; PORCIONATTO, M. A.. Mutation in NADPH oxidase 3 (NOX3) impairs SHH signaling and increases cerebellar neural stem/progenitor cell proliferation. BIOCHIMICA ET BIOPHYSICA ACTA-MOLECULAR BASIS OF DISEASE, v. 1865, n. 6, p. 1502-1515, JUN 1 2019. (18/05635-8, 14/19204-8, 12/25387-2, 17/18765-4)

YAMAMOTO, PEDRO K.; DE SOUZA, TIAGO A.; ANTIORIO, ANA T. F. B.; ZANATTO, DENNIS A.; GARCIA-GOMES, MARIANA DE SOUZA A.; ALEXANDRE-RIBEIRO, SANDRA R.; OLIVEIRA, NICASSIA DE SOUZA; MENCK, CARLOS F. M.; BERNARDI, MARIA M.; MASSIRONI, SILVIA M. G.; et al. Genetic and behavioral characterization of a Kmt2d mouse mutant, a new model for Kabuki Syndrome. GENES BRAIN AND BEHAVIOR, v. 18, n. 8, NOV 2019. (17/21103-3, 16/23659-6, 12/25387-2)