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Análise funcional de cromossomos B, utilizando o peixe ciclídeo Astatotilapia latifasciata como modelo

Processo: 13/04533-3
Linha de fomento:Auxílio à Pesquisa - Regular
Vigência: 01 de julho de 2013 - 30 de junho de 2015
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Genética - Genética Animal
Pesquisador responsável:César Martins
Beneficiário:César Martins
Instituição-sede: Instituto de Biociências (IBB). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de Botucatu. Botucatu , SP, Brasil
Pesq. associados:Guilherme Targino Valente
Assunto(s):Citogenética molecular  Peixes  Genômica  Cromossomos B  Genoma mitocondrial 

Resumo

Os cromossomos supernumerários (também chamados de cromossomos B) são elementos extras, não homólogos ao complemento A e encontram-se presentes em aproximadamente 15% das espécies de eucariotos. O papel funcional deste cromossomo encontra-se ainda em pleno debate, sendo sua presença e manutenção nos organismos justificada principalmente devido ao seu potencial parasítico. Os estudos em cromossomos B tem sido essencialmente conduzidos em nível citogenético, sendo que abordagens genômicas em larga escala tem sido pouco exploradas. Análises genéticas prévias envolvendo sequenciamento genômico em larga escala, PCR em tempo real, mapeamento citogenético, entre outras, foram realizadas no sentido do entendimento do conteúdo genômico e história evolutiva do cromossomo B do ciclídeo africano Astatotilapia latifasciata. Estas análises evidenciaram que o elemento extra desta espécie foi originado a partir de um pequeno segmento cromossômico do genoma A, seguido de invasão e amplificação de sequências oriundas de diversos cromossomos do complemento A, e também do genoma mitocondrial. Considerando os aspectos citados, atrelados à possibilidade do uso de novas ferramentas de análises em larga escala como transcriptomas, microRNomas e ChIP-Seq, o presente projeto visa o melhor entendimento do papel funcional da presença de cromossomos B, usando o ciclídeo A. latifasciata como modelo. (AU)

Publicações científicas (10)
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
JEHANGIR, MARYAM; AHMAD, SYED F.; CARDOSO, ADAUTO L.; RAMOS, ERICA; VALENTE, GUILHERME T.; MARTINS, CESAR. De novo genome assembly of the cichlid fish Astatotilapia latifasciata reveals a higher level of genomic polymorphism and genes related to B chromosomes. CHROMOSOMA, v. 128, n. 2, p. 81-96, JUN 2019. Citações Web of Science: 1.
CARDOSO, ADAUTO LIMA; DE ALMEIDA FANTINATTI, BRUNO EVARISTO; VENTURELLI, NATALIA BORTHOLAZZI; CARMELLO, BIANCA DE OLIVEIRA; DE OLIVEIRA, ROGERIO ANTONIO; MARTINS, CESAR. Epigenetic DNA Modifications Are Correlated With B Chromosomes and Sex in the Cichlid Astatotilapia latifasciata. FRONTIERS IN GENETICS, v. 10, APR 12 2019. Citações Web of Science: 0.
COAN, RAFAEL L. B.; MARTINS, CESAR. Landscape of Transposable Elements Focusing on the B Chromosome of the Cichlid Fish Astatotilapia latifasciata. GENES, v. 9, n. 6 JUN 2018. Citações Web of Science: 8.
CARMELLO, BIANCA O.; COAN, RAFAEL L. B.; CARDOSO, ADAUTO L.; RAMOS, ERICA; FANTINATTI, BRUNO E. A.; MARQUES, DIEGO F.; OLIVEIRA, ROGERIO A.; VALENTE, GUILHERME T.; MARTINS, CESAR. The hnRNP Q-like gene is retroinserted into the B chromosomes of the cichlid fish Astatotilapia latifasciata. Chromosome Research, v. 25, n. 3-4, p. 277-290, OCT 2017. Citações Web of Science: 4.
RAMOS, ERICA; CARDOSO, ADAUTO L.; BROWN, JUDITH; MARQUES, DIEGO F.; FANTINATTI, BRUNO E. A.; CABRAL-DE-MELLO, DIOGO C.; OLIVEIRA, ROGERIO A.; O'NEILL, RACHEL J.; MARTINS, CESAR. The repetitive DNA element BncDNA, enriched in the B chromosome of the cichlid fish Astatotilapia latifasciata, transcribes a potentially noncoding RNA. CHROMOSOMA, v. 126, n. 2, p. 313-323, MAR 2017. Citações Web of Science: 15.
VALENTE, GUILHERME T.; NAKAJIMA, RAFAEL T.; FANTINATTI, BRUNO E. A.; MARQUES, DIEGO F.; ALMEIDA, RODRIGO O.; SIMOES, RAFAEL P.; MARTINS, CESAR. B chromosomes: from cytogenetics to systems biology. CHROMOSOMA, v. 126, n. 1, p. 73-81, FEB 2017. Citações Web of Science: 21.
SCHEMBERGER, MICHELLE ORANE; NOGAROTO, VIVIANE; ALMEIDA, MARA CRISTINA; ARTONI, ROBERTO FERREIRA; VALENTE, GUILHERME TARGINO; MARTINS, CESAR; MOREIRA-FILHO, ORLANDO; CESTARI, MARTA MARGARETE; VICARI, MARCELO RICARDO. Sequence analyses and chromosomal distribution of the Tc1/Mariner element in Parodontidae fish (Teleostei: Characiformes). Gene, v. 593, n. 2, p. 308-314, NOV 30 2016. Citações Web of Science: 8.
FANTINATTI, BRUNO E. A.; MARTINS, CESAR. Development of chromosomal markers based on next-generation sequencing: the B chromosome of the cichlid fish Astatotilapia latifasciata as a model. BMC GENETICS, v. 17, AUG 18 2016. Citações Web of Science: 4.
VALENTE, GUILHERME; KOCHER, THOMAS; EICKBUSH, THOMAS; SIMOES, RAFAEL P.; MARTINS, CESAR. Integrated cytogenetics and genomics analysis of transposable elements in the Nile tilapia, Oreochromis niloticus. Molecular Genetics and Genomics, v. 291, n. 3, p. 1219-1225, JUN 2016. Citações Web of Science: 2.
OLIVEIRA, SARAH G.; CABRAL-DE-MELLO, DIOGO C.; MOURA, RITA C.; MARTINS, CESAR. Chromosomal organization and evolutionary history of Mariner transposable elements in Scarabaeinae coleopterans. MOLECULAR CYTOGENETICS, v. 6, NOV 29 2013. Citações Web of Science: 5.

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