Auxílio à pesquisa 08/52146-0 - Cana-de-açúcar, Proteínas quinases - BV FAPESP
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Sugarcane signaling and regulatory networks

Processo: 08/52146-0
Modalidade de apoio:Auxílio à Pesquisa - Programa BIOEN - Temático
Data de Início da vigência: 01 de novembro de 2008
Data de Término da vigência: 31 de outubro de 2015
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Bioquímica - Biologia Molecular
Acordo de Cooperação: FAPEMIG
Pesquisador responsável:Glaucia Mendes Souza
Beneficiário:Glaucia Mendes Souza
Instituição Sede: Instituto de Química (IQ). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
Bolsa(s) vinculada(s):14/17877-5 - Desenvolvimento de infraestrutura e ferramentas integradas ao projeto SUCEST-FUN, para montagem e anotação do genoma da cana-de-açúcar, BP.TT
13/23048-9 - Análise funcional de promotores de cana-de-açúcar e sua variação alélica, BP.PD
13/13659-0 - Identificação de redes de genes e genoma ativo de cana-de-açúcar associados à seca, BP.DR
+ mais bolsas vinculadas 12/12203-0 - Caracterização funcional do gene ScPetC de cana-de açúcar em plantas de tabaco transgênicas, BP.MS
12/12646-0 - Redes regulatórias e sinalização em cana-de-açúcar, BP.TT
12/03509-9 - Redes regulatórias e sinalização em cana-de-açúcar, BP.TT
11/08144-6 - Redes regulatórias e sinalização em cana-de-açúcar, BP.TT
11/05317-7 - Estudo estrutural gênico de BACs de cana-de-açúcar pelo método de pirosequenciamento, BP.IC
10/16234-2 - Redes regulatórias e sinalização em cana-de-açúcar, BP.TT
09/14199-8 - Redes regulatórias e sinalização em cana-de-açúcar, BP.TT
09/09116-6 - Redes regulatórias da cana-de-açúcar, BP.PD
08/10018-6 - Redes regulatórias e sinalização em cana-de-açúcar, BP.TT - menos bolsas vinculadas
Assunto(s):Cana-de-açúcar  Proteínas quinases  Bioenergia 
Palavra(s)-Chave do Pesquisador:Breeding | Protein Kinase | Sugarcane | Transcription Factor | Transcriptome | Transgenics
Publicação FAPESP:https://media.fapesp.br/bv/uploads/publicacoes/pasta_bioen_jun2012_60.pdf

Resumo

We aim to study signaling and regulatory networks in sugarcane and to develop tools for a systems biology approach in this grass. As a starting point we intend to characterize three agronomical traits of interest: drought, brix and lignin content. We will study gene categories with a well known regulatory role (Transcription Factors, Protein Kinases and Phosphatases), conduct studies on the Transcriptome, produce transgenics, develop a database and computacional tools to integrate the several levels of information and we will initiate the whole genome sequencing of a Brazilian sugarcane cultivar. In parallel, we intend to implement ChIP-Seq technology in sugarcane, to identify TF targets and gene promoters. The results will have multiple direct consequences on breeding programs that frequently select for CREs and TF changes in search for genotypes better adapted to the environment and with increased agronomical performance. PKs activate signaling cascades in response to environmental stimuli and our studies point to a predominant role of PKs in the regulation of sucrose content and drought responses. To identify new genes associated to brix, drought and lignin content we will characterize the transcriptome of genotypes and cultivars that contrast for these traits using olinonucleotide arrays. Genes of interest will be functionally evaluated by generating transgenics altered for their expression. To integrate the immense amount of public data and that generated by this project a robust computational infrastructure and database will be developed. The SUCEST-FUN database will integrate the SUCEST sequences, promoters, CREs, expression data, agronomical, physiological and biochemical characterization of sugarcane cultivars. We will also participate in the development of the GRASSIUS database to establish sugarcane, rice, maize and sorghum regulatory networks. (AU)

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Publicações científicas (12)
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
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CUNHA, CAMILA P.; ROBERTO, GUILHERME G.; VICENTINI, RENATO; LEMBKE, CAROLINA G.; SOUZA, GLAUCIA M.; RIBEIRO, RAFAEL V.; MACHADO, EDUARDO C.; LAGOA, ANA M. M. A.; MENOSSI, MARCELO. Ethylene-induced transcriptional and hormonal responses at the onset of sugarcane ripening. SCIENTIFIC REPORTS, v. 7, . (08/57495-3, 08/54201-9, 12/13920-8, 13/15576-5, 08/52146-0)
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SOUZA, GLAUCIA MENDES; VAN SLUYS, MARIE-ANNE; LEMBKE, CAROLINA GIMILIANI; LEE, HAYAN; MARGARIDO, GABRIEL RODRIGUES ALVES; HOTTA, CARLOS TAKESHI; GAIARSA, JONAS WEISSMANN; DINIZ, AUGUSTO LIMA; OLIVEIRA, MAURO DE MEDEIROS; FERREIRA, SAVIO DE SIQUEIRA; et al. Assembly of the 373k gene space of the polyploid sugarcane genome reveals reservoirs of functional diversity in the world's leading biomass crop. GIGASCIENCE, v. 8, n. 12, p. 18-pg., . (14/50921-8, 17/02842-0, 08/52074-0, 15/22993-7, 08/52146-0, 13/18322-4, 12/51062-3, 13/07467-1, 17/02270-6, 11/50761-2, 13/23048-9, 16/06917-1, 15/15346-5, 16/17545-8)