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Biologia sistêmica do extremófilo Halobacterium salinarum: contribuição dos RNAs não-codificantes ao modelo global de regulação gênica

Processo: 09/09532-0
Linha de fomento:Auxílio à Pesquisa - Apoio a Jovens Pesquisadores
Vigência: 01 de julho de 2010 - 30 de junho de 2015
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Bioquímica - Biologia Molecular
Pesquisador responsável:Tie Koide
Beneficiário:Tie Koide
Instituição-sede: Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto (FMRP). Universidade de São Paulo (USP). Ribeirão Preto , SP, Brasil
Pesq. associados:Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio
Bolsa(s) vinculada(s):14/24087-0 - Validação da expressão de pequenos peptídeos em Halobacterium salinarum por meio de cromossomal tagging, BP.IC
13/23712-6 - Identificação de pequenas proteínas e peptídeos no extremófilo Halobacterium salinarum: discriminando RNAs não-codificantes de pequenas ORFs, BP.PD
13/04125-2 - Novas ferramentas genéticas para Archaea: validação funcional e modelagem da rede regulatória de RNA não codificantes de Halobacterium salinarum, BP.PD
+ mais bolsas vinculadas 13/05651-0 - Estudos funcionais da chaperona de RNA Lsm em Halobacterium salinarum: construção de linhagem Knockout e avaliação fenotípica, BP.IC
13/05652-6 - Construção de linhagem knockout para um RNA não-codificante da família HgcC em Halobacterium salinarum e avaliação fenotípica, BP.IC
12/12734-6 - Bioinformática aplicada ao estudo do RNA Estruturoma de Halobacterium salinarum, BP.PD
12/02896-9 - Predição de Interações RNA-Proteína por uma Abordagem Baseada em Combinação de Classificadores, BP.DR
11/14455-4 - RNA-seq: segmentação e modelagem do sinal, BP.DD
11/07487-7 - Identificação e caracterização de RNAs não codificantes ligantes a Lsm no extremófilo Halobacterium salinarum, BP.DR
10/10195-5 - Caracterização de RNAs-não codificantes no extremófilo Halobacterium salinarum, BP.PD - menos bolsas vinculadas
Assunto(s):Microbiologia  Biologia sistêmica  Regulação da expressão gênica  Archaea  RNA longo não codificante 

Resumo

Abordagens sistêmicas para a compreensão global da célula vêm sendo amplamente utilizadas na era pós-genômica. A utilização de ferramentas computacionais, matemáticas e estatísticas aliadas a novas tecnologias em Biologia permitem o desenvolvimento de modelos globais com capacidades preditivas. Usualmente, modelos utilizando níveis globais de mRNAs e proteínas têm sido desenvolvidos. Entretanto, uma importante classe de moléculas regulatórias que ainda não são contempladas nesses modelos globais são os RNAs não-codificantes. Para identificar a sua influência nas redes de regulação gênica, propõe-se o estudo dessas moléculas em Halobacterium salinarum, um extremófilo modelo em Biologia Sistêmica. A caracterização de ncRNAs deverá ser realizada utilizando tanto abordagens em larga-escala como abordagens tradicionais mais direcionadas, além do uso de diversas ferramentas de bioinformática. Espera-se que a caracterização das redes de regulação globais deste organismo contribuam para o desenvolvimento de tecnologias para reengenharia e aplicações em biotecnologia. (AU)

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Publicações científicas
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
SILVA-ROCHA, RAFAEL; PONTELLI, MARJORIE CORNEJO; FURTADO, GILVAN PESSOA; ZARAMELA, LIVIA SOARES; KOIDE, TIE. Development of New Modular Genetic Tools for Engineering the Halophilic Archaeon Halobacterium salinarum. PLoS One, v. 10, n. 6 JUN 10 2015. Citações Web of Science: 1.
GOMES-FILHO, JOSE VICENTE; ZARAMELA, LIVIA SOARES; DA SILVA ITALIANI, VALERIA CRISTINA; BALIGA, NITIN S.; VENCIO, RICARDO Z. N.; KOIDE, TIE. Sense overlapping transcripts in IS1341-type transposase genes are functional non-coding RNAs in archaea. RNA BIOLOGY, v. 12, n. 5, p. 490-500, MAY 4 2015. Citações Web of Science: 7.
ZARAMELA, LIVIA S.; VENCIO, RICARDO Z. N.; TEN-CATEN, FELIPE; BALIGA, NITIN S.; KOIDE, TIE. Transcription Start Site Associated RNAs (TSSaRNAs) Are Ubiquitous in All Domains of Life. PLoS One, v. 9, n. 9 SEP 19 2014. Citações Web of Science: 8.

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