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Projeto transcriptoma: análise da expressão gênica em larga escala usando DNA-arrays

Processo: 99/12135-9
Linha de fomento:Auxílio à Pesquisa - Temático
Vigência: 01 de maio de 2001 - 31 de dezembro de 2005
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Imunologia - Imunogenética
Pesquisador responsável:Geraldo Aleixo da Silva Passos Júnior
Beneficiário:Geraldo Aleixo da Silva Passos Júnior
Instituição-sede: Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto (FMRP). Universidade de São Paulo (USP). Ribeirão Preto , SP, Brasil
Pesquisadores principais:Eduardo Antônio Donadi ; Elza Tiemi Sakamoto Hojo
Bolsa(s) vinculada(s):02/14098-8 - Genes diferencialmente expressos no timo de camundongos portadores de tumor avaliados por cdna-microarrays, BP.DR
03/00982-6 - Uso de cDNA microarrays na identificação de novos genes canditados a modulação da recombinação V(D)J dos receptores de células T (TCR), BP.DD
02/07314-6 - Estudo dos mecanismos de resposta ao dano induzido no DNA pela radiação ionizante e cisplatina em linhagens de fibroblastos humanos, BP.DR
+ mais bolsas vinculadas 02/01441-6 - Expressão gênica diferencial em larga escala em pacientes com Lúpus Eritematoso Sistêmico, BP.PD
01/09519-1 - Análise da expressão gênica diferencial em pacientes com artrite reumatoide do adulto estratificados segundo o padrão de suscetibilidade genética, BP.PD
01/10995-2 - Expressão gênica diferencial induzida pela radiação ionizante analisada por micro arrays em linfócitos humanos, BP.PD
01/08278-0 - Emergência da recombinação V(D)J de TCR Vbeta 8.1 e análise da expressão gênica no timo de camundongos heterozigotos (F1 C57BI/6 x balb0c), BP.IC - menos bolsas vinculadas
Assunto(s):Análise de sequência com séries de oligonucleotídeos  Expressão gênica  Genômica  Linfócitos  Transcriptoma 

Resumo

Este projeto situa-se no campo da genômica funcional ou seja, a interpretação da função das sequências de DNA numa escala genômica. Para dar continuidade lógica à vasta quantidade de informações de seqüenciamento de DNA genômico e de cDNAs que estão sendo obtidas pelos projetos genoma humano e de outras espécies, precisamos começar já a coletar dados de natureza funcional. Medidas de expressão gênica em larga escala constituem um primeiro passo nesta direção. Com a disponibilidade de bibliotecas de cDNA humanas e de camundongos, além de outros organismos, e da robótica aplicada à biologia molecular, foi possível recentemente o estabelecimento da tecnologia dos DNA-arrays. Grande conjunto de clones, insertos e oligonucleotídeos são hibridados com sondas complexas preparadas de RNA total ou de RNAm de linhagens celulares ou de órgãos. Sob condições apropriadas, a aquisição quantitativa de sinais permite a medida da relativa abundância de cada espécie de sequência de RNAm e portanto, da expressão gênica. Neste projeto, utilizaremos lâminas de vidro com alta densidade de clones de cDNA (micro-arrays) para serem hibridadas com sondas complexas fluorescentes preparadas a partir de RNA total (sondas de cDNA fluorescentes). Selecionamos três questões biológicas, que por sua complexidade só serão melhor compreendidas por meio de estudos de expressão gênica em larga escala. A primeira questão é relativa à expressão gênica durante a ontogenia do timo, pois este é um órgão chave no sistema imune, sede da maturação dos linfócitos T quando estes passam pela recombinação V(D)J dos receptores TCR, nosso objetivo é descrever um conjunto de genes expressos no timo na fase de gestação quando ocorre a recombinação V(D)J dos TCRs. A segunda questão é relativa à patogenia das doenças auto-imunes, pois em tais doenças o sistema imunológico passa a reagir contra componentes próprios do organismo. Estudaremos a expressão gênica no lúpus eritematoso sistêmico e na diabetes mellitus tipo 1 pois a etiologia genética das doenças auto-imunes ainda está em aberto. A terceira questão é relativa à instabilidade do genoma humano causada pela radiação ionizante. Pretendemos apontar um conjunto de genes são ativados e/ou reprimidos durante a indução de lesões no material genético pela radiação. (AU)

Publicações científicas (15)
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
MELLO, STEPHANO S.; FACHIN, ANA L.; JUNTA, CRISTINA M.; SANDRIN-GARCIA, PAULA; DONADI, EDUARDO A.; PASSOS, GERALDO A. S.; SAKAMOTO-HOJO, ELZA T. Delayed Effects of Exposure to a Moderate Radiation Dose on Transcription Profiles in Human Primary Fibroblasts. Environmental and Molecular Mutagenesis, v. 52, n. 2, p. 117-129, MAR 2011. Citações Web of Science: 8.
CARMINATI, PATRICIA OLIVEIRA; MELLO, STEPHANO SPANO; FACHIN, ANA LUCIA; JUNTA, CRISTINA MORAES; SANDRIN-GARCIA, PAULA; CARLOTTI, CARLOS GILBERTO; DONADI, EDUARDO ANTONIO; SILVA PASSOS, GERALDO ALEIXO; SAKAMOTO-HOJO, ELZA TIEMI. Alterations in gene expression profiles correlated with cisplatin cytotoxicity in the glioma U343 cell line. GENETICS AND MOLECULAR BIOLOGY, v. 33, n. 1, p. 159-168, 2010. Citações Web of Science: 6.
FACHIN, ANA LUCIA; MELLO, STEPHANO SPANO; SANDRIN-GARCIA, PAULA; JUNTA, CRISTINA MORAES; GHILARDI-NETTO, THOMAZ; DONADI, EDUARDO ANTONIO; DA SILVA PASSOS, GERALDO ALEIXO; SAKAMOTO-HOJO, ELZA TIEMI. Gene Expression Profiles in Radiation Workers Occupationally Exposed to Ionizing Radiation. JOURNAL OF RADIATION RESEARCH, v. 50, n. 1, p. 61-71, JAN 2009. Citações Web of Science: 44.
BASSI, C. L.; MELLO, S. S.; CARDOSO, R. S.; GODOY, P. D. V.; FACHIN, A. L.; JUNTA, C. M.; SANDRIN-GARCIA, P.; CARLOTTI, C. G.; FALCAO, R. P.; DONADI, E. A.; PASSOS, G. A. S.; SAKAMOTO-HOJO, E. T. Transcriptional changes in U343 MG-a glioblastoma cell line exposed to ionizing radiation. HUMAN & EXPERIMENTAL TOXICOLOGY, v. 27, n. 12, p. 919-929, DEC 2008. Citações Web of Science: 14.
FACHIN‚ A.L.; MELLO‚ S.S.; SANDRIN-GARCIA‚ P.; JUNTA‚ C.M.; DONADI‚ E.A.; PASSOS‚ G.A.S.; SAKAMOTO-HOJO‚ E.T. Gene expression profiles in human lymphocytes irradiated in vitro with low doses of gamma rays. RADIATION RESEARCH, v. 168, n. 6, p. 650-665, 2007.
SILVA‚ G.L.; JUNTA‚ C.M.; MELLO‚ S.S.; GARCIA‚ P.S.; RASSI‚ D.M.; SAKAMOTO-HOJO‚ E.T.; DONADI‚ E.A.; PASSOS‚ G.A.S. Profiling Meta-Analysis Reveals Primarily Gene Coexpression Concordance between Systemic Lupus Erythematosus and Rheumatoid Arthritis. Annals of the New York Academy of Sciences, v. 1110, n. 1, p. 33-46, 2007.
CARDOSO‚ R.S.; JUNTA‚ C.M.; MACEDO‚ C.; MAGALHÃES‚ D.A.R.; SILVEIRA‚ E.L.V.; PAULA‚ M.O.; MARQUES‚ M.; MELLO‚ S.S.; ZÁRATE-BLADÉS‚ C.R.; NGUYEN‚ C.; OTHERS. Hybridization signatures of gamma-irradiated murine fetal thymus organ culture (FTOC) reveal modulation of genes associated with T-cell receptor V (D) J recombination and DNA repair. Molecular Immunology, v. 43, n. 5, p. 464-472, 2006.
RASSI‚ D.M.; JUNTA‚ C.M.; FACHIN‚ A.N.A.L.; SANDRIN-GARCIA‚ P.; MELLO‚ S.; MARQUES‚ M.; FERNANDES‚ A.N.A.P.M.; FOSS-FREITAS‚ M.C.; FOSS‚ M.C.; SAKAMOTO-HOJO‚ E.T.; OTHERS. Metabolism genes are among the differentially expressed ones observed in lymphomononuclear cells of recently diagnosed type 1 diabetes mellitus patients. Annals of the New York Academy of Sciences, v. 1079, n. 1, p. 171-176, 2006.
RASSI‚ D.M.; JUNTA‚ C.M.; FACHIN‚ A.N.A.L.; SANDRIN-GARCIA‚ P.; MELLO‚ S.S.; FERNANDES‚ A.N.A.P.M.; DEGHAIDE‚ N.N.H.S.; FOSS-FREITAS‚ M.C.; FOSS‚ M.C.; SAKAMOTO-HOJO‚ E.T.; OTHERS. Is HLA Class II Profile Relevant for the Study of Large-Scale Differentially Expressed Genes in Type 1 Diabetes Mellitus Patients?. Annals of the New York Academy of Sciences, v. 1079, n. 1, p. 305-309, 2006.
SOUSA CARDOSO‚ R.; MAGALHÃES‚ D.A.R.; BAIÃO‚ A.M.T.; JUNTA‚ C.M.; MACEDO‚ C.; MARQUES‚ M.; SAKAMOTO-HOJO‚ E.T.; DONADI‚ E.A.; PASSOS‚ G.A.S. Onset of promiscuous gene expression in murine fetal thymus organ culture. Immunology, v. 119, n. 3, p. 369-375, 2006.
TREVISAN‚ G.L.; RASSI‚ D.M.; BAIÃO‚ A.M.T.; SANDRIN-GARCIA‚ P.; MELLO‚ S.S.; TAMIA-FERREIRA‚ M.C.; JUNTA‚ C.M.; FACHIN‚ A.L.; MARQUES‚ M.; SAKAMOTO-HOJO‚ E.T.; OTHERS. Using cDNA microarrays to identify human CD19+ B cell gene products (ESTs) originated from systemic lupus erythematosus susceptibility loci. AUTOIMMUNITY REVIEWS, v. 5, n. 5, p. 319-323, 2006.
MAGALHÃES, DANIELLE A. R.; MACEDO, CLAUDIA; JUNTA, CRISTINA M.; MELLO, STEPHANO S.; MARQUES, MÁRCIA M. C.; CARDOSO, RENATO S.; SAKAMOTO-HOJO, ELZA T.; DONADI, EDUARDO A.; PASSOS, GERALDO A. S. Hybridization signatures during thymus ontogeny reveals modulation of genes coding for T-cell signaling proteins. Molecular Immunology, v. 42, n. 9, p. 1043-1048, May 2005.
PEREIRA‚ E.; TAMIA-FERREIRA‚ M.C.; CARDOSO‚ R.S.; MELLO‚ S.S.; SAKAMOTO-HOJO‚ E.T.; PASSOS‚ G.A.S.; DONADI‚ E.A. Immunosuppressive therapy modulates T lymphocyte gene expression in patients with systemic lupus erythematosus. Immunology, v. 113, n. 1, p. 99-105, 2004.
TREVISAN, G. L.; TAMIA-FERREIRA, M. C.; PASSOS, G. A. S.; JUNTA, C. M. Immunoglobulin V-lambda transcription profiling of systemic lupus erythematosus patients reveals biased usage of genes located near the J lambda-C lambda segments. Scandinavian Journal of Immunology, v. 59, n. 4, p. 395-399, abr. 2004.
SAKAMOTO-HOJO, E. T.; PEREIRA, E.; FACHIN, A. L.; CARDOSO, R. S.; DONADI, E. A.; PASSOS, G. A. S.; MELLO, S. S.; JUNTA, C. M. Gene expression profiles in human cells submitted to genotoxic stress. MUTATION RESEARCH-REVIEWS IN MUTATION RESEARCH, v. 544, n. 2-3, p. 403-413, Nov. 2003.

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