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Projeto transcriptoma: análise da expressão gênica em larga escala usando DNA-arrays

Processo: 99/12135-9
Linha de fomento:Auxílio à Pesquisa - Temático
Vigência: 01 de maio de 2001 - 31 de dezembro de 2005
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Imunologia - Imunogenética
Pesquisador responsável:Geraldo Aleixo da Silva Passos Júnior
Beneficiário:Geraldo Aleixo da Silva Passos Júnior
Instituição-sede: Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto (FMRP). Universidade de São Paulo (USP). Ribeirão Preto, SP, Brasil
Pesquisadores principais:Eduardo Antônio Donadi ; Elza Tiemi Sakamoto Hojo
Bolsa(s) vinculada(s):02/14098-8 - Genes diferencialmente expressos no timo de camundongos portadores de tumor avaliados por cdna-microarrays, BP.DR
03/00982-6 - Uso de cDNA microarrays na identificação de novos genes canditados a modulação da recombinação V(D)J dos receptores de células T (TCR), BP.DD
02/07314-6 - Estudo dos mecanismos de resposta ao dano induzido no DNA pela radiação ionizante e cisplatina em linhagens de fibroblastos humanos, BP.DR
+ mais bolsas vinculadas 02/01441-6 - Expressão gênica diferencial em larga escala em pacientes com Lúpus Eritematoso Sistêmico, BP.PD
01/09519-1 - Análise da expressão gênica diferencial em pacientes com artrite reumatoide do adulto estratificados segundo o padrão de suscetibilidade genética, BP.PD
01/10995-2 - Expressão gênica diferencial induzida pela radiação ionizante analisada por micro arrays em linfócitos humanos, BP.PD
01/08278-0 - Emergência da recombinação V(D)J de TCR Vbeta 8.1 e análise da expressão gênica no timo de camundongos heterozigotos (F1 C57BI/6 x balb0c), BP.IC - menos bolsas vinculadas
Assunto(s):Análise de sequência com séries de oligonucleotídeos  Expressão gênica  Genômica  Linfócitos  Transcriptoma 

Resumo

Este projeto situa-se no campo da genômica funcional ou seja, a interpretação da função das sequências de DNA numa escala genômica. Para dar continuidade lógica à vasta quantidade de informações de seqüenciamento de DNA genômico e de cDNAs que estão sendo obtidas pelos projetos genoma humano e de outras espécies, precisamos começar já a coletar dados de natureza funcional. Medidas de expressão gênica em larga escala constituem um primeiro passo nesta direção. Com a disponibilidade de bibliotecas de cDNA humanas e de camundongos, além de outros organismos, e da robótica aplicada à biologia molecular, foi possível recentemente o estabelecimento da tecnologia dos DNA-arrays. Grande conjunto de clones, insertos e oligonucleotídeos são hibridados com sondas complexas preparadas de RNA total ou de RNAm de linhagens celulares ou de órgãos. Sob condições apropriadas, a aquisição quantitativa de sinais permite a medida da relativa abundância de cada espécie de sequência de RNAm e portanto, da expressão gênica. Neste projeto, utilizaremos lâminas de vidro com alta densidade de clones de cDNA (micro-arrays) para serem hibridadas com sondas complexas fluorescentes preparadas a partir de RNA total (sondas de cDNA fluorescentes). Selecionamos três questões biológicas, que por sua complexidade só serão melhor compreendidas por meio de estudos de expressão gênica em larga escala. A primeira questão é relativa à expressão gênica durante a ontogenia do timo, pois este é um órgão chave no sistema imune, sede da maturação dos linfócitos T quando estes passam pela recombinação V(D)J dos receptores TCR, nosso objetivo é descrever um conjunto de genes expressos no timo na fase de gestação quando ocorre a recombinação V(D)J dos TCRs. A segunda questão é relativa à patogenia das doenças auto-imunes, pois em tais doenças o sistema imunológico passa a reagir contra componentes próprios do organismo. Estudaremos a expressão gênica no lúpus eritematoso sistêmico e na diabetes mellitus tipo 1 pois a etiologia genética das doenças auto-imunes ainda está em aberto. A terceira questão é relativa à instabilidade do genoma humano causada pela radiação ionizante. Pretendemos apontar um conjunto de genes são ativados e/ou reprimidos durante a indução de lesões no material genético pela radiação. (AU)

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