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Mobilômica integrada em Coffea e seu inseto praga mais importante: a broca-do-café

Processo: 13/15070-4
Linha de fomento:Auxílio à Pesquisa - Regular
Vigência: 01 de outubro de 2013 - 30 de setembro de 2015
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Biologia Geral
Pesquisador responsável:Claudia Marcia Aparecida Carareto
Beneficiário:Claudia Marcia Aparecida Carareto
Instituição-sede: Instituto de Biociências, Letras e Ciências Exatas (IBILCE). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de São José do Rio Preto. São José do Rio Preto , SP, Brasil
Assunto(s):Elementos de DNA transponíveis  Coffea  Broca-do-café  Expressão gênica  Análise de sequência de DNA  Transcriptoma  Marcador molecular 

Resumo

Elementos de transposição (TEs) são fragmentos de DNA cuja principal característica é de se moverem e se inserirem em praticamente qualquer local do genoma e por essa característica constituem ferramentas moleculares valiosas. Como os TEs estão distribuídos por todo o genoma e em várias cópias, constituem meios poderosos para a análise da diversidade genética, tanto no âmbito intrapopulacional e até mesmo dentro de variedades ou clones. O uso de ferramentas moleculares está se tornando disponível para o gênero Coffea com o desenvolvimento de grandes bases de dados moleculares, com sequenciamento genômico e transcriptômico aos quais temos acesso por meio de nossas colaborações internacionais. Contudo, o uso de ferramentas moleculares para o estudo da broca-do-café não no mesmo nível que sua espécie hospedeira. Dada a importância da broca-do-café, o Centro Nacional de Pesquisa do Café (CENICAFÉ) na Colômbia sequenciou o genoma desse coleóptero e obteve bancos de expressão gênica mediante sequenciamento Sanger, FLX-454 e RNA-Seq. Com o objetivo de desenvolver e aprofundar o conhecimento dessa espécie estabelecemos uma colaboração com pesquisadores do CENICAFE para a anotação dos TEs do genoma desse coleóptero. Neste estudo, os elementos de transposição do genoma e do transcriptoma de espécies do gênero Coffea e da broca-do-café, sua praga mais importante, serão anotados, classificados e caracterizados quanto a sua abundância, frequência, distribuição, variabilidade estrutural e sequências gênicas deles derivadas. A identificação dos padrões de inserção de TEs ativos propiciará a identificação de elementos que possam ser usados como marcadores genéticos para rastreabilidade e definição de genótipos de interesse para serem incluídos em programas de melhoramento (café) ou de controle populacional (broca), bem como de marcadores de resposta ao estresse ambiental. Adicionalmente, o uso de retrotransposons como marcadores moleculares pode permitir a identificação clara dos genitores do híbrido tetraploide C. arabica em termos de espécies parentais e grupos de diversidade permitindo melhores estratégias para o acompanhamento do patrimônio genético de descendentes de cruzamentos entre plantas (rastreabilidade) e para a conservação e manejo de recursos genéticos do café, que são de grande importância por causa das mudanças climáticas e rápida destruição das florestas primárias. (AU)

Publicações científicas
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
SCHIETGAT, LEANDER; VENS, CELINE; CERRI, RICARDO; FISCHER, CARLOS N.; COSTA, EDUARDO; RAMON, JAN; CARARETO, CLAUDIA M. A.; BLOCKEEL, HENDRIK. A machine learning based framework to identify and classify long terminal repeat retrotransposons. PLOS COMPUTATIONAL BIOLOGY, v. 14, n. 4 APR 2018. Citações Web of Science: 2.
HERNANDEZ-HERNANDEZ, ERIC M.; DANIELA FERNANDEZ-MEDINA, RITA; NAVARRO-ESCALANTE, LUCIO; NUNEZ, JONATHAN; BENAVIDES-MACHADO, PABLO; CARARETO, CLAUDIA M. A. Genome-wide analysis of transposable elements in the coffee berry borer Hypothenemus hampei (Coleoptera: Curculionidae): description of novel families. Molecular Genetics and Genomics, v. 292, n. 3, p. 565-583, JUN 2017. Citações Web of Science: 3.
DIAS, ELAINE SILVA; HATT, CLEMENCE; HAMON, SERGE; HAMON, PERLA; RIGOREAU, MICHEL; CROUZILLAT, DOMINIQUE; CARARETO, CLAUDIA MARCIA APARECIDA; DE KOCHKO, ALEXANDRE; GUYOT, ROMAIN. Large distribution and high sequence identity of a Copia-type retrotransposon in angiosperm families. Plant Molecular Biology, v. 89, n. 1-2, p. 83-97, SEP 2015. Citações Web of Science: 5.

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