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Genômica comparativa de Trypanosomatidae

Processo: 13/14622-3
Modalidade de apoio:Auxílio à Pesquisa - Jovens Pesquisadores
Vigência: 01 de novembro de 2013 - 31 de outubro de 2018
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Bioquímica - Biologia Molecular
Pesquisador responsável:João Marcelo Pereira Alves
Beneficiário:João Marcelo Pereira Alves
Instituição Sede: Instituto de Ciências Biomédicas (ICB). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
Pesquisadores associados:Erney Felicio Plessmann de Camargo ; Marta Maria Geraldes Teixeira
Bolsa(s) vinculada(s):18/01284-6 - Análises genômica e evolutiva de Endotrypanum schaudinni, BP.MS
13/23387-8 - Genômica comparativa de Trypanosomatidae, BP.JP
Assunto(s):Genômica  Trypanosomatidae  Genomas  Transcriptoma  Análise de sequência de DNA 
Palavra(s)-Chave do Pesquisador:Evolução de genomas | Genômica | reconstrução metabólica | Transcritômica | Trypanosomatidae | Genômica comparativa

Resumo

O recente sequenciamento e análise de genomas e transcritomas eucariontes levou ao descobrimento de inúmeros fenômenos biológicos, além da elucidação de diversas questões antes pendentes quanto a evolução, filogenia, biologia celular e molecular destes organismos. No entanto, a amostragem analisada até o momento é bastante difusa, dado o foco de pesquisas anteriores em organismos de importância econômica e, principalmente, médica, prejudicando as análises comparativas necessárias para a determinação do(s) modo(s) de evolução de muitas características de interesse, como por exemplo, o parasitismo e outros modos de vida. Este projeto tem como objetivo estudar, utilizando métodos genômicos e transcritômicos comparativos, a estrutura e evolução de genomas de organismos parasitas da família Trypanosomatidae (Kinetoplastida, Euglenozoa) e alguns Kinetoplastida não-parasitas proximamente relacionados, com o intuito de responder várias questões básicas quanto à biologia destes organismos, entre as quais: distribuição de introns em Kinetoplastida; evolução do conteúdo gênico e sua relação com modo de vida (isto é: parasitário, comensal ou de vida livre); pressões seletivas nas diversas classes de genes; reconstrução do potencial metabólico e sua relação com características biológicas; relação entre o complemento gênico de hospedeiro e endossimbionte. O entendimento deste e outros aspectos, contribuirá grandemente para o conhecimento de mecanismos básicos de evolução de organismos e genomas em geral, e de parasitismo em particular, ajudando a entender o que faz um parasita e como melhor combatê-lo. (AU)

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Publicações científicas (13)
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
SAO PEDRO, SIMONE LIMA; PEREIRA ALVES, JOAO MARCELO; BARRETO, ANDRE SILVA; DE SOUZA LIMA, ANDRE OLIVEIRA. Evidence of Positive Selection of Aquaporins Genes from Pontoporia blainvillei during the Evolutionary Process of Cetaceans. PLoS One, v. 10, n. 7, . (13/14622-3)
SILVA, FLAVIA M.; KOSTYGOV, ALEXEI Y.; SPODAREVA, VIKTORIA V.; BUTENKO, ANZHELIKA; TOSSOU, REGIS; LUKES, JULIUS; YURCHENKO, VYACHESLAV; ALVES, JOAO M. P.. The reduced genome of Candidatus Kinetoplastibacterium sorsogonicusi, the endosymbiont of Kentomonas sorsogonicus (Trypanosomatidae): loss of the haem-synthesis pathway. Parasitology, v. 145, n. 10, SI, p. 1287-1293, . (13/14622-3)
BRADWELL, KATIE R.; KOPARDE, VISHAL N.; MATVEYEV, ANDREY V.; SERRANO, MYRNA G.; ALVES, JOAO M. P.; PARIKH, HARDIK; HUANG, BERNICE; LEE, VLADIMIR; ESPINOSA-ALVAREZ, ONEIDA; ORTIZ, PAOLA A.; et al. Genomic comparison of Trypanosoma conorhini and Trypanosoma rangeli to Trypanosoma cruzi strains of high and low virulence. BMC Genomics, v. 19, . (13/14622-3)
LORENZ, CAMILA; ALVES, JOAO M. P.; FOSTER, PETER G.; SUESDEK, LINCOLN; SALLUM, MARIA ANICE M.. Phylogeny and temporal diversification of mosquitoes (Diptera: Culicidae) with an emphasis on the Neotropical fauna. Systematic Entomology, v. 46, n. 4, p. 798-811, . (15/12784-1, 13/05521-9, 13/14622-3)
DE AZEVEDO-MARTINS, ALLAN C.; OCANA, KARY; DE SOUZA, WANDERLEY; DE VASCONCELOS, ANA TEREZA RIBEIRO; TEIXEIRA, MARTA M. G.; CAMARGO, ERNEY P.; ALVES, JOAO M. P.; MOTTA, MARIA CRISTINA M.. he Importance of Glycerophospholipid Production to the Mutualist Symbiosis of Trypanosomatid. PATHOGENS, v. 11, n. 1, . (13/14622-3)
PETERSEN, VIVIAN; SANTANA, MICAEL; ALVES, J. MARCELO P.; SUESDEK, LINCOLN. enetic and morphological polymorphisms of Aedes scapularis (Diptera: Culicidae), vector of filariae and arboviruse. INFECTION GENETICS AND EVOLUTION, v. 97, . (13/14622-3)
SKALICKY, TOMAS; ALVES, JOAO M. P.; MORAIS, ANDERSON C.; REZNAROVA, JANA; BUTENKO, ANZHELIKA; LUKES, JULIUS; SERRANO, MYRNA G.; BUCK, GREGORY A.; TEIXEIRA, MARTA M. G.; CAMARGO, ERNEY P.; et al. Endosymbiont Capture, a Repeated Process of Endosymbiont Transfer with Replacement in Trypanosomatids Angomonas spp.. PATHOGENS, v. 10, n. 6, . (16/07487-0, 13/14622-3)
GABRIEL, HELOISA B.; DE AZEVEDO, MAURO F.; PALMISANO, GIUSEPPE; WUNDERLICH, GERHARD; KIMURA, EMILIA A.; KATZIN, ALEJANDRO M.; ALVES, JOAO M. P.. Single-target high-throughput transcription analyses reveal high levels of alternative splicing present in the FPPS/GGPPS from Plasmodium falciparum. SCIENTIFIC REPORTS, v. 5, . (13/14622-3, 10/19518-1, 14/23417-7)
MATVEYEV, ANDREY V.; ALVES, JOAO M. P.; SERRANO, MYRNA G.; LEE, VLADIMIR; LARA, ANA M.; BARTON, WILLIAM A.; COSTA-MARTINS, ANDRE G.; BEVERLEY, STEPHEN M.; CAMARGO, ERNEY P.; TEIXEIRA, MARTA M. G.; et al. The Evolutionary Loss of RNAi Key Determinants in Kinetoplastids as a Multiple Sporadic Phenomenon. Journal of Molecular Evolution, v. 84, n. 2-3, p. 104-115, . (13/14622-3)
DE AZEVEDO-MARTINS, ALLAN C.; ALVES, JOAO M. P.; DE MELLO, FERNANDO GARCIA; VASCONCELOS, ANA TEREZA R.; DE SOUZA, WANDERLEY; EINICKER-LAMAS, MARCELO; MOTTA, MARIA CRISTINA M.. Biochemical and phylogenetic analyses of phosphatidylinositol production in Angomonas deanei, an endosymbiont-harboring trypanosomatid. PARASITES & VECTORS, v. 8, . (13/14622-3)
CABALLERO, ZULEIMA C.; COSTA-MARTINS, ANDRE G.; FERREIRA, ROBSON C.; ALVES, JOAO M. P.; SERRANO, MYRNA G.; CAMARGO, ERNEY P.; BUCK, GREGORY A.; MINOPRIO, PAOLA; TEIXEIRA, MARTA M. G.. Phylogenetic and syntenic data support a single horizontal transference to a Trypanosoma ancestor of a prokaryotic proline racemase implicated in parasite evasion from host defences. PARASITES & VECTORS, v. 8, . (13/14622-3)
ALVES, JOAO M. P.; DE OLIVEIRA, ANDRE L.; SANDBERG, TATIANA O. M.; MORENO-GALLEGO, JAIME L.; DE TOLEDO, MARCELO A. F.; DE MOURA, ELISABETH M. M.; OLIVEIRA, LILANE S.; DURHAM, ALAN M.; MEHNERT, DOLORES U.; ZANOTTO, PAOLO M. DE A.; et al. GenSeed-HMM: A Tool for Progressive Assembly Using Profile HMMs as Seeds and its Application in Alpavirinae Viral Discovery from Metagenomic Data. FRONTIERS IN MICROBIOLOGY, v. 7, . (10/04609-1, 13/14622-3)
GUIMARAES, LILIAN O.; WUNDERLICH, GERHARD; ALVES, JOAO M. P.; BUENO, MARINA G.; ROEHE, FABIO; CATAO-DIAS, JOSE L.; NEVES, AMANDA; MALAFRONTE, ROSELY S.; CURADO, IZILDA; DOMINGUES, WILSON; et al. Merozoite surface protein-1 genetic diversity in Plasmodium malariae and Plasmodium brasilianum from Brazil. BMC INFECTIOUS DISEASES, v. 15, . (13/14622-3)

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