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Estudo da variabilidade, controle da expressão e história evolutiva dos genes de Classe I do MHC humano

Processo: 13/17084-2
Modalidade de apoio:Auxílio à Pesquisa - Regular
Vigência: 01 de janeiro de 2014 - 31 de dezembro de 2015
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Genética - Genética Humana e Médica
Pesquisador responsável:Erick da Cruz Castelli
Beneficiário:Erick da Cruz Castelli
Instituição Sede: Faculdade de Medicina (FMB). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de Botucatu. Botucatu , SP, Brasil
Pesquisadores associados:Celso Teixeira Mendes Junior ; Eduardo Antônio Donadi
Assunto(s):MicroRNAs  Imunogenética  Complexo principal de histocompatibilidade  Antígenos de histocompatibilidade classe I  Sequenciamento de nova geração  Polimorfismo de um único nucleotídeo 
Palavra(s)-Chave do Pesquisador:Hla | Mhc | MicroRNAs | sequenciamento de nova geração | SNPs | Variabilidade | Imunogenética

Resumo

O Complexo Principal de Histocompatibilidade (MHC) é a região mais variável do genoma humano e da maioria dos vertebrados. Os genes clássicos de classe I existentes no MHC humano (HLA-A, HLA-B, HLA-C) estão associados com apresentação de antígenos para células T citotóxicas. A variabilidade é uma importante característica desses genes, permitindo a apresentação de milhares de diferentes peptídeos. No entanto, esta variabilidade torna-se um problema quando transplantes são necessários, pois a compatibilização desses polimorfismos é indispensável para uma boa aceitação do enxerto. Os genes não clássicos de classe I (HLA-G, HLA-E, HLA-F) codificam potentes imunossupressores e são importantes em situações onde uma modulação do sistema imunitário é necessária, como durante a gestação. Muitos polimorfismos desses genes (clássicos e não clássicos) foram associados com doenças autoimunes, degenerativas e susceptibilidade a determinadas neoplasias. O objetivo deste projeto é avaliar a variabilidade dos genes HLA de classe I (clássicos e não clássicos) por sequenciamento de nova geração, incluindo suas regiões regulatórias 5' e 3' não traduzida, em um grupo de amostras brasileiras. Neste contexto, o Brasil é considerado uma das populações mais heterogêneas do mundo e um grande repositório de variação genética. Os dados de sequenciamento dos genes clássicos serão comparados aos dados obtidos por kits comerciais (que avaliam somente alguns éxons dos genes em questão), aferindo a capacidade desses kits de determinar a variação contida nestes genes no Brasil. A variabilidade genética detectada no Brasil será comparada à variabilidade descrita para estes genes no projeto 1000Genomes. O perfil de seleção natural atuando em cada gene (ou regiões gênicas) será inferido usando os dados brasileiros e de outras populações. Ainda, o projeto visa inferir um painel de microRNAs e de fatores de transcrição que poderiam influenciar a expressão desses genes, bem como detectar polimorfismos funcionais nas regiões regulatórias, contribuindo para o entendimento da regulação da expressão dos genes de classe I e para busca de ferramentas de manipulação da expressão dos mesmos para fins terapêuticos. (AU)

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Publicações científicas (15)
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
SOUZA, ANDREIA S.; SONON, PAULIN; PAZ, MICHELLE A.; TOKPLONOU, LEONIDAS; LIMA, THALITTA H. A.; PORTO, IANE O. P.; ANDRADE, HELOISA S.; SILVA, NAYANE DOS S. B.; VEIGA-CASTELLI, LUCIANA C.; OLIVEIRA, MARIA LUIZA G.; et al. Hla-Cgenetic diversity and evolutionary insights in two samples from Brazil and Benin. HLA, . (17/19223-0, 13/17084-2)
BUTTURA, RENATO V.; RAMALHO, JAQUELINE; LIMA, THALITTA H. A.; DONADI, EDUARDO A.; VEIGA-CASTELLI, LUCIANA C.; MENDES-JUNIOR, CELSO T.; CASTELLI, ERICK C.. HLA-F displays highly divergent and frequent haplotype lineages associated with different mRNA expression levels. HUMAN IMMUNOLOGY, v. 80, n. 2, p. 112-119, . (13/17084-2)
CASTELLI, ERICK C.; MENDES-JUNIOR, CELSO T.; SABBAGH, AUDREY; PORTO, IANE O. P.; GARCIA, ANDRE; RAMALHO, JAQUELINE; LIMA, THALITTA H. A.; MASSARO, JULIANA D.; DIAS, FABRICIO C.; COLLARES, CRISTHIANNA V. A.; et al. HLA-E coding and 3 ' untranslated region variability determined by next-generation sequencing in two West-African population samples. HUMAN IMMUNOLOGY, v. 76, n. 12, p. 9-pg., . (13/17084-2)
PORTO, IANE O. P.; MENDES-JUNIOR, CELSO T.; FELICIO, LEANDRO P.; GEORG, RAPHAELA C.; MOREAU, PHILIPPE; DONADI, EDUARDO A.; BOGO CHIES, JOSE ARTUR; CASTELLI, ERICK C.. microRNAs targeting the immunomodulatory HLA-G gene: A new survey searching for microRNAs with potential to regulate HLA-G. Molecular Immunology, v. 65, n. 2, p. 230-241, . (13/17084-2)
LIMA, THALITTA H. A.; SOUZA, ANDREIA S.; PORTO, IANE O. P.; PAZ, MICHELLE A.; VEIGA-CASTELLI, LUCIANA C.; OLIVEIRA, MARIA LUIZA G.; DONADI, EDUARDO A.; MEYER, DIOGO; SABBAGH, AUDREY; MENDES-JUNIOR, CELSO T.; et al. HLA-A promoter, coding, and 3 ` UTR sequences in a Brazilian cohort, and their evolutionary aspects. HLA, v. 93, n. 2-3, p. 65-79, . (16/03622-0, 13/17084-2)
CASTELLI, ERICK C.; MENDES-JUNIOR, CELSO T.; SABBAGH, AUDREY; PORTO, IANE O. P.; GARCIA, ANDRE; RAMALHO, JAQUELINE; LIMA, THALITTA H. A.; MASSARO, JULIANA D.; DIAS, FABRICIO C.; COLLARES, CRISTHIANNA V. A.; et al. HLA-E coding and 3 ` untranslated region variability determined by next-generation sequencing in two West-African population samples. HUMAN IMMUNOLOGY, v. 76, n. 12, SI, p. 945-953, . (13/17084-2)
CASTELLI, ERICK C.; PAZ, MICHELLE A.; SOUZA, ANDREIA S.; RAMALHO, JAQUELINE; MENDES-JUNIOR, CELSO TEIXEIRA. Hla-mapper: An application to optimize the mapping of HLA sequences produced by massively parallel sequencing procedures. HUMAN IMMUNOLOGY, v. 79, n. 9, p. 678-684, . (13/17084-2)
CASTELLI, ERICK C.; GERASIMOU, PETROULA; PAZ, MICHELLE A.; RAMALHO, JAQUELINE; PORTO, IANE O. P.; LIMA, THALITTA H. A.; SOUZA, ANDREIA S.; VEIGA-CASTELLI, LUCIANA C.; COLLARES, CRISTHIANNA V. A.; DONADI, EDUARDO A.; et al. HLA-G variability and haplotypes detected by massively parallel sequencing procedures in the geographicaly distinct population samples of Brazil and Cyprus. Molecular Immunology, v. 83, p. 115-126, . (13/17084-2, 14/18730-8)
AYALA LIMA, THALITTA HETAMARO; BUTTURA, RENATO VIDAL; DONADI, EDUARDO ANTONIO; VEIGA-CASTELLI, LUCIANA CARICATI; MENDES-JUNIOR, CELSO TEIXEIRA; CASTELLI, ERICK C.. HLA-F coding and regulatory segments variability determined by massively parallel sequencing procedures in a Brazilian population sample. HUMAN IMMUNOLOGY, v. 77, n. 10, p. 841-853, . (13/17084-2)
NASLAVSKY, MICHEL S.; SCLIAR, MARILIA O.; YAMAMOTO, GUILHERME L.; WANG, JAQUELINE YU TING; ZVERINOVA, STEPANKA; KARP, TATIANA; NUNES, KELLY; MAGLIOCCO CERONI, JOSE RICARDO; DE CARVALHO, DIEGO LIMA; DA SILVA SIMOES, CARLOS EDUARDO; et al. Whole-genome sequencing of 1,171 elderly admixed individuals from Sao Paulo, Brazil. NATURE COMMUNICATIONS, v. 13, n. 1, p. 11-pg., . (12/24731-1, 20/02413-4, 14/50649-6, 13/08028-1, 18/15579-8, 15/25020-0, 17/19223-0, 13/17084-2)
SOUZA, ANDREIA S.; SONON, PAULIN; PAZ, MICHELLE A.; TOKPLONOU, LEONIDAS; LIMA, THALITTA H. A.; PORTO, IANE O. P.; ANDRADE, HELOISA S.; SILVA, NAYANE DOS S. B.; VEIGA-CASTELLI, LUCIANA C.; OLIVEIRA, MARIA LUIZA G.; et al. Hla-C genetic diversity and evolutionary insights in two samples from Brazil and Benin. HLA, v. 96, n. 4, p. 19-pg., . (17/19223-0, 13/17084-2)
SILVA, NAYANE DOS SANTOS BRITO; SOUZA, ANDREIA DA SILVA; ANDRADE, HELOISA DE SOUZA; PEREIRA, RAPHAELA NETO; CASTRO, CAMILA FERREIRA BANNWART; VINCE, NICOLAS; LIMOU, SOPHIE; NASLAVSKY, MICHEL SATYA; ZATZ, MAYANA; DUARTE, YEDA APARECIDA DE OLIVEIRA; et al. Immunogenetics of HLA-B: SNP, allele, and haplotype diversity in populations from different continents and ancestry backgrounds. HLA, v. 101, n. 6, p. 13-pg., . (17/19223-0, 13/17084-2, 21/02815-8)
LIMA, THALITTA H. A.; SOUZA, ANDREIA S.; PORTO, IANE O. P.; PAZ, MICHELLE A.; VEIGA-CASTELLI, LUCIANA C.; OLIVEIRA, MARIA LUIZA G.; DONADI, EDUARDO A.; MEYER, DIOGO; SABBAGH, AUDREY; MENDES-JUNIOR, CELSO T.; et al. HLA-A promoter, coding, and 3 ' UTR sequences in a Brazilian cohort, and their evolutionary aspects. HLA, v. 93, n. 2-3, p. 15-pg., . (16/03622-0, 13/17084-2)
CASTELLI, ERICK C.; PAES, GABRIELA SATO; DA SILVA, ISABELLE MIRA; MOREAU, PHILIPPE; DONADI, EDUARDO A.. The+3010/C single nucleotide polymorphism (rs1710) at the HLA-G 3' untranslated region is associated with a short transcript exhibiting a deletion of 92 nucleotides. IMMUNOGENETICS, v. 75, n. 2, p. 6-pg., . (13/17084-2, 17/14345-0)
RAMALHO, JAQUELINE; VEIGA-CASTELLI, LUCIANA C.; DONADI, EDUARDO A.; MENDES-JUNIOR, CELSO T.; CASTELLI, ERICK C.. HLA-E regulatory and coding region variability and haplotypes in a Brazilian population sample. Molecular Immunology, v. 91, p. 173-184, . (13/17084-2, 14/18730-8)

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