Biologia de sistemas de longos RNAs não-codificadores

• Processo: 12/19278-6
• Linha de fomento: Auxílio à Pesquisa - Apoio a Jovens Pesquisadores
• Vigência: 01 de dezembro de 2013 - 30 de novembro de 2018
• Área do conhecimento: Interdisciplinar
• Pesquisador responsável: Helder Takashi Imoto Nakaya
• Beneficiário: Helder Takashi Imoto Nakaya
• Instituição-sede: Faculdade de Ciências Farmacêuticas (FCF). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo, SP, Brasil
• Pesq. associados: Marina Baquerizo Martinez ; Mario Hiroyuki Hirata ; Vinicius Ramos Henriques Maracajá Coutinho
• Auxílios(s) vinculado(s): 17/50137-3 - Long noncoding rna interplay with the host microbiome may determine mucosal influenza vaccine immunogenicity, AP.R; 14/50308-4 - Meta-análise transcricional de RNAs não codificadores longos de posições genômicas conservadas, AP.R
• Bolsa(s) vinculada(s): 14/19323-7 - RNAs não-codificadores longos como potenciais biomarcadores para artrite, BP.IC
• Assunto(s): Biologia computacional Biologia de sistemas Perfilação da expressão gênica RNA longo não codificante Sequenciamento de nova geração Análise de sequência de RNA

Resumo

Estima-se que milhares de longos RNAs não-codificadores (lncRNAs) sejam gerados à partir da transcrição do genoma de diversos organismos. No entanto, apenas uma fração muito pequena destes foi caracterizada funcionalmente. Um dos maiores motivos para isso está em nossa falta de conhecimento sobre os tecidos e condições biológicas nos quais esses lncRNAs são transcritos e como eles interagem com o DNA ou outros RNAs. A maioria dos estudos que utilizam técnicas de larga-escala como microarrays e sequenciamento de nova geração (RNA-seq) tem como objetivo principal monitorar a expressão dos genes codificadores de proteína. Porém, muitos destes dados, não explorados nas publicações originais, são provenientes de lncRNAs. Neste projeto, nós propomos utilizar os milhares de estudos de microarrays disponíveis em um banco de dados público para estudar a biologia de sistema dos lncRNAs frente a diferentes perturbações e suas possíveis implicações na regulação de genes alvos. Uma re-anotação que fizemos da plataforma da Affymetrix mais usada, na qual mais de 2.300 estudos foram publicados, revelou a existência de 10.248 sondas que medem a expressão de possíveis lncRNAs. Estudar o perfil de expressão de lncRNAs e como estes se correlacionam com os perfis de genes codificadores de proteína em tantos tecidos e condições irá revelar mecanismos de regulação interessantes. Estas análises irão envolver a identificação de módulos de co-expressão, a predição dos fatores de transcrição envolvidos e a associação de lncRNAs com doenças e infecções. Propomos também validar o papel regulatório de lncRNAs em alguns desses achados. (AU)

Publicações científicas

(7)

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

CARDOZO, LUCAS E.; RUSSO, PEDRO S. T.; GOMES-CORREIA, BRUNO; ARAUJO-PEREIRA, MARIANA; SEPULVEDA-HERMOSILLA, GONZALO; MARACAJA-COUTINHO, VINICIUS; NAKAYA, I, HELDER. webCEMiTool: Co-expression Modular Analysis Made Easy. FRONTIERS IN GENETICS, v. 10, MAR 6 2019. Citações Web of Science: 0.

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RUSSO, PEDRO S. T.; FERREIRA, GUSTAVO R.; CARDOZO, LUCAS E.; BUERGER, MATHEUS C.; ARIAS-CARRASCO, RAUL; MARUYAMA, SANDRA R.; HIRATA, THIAGO D. C.; LIMA, DIOGENES S.; PASSOS, FERNANDO M.; FUKUTANI, KIYOSHI F.; LEVER, MELISSA; SILVA, JOAO S.; MARACAJA-COUTINHO, VINICIUS; NAKAYA, HELDER I. CEMiTool: a Bioconductor package for performing comprehensive modular co-expression analyses. BMC Bioinformatics, v. 19, FEB 20 2018. Citações Web of Science: 6.

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