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Biologia de sistemas de longos RNAs não-codificadores

Processo: 12/19278-6
Linha de fomento:Auxílio à Pesquisa - Apoio a Jovens Pesquisadores
Vigência: 01 de dezembro de 2013 - 30 de novembro de 2018
Área do conhecimento:Interdisciplinar
Pesquisador responsável:Helder Takashi Imoto Nakaya
Beneficiário:Helder Takashi Imoto Nakaya
Instituição-sede: Faculdade de Ciências Farmacêuticas (FCF). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
Pesq. associados:Marina Baquerizo Martinez ; Mario Hiroyuki Hirata ; Vinicius Ramos Henriques Maracajá Coutinho
Auxílios(s) vinculado(s):18/14933-2 - Biologia integrativa aplicada à saúde humana, AP.JP2
17/50137-3 - Long noncoding RNA interplay with the host microbiome may determine mucosal influenza vaccine immunogenicity, AP.R
14/50308-4 - Meta-análise transcricional de RNAs não codificadores longos de posições genômicas conservadas, AP.R
Bolsa(s) vinculada(s):14/19323-7 - RNAs não-codificadores longos como potenciais biomarcadores para artrite, BP.IC
Assunto(s):Biologia computacional  Análise de sequência com séries de oligonucleotídeos  Biologia de sistemas  Perfilação da expressão gênica  RNA longo não codificante  Sequenciamento de nova geração  Análise de sequência de RNA 

Resumo

Estima-se que milhares de longos RNAs não-codificadores (lncRNAs) sejam gerados à partir da transcrição do genoma de diversos organismos. No entanto, apenas uma fração muito pequena destes foi caracterizada funcionalmente. Um dos maiores motivos para isso está em nossa falta de conhecimento sobre os tecidos e condições biológicas nos quais esses lncRNAs são transcritos e como eles interagem com o DNA ou outros RNAs. A maioria dos estudos que utilizam técnicas de larga-escala como microarrays e sequenciamento de nova geração (RNA-seq) tem como objetivo principal monitorar a expressão dos genes codificadores de proteína. Porém, muitos destes dados, não explorados nas publicações originais, são provenientes de lncRNAs. Neste projeto, nós propomos utilizar os milhares de estudos de microarrays disponíveis em um banco de dados público para estudar a biologia de sistema dos lncRNAs frente a diferentes perturbações e suas possíveis implicações na regulação de genes alvos. Uma re-anotação que fizemos da plataforma da Affymetrix mais usada, na qual mais de 2.300 estudos foram publicados, revelou a existência de 10.248 sondas que medem a expressão de possíveis lncRNAs. Estudar o perfil de expressão de lncRNAs e como estes se correlacionam com os perfis de genes codificadores de proteína em tantos tecidos e condições irá revelar mecanismos de regulação interessantes. Estas análises irão envolver a identificação de módulos de co-expressão, a predição dos fatores de transcrição envolvidos e a associação de lncRNAs com doenças e infecções. Propomos também validar o papel regulatório de lncRNAs em alguns desses achados. (AU)

Matéria(s) publicada(s) na Agência FAPESP sobre o auxílio:
Infecção aguda pelo chikungunya é estudada em nível molecular em pacientes brasileiros 
Identificado mecanismo celular chave que desencadeia a pneumonia em humanos 
Matéria(s) publicada(s) em Outras Mídias (13 total):
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Infecção aguda pelo chikungunya é estudada em nível molecular em pacientes brasileiros 
Infecção aguda pelo chikungunya é estudada em nível molecular em pacientes brasileiros 
Infecção aguda pelo chikungunya é estudada em pacientes brasileiros 
Infecção aguda pelo chikungunya é estudada em nível molecular em pacientes brasileiros 
Infecção aguda pelo chikungunya é estudada em nível molecular em pacientes brasileiros 
Infecção aguda pelo chikungunya é estudada em nível molecular em pacientes brasileiros 
Infecção aguda pelo chikungunya é estudada em nível molecular em pacientes brasileiros 
Infecção aguda pelo chikungunya é estudada em nível molecular em pacientes brasileiros 
Pesquisadores brasileiros analisam células sanguíneas de pacientes infectados pelo vírus chikungunya 
Infecção aguda pelo chikungunya é estudada em pacientes brasileiros 
Infecção aguda pelo chikungunya é estudada em nível molecular em pacientes brasileiros 
Pesquisadores brasileiros estudam chikungunya molecular 
Infecção aguda pelo chikungunya é estudada em nível molecular em pacientes brasileiros 

Publicações científicas (7)
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
CARDOZO, LUCAS E.; RUSSO, PEDRO S. T.; GOMES-CORREIA, BRUNO; ARAUJO-PEREIRA, MARIANA; SEPULVEDA-HERMOSILLA, GONZALO; MARACAJA-COUTINHO, VINICIUS; NAKAYA, I, HELDER. webCEMiTool: Co-expression Modular Analysis Made Easy. FRONTIERS IN GENETICS, v. 10, MAR 6 2019. Citações Web of Science: 0.
JOCHEMS, SIMON P.; MARCON, FERNANDO; CARNIEL, BEATRIZ F.; HOLLOWAY, MARK; MITSI, ELENA; SMITH, EMMA; GRITZFELD, JENNA F.; SOLORZANO, CARLA; REINE, JESUS; POJAR, SHERIN; NIKOLAOU, ELISSAVET; GERMAN, ESTHER L.; HYDER-WRIGHT, ANGIE; HILL, HELEN; HALES, CAZ; PITERS, WOUTER A. A. DE STEENHUIJSEN; BOGAERT, DEBBY; ADLER, HUGH; ZAIDI, SEHER; CONNOR, VICTORIA; GORDON, STEPHEN B.; RYLANCE, JAMIE; NAKAYA, HELDER I.; FERREIRA, DANIELA M. Inflammation induced by influenza virus impairs human innate immune control of pneumococcus. NATURE IMMUNOLOGY, v. 19, n. 12, p. 1299+, DEC 2018. Citações Web of Science: 5.
FUKUTANI, KIYOSHI F.; NASCIMENTO-CARVALHO, CRISTIANA M.; BOUZAS, MAIARA L.; OLIVEIRA, JULIANA R.; BARRAL, ALDINA; DIERCKX, TIM; KHOURI, RICARDO; NAKAYA, HELDER I.; ANDRADE, BRUNO B.; VAN WEYENBERGH, JOHAN; DE OLIVEIRA, CAMILA I. In situ Immune Signatures and Microbial Load at the Nasopharyngeal Interface in Children With Acute Respiratory Infection. FRONTIERS IN MICROBIOLOGY, v. 9, NOV 9 2018. Citações Web of Science: 0.
FERREIRA, GUSTAVO RODRIGUES; NAKAYA, HELDER IMOTO; COSTA, LUCIANO DA FONTOURA. Gene regulatory and signaling networks exhibit distinct topological distributions of motifs. Physical Review E, v. 97, n. 4 APR 27 2018. Citações Web of Science: 0.
RUSSO, PEDRO S. T.; FERREIRA, GUSTAVO R.; CARDOZO, LUCAS E.; BUERGER, MATHEUS C.; ARIAS-CARRASCO, RAUL; MARUYAMA, SANDRA R.; HIRATA, THIAGO D. C.; LIMA, DIOGENES S.; PASSOS, FERNANDO M.; FUKUTANI, KIYOSHI F.; LEVER, MELISSA; SILVA, JOAO S.; MARACAJA-COUTINHO, VINICIUS; NAKAYA, HELDER I. CEMiTool: a Bioconductor package for performing comprehensive modular co-expression analyses. BMC Bioinformatics, v. 19, FEB 20 2018. Citações Web of Science: 6.
ARIAS-CARRASCO, RAUL; VASQUEZ-MORAN, YESSENIA; NAKAYA, HELDER I.; MARACAJA-COUTINHO, VINICIUS. StructRNAfinder: an automated pipeline and web server for RNA families prediction. BMC Bioinformatics, v. 19, FEB 17 2018. Citações Web of Science: 2.
BLOHMKE, CHRISTOPH J.; HILL, JENNIFER; DARTON, THOMAS C.; CARVALHO-BURGER, MATHEUS; EUSTACE, ANDREW; JONES, CLAIRE; SCHREIBER, FERNANDA; GOODIER, MARTIN R.; DOUGAN, GORDON; NAKAYA, HELDER I.; POLLARD, ANDREW J. Induction of Cell Cycle and NK Cell Responses by Live-Attenuated Oral Vaccines against Typhoid Fever. FRONTIERS IN IMMUNOLOGY, v. 8, OCT 12 2017. Citações Web of Science: 2.

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