Meta-análise transcricional de RNAs não codificadores longos de posições genômicas conservadas

• Processo: 14/50308-4
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Regular
• Vigência: 01 de agosto de 2014 - 31 de julho de 2016
• Área do conhecimento: Interdisciplinar
• Convênio/Acordo: University of Cambridge
• Pesquisador responsável: Helder Takashi Imoto Nakaya
• Beneficiário: Helder Takashi Imoto Nakaya
• Pesq. responsável no exterior: Tony Kouzarides
• Instituição no exterior: University of Cambridge, Inglaterra
• Instituição Sede: Faculdade de Ciências Farmacêuticas (FCF). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 12/19278-6 - Biologia de sistemas de longos RNAs não-codificadores, AP.JP
• Assunto(s): RNA não traduzido Genomas Regulação da expressão gênica Sequência conservada Transcrição genética Expressão gênica Análise de sequência de RNA
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Analises Clinicas

Resumo

Estima-se que milhares de longos RNAs não-codificadores (IncRNAs) sejam gerados a partir da transcrição do genoma de diversos organismos. O grupo do Dr. Kouzarides na Universidade de Cambridge reanalisou uma grande quantidade de dados de RNA-seq e identificou -600 IncRNAs com "posições conservadas" (peRNAs) nos genomas humano e de camundongo. Dentre os genes associados com estes pcRNAs, foi observado um enriquecimento marcante de loci relacionados ao desenvolvimento embrionário e tecidual. Eles também demonstraram que a expressão de pcRNAs era altamente tecido- específica e correlacionava diretamente com os genes codificadores associados a eles, suportando a ideia de que os pcRNAs são reguladores específicos de genes ligados ao desenvolvimento. Nosso grupo na Universidade de São Paulo está utilizando milhares de estudos de microarrays disponíveis em um banco de dados público para estudar a biologia de sistema dos IncRNAs frente a diferentes perturbações e suas possíveis implicações na regulação de genes alvos. Nós comparamos as coordenadas genômicas destes -600 pcRNAs com as coordenadas genômicas de sondas de diferentes plataformas de microarrays e descobrimos que a maioria destes pcRNAs são representados por uma ou mais sondas. Nós propomos aqui analisar os padrões de expressão destes pcRNAs, e de como essa expressão se correlaciona com a expressão dos genes codificadores, em um grande conjunto de linhagens celulares de câncer humano, tumores primários e outras doenças. As funções de um número selecionado de pcRNAs serão validadas pelo grupo do Dr. Kouzarides. Ao investigar a transcrição de pcRNAs e de seus genes codificadores associados em milhares de estudos de microarrays, nós esperamos identificar as condições biológicas que mais afetam a expressão dos pcRNAs e revelar interessantes mecanismos de regulação gênica. (AU)

Publicações científicas

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

AMARAL, PAULO P.; LEONARDI, TOMMASO; HAN, NAMSHIK; VIRE, EMMANUELLE; GASCOIGNE, DENNIS K.; ARIAS-CARRASCO, RAUL; BUSCHER, MAGDALENA; PANDOLFINI, LUCA; ZHANG, ANDA; PLUCHINO, STEFANO; et al. Genomic positional conservation identifies topological anchor point RNAs linked to developmental loci. Genome Biology, v. 19, MAR 15 2018. (14/50308-4)

AMARAL, PAULO P.; LEONARDI, TOMMASO; HAN, NAMSHIK; VIRE, EMMANUELLE; GASCOIGNE, DENNIS K.; ARIAS-CARRASCO, RAUL; BUSCHER, MAGDALENA; PANDOLFINI, LUCA; ZHANG, ANDA; PLUCHINO, STEFANO; et al. Genomic positional conservation identifies topological anchor point RNAs linked to developmental loci. GENOME BIOLOGY, v. 19, p. 21-pg., 2018-03-15. (14/50308-4)